Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn (SNPs) của một số vùng DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở người Mường và người Katu

Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn (SNPs) số vùng DNA ty thể nhiễm sắc thể Y người Mường người Katu Đỗ Mạnh Hưng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn Thạc sĩ ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30 Người hướng dẫn: PGS.TS Nông Văn Hải Năm bảo vệ: 2012 Abstract: Tách chiết DNA tổng số từ mẫu máu 108 cá thể người Việt thuộc hai dân tộc Mường Katu Nhân vùng điều khiển D-loop DNA ty thể số thị nhiễm sắc thể Y Xác định trình tự nucleotide trình tự nhân từ mẫu nghiên cứu Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) trình tự mẫu nghiên cứu thuộc hai dân tộc Mường Katu Keywords: Sinh học thực nghiệm; Di truyền; Nhiễm sắc thể Content MỞ ĐẦU Sự kiện toàn hệ gen người giải trình tự công bố tạp chí khoa học danh tiếng Nature, Anh Science, Mỹ vào tháng năm 2001 tạo cột mốc vô quan trọng sinh học Trình tự hệ gen sau công khai để nhà khoa học khắp giới tiếp cận sử dụng tạo điều kiện mới, thuận lợi nhiều cho nghiên cứu sinh học, đặc biệt sinh học phân tử Trình tự xem “trình tự chuẩn” hay “trình tự tham chiếu” giúp tiếp tục đến với nghiên cứu sâu Kết quan trọng sau có đồ gen người cho thấy rằng, chủng tộc, cá thể người giống đến 99,9% khác tỷ lệ nhỏ (0,1%) cấu trúc hệ gen Tuy nhiên, phần khác biệt nhỏ lại có có ý nghĩa định đặc điểm nhân chủng học dân tộc, yếu tố di truyền liên quan đến sức khỏe dân tộc cá thể Trong 0.1% khác biệt hai người có đến 80% đa hình nucleotide đơn (SNP) Do đó, việc nghiên cứu SNP vô quan trọng, cụ thể có nhiều SNP sử dụng làm công cụ hữu ích lĩnh vực y dược học, hình sự, nghiên cứu di truyền tiến hóa… Kể từ năm 80 kỷ trước, SNP DNA ty thể nhiễm sắc thể Y sử dụng nhiều lĩnh vực khác sinh học y học Chúng ta dễ dàng nhận thấy, với đặc tính di truyền đơn dòng, trao đổi chéo, đồng thời lại lưu giữ nhiều thị quạn trọng, SNP đặc biệt hữu ích việc nghiên cứu trình tiến hóa người Trong số công bố gần đây, nghiên cứu liên quan đến DNA ty thể nhiễm sắc thể Y cung cấp kiến thức hữu ích vấn đề chủ chốt trình tiến hóa làm sáng tỏ lịch sử di truyền quần thể người vùng địa lý bối cảnh khoảng thời gian khác Việc nghiên cứu di truyền tiến hóa dân tộc Việt Nam thiết thực, nhiên việc tiến hành nghiên cứu vấn đề nước ta chưa có nhiều công trình công bố Nhận thức rõ tầm quan trọng việc nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa tìm hiểu liệu di truyền dân tộc Việt Nam, định hướng nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn DNA ty thể nhiễm sắc thể Y Theo hướng nghiên cứu này, đề tài luận văn thạc sĩ: “Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn (SNPs) số vùng DNA ty thể nhiễm sắc thể Y người Mường người Katu” thực Các nội dung đề tài luận văn gồm: - Tách chiết DNA tổng số từ mẫu máu 108 cá thể người Việt thuộc hai dân tộc Mường Katu Nhân vùng điều khiển D-loop DNA ty thể số thị nhiễm sắc thể Y - Xác định trình tự nucleotide trình tự nhân từ mẫu nghiên cứu - Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) trình tự mẫu nghiên cứu thuộc hai dân tộc Mường Katu Chƣơng TỔNG QUAN 1.1 Nghiên cứu đa hinh nucleotide đơn (SNP) 1.1.1 Các dạng SNP 1.1.2 Ứng dụng tầm quan trọng 1.2 Đặc điểm đa hình DNA ty thể 1.2.1 Cấu trúc DNA ty thể 1.2.2 Đặc điểm di truyền DNA ty thể ứng dụng nghiên cứu di truyền tiến hóa 1.2.3 Vùng điều khiển (D-loop) DNA ty thể 1.3 Đặc điểm đa hình nhiễm sắc thể Y 1.3.1 Cấu trúc nhiễm sắc thể Y 1.3.2 Các loại thị nhiễm sắc thể Y 1.3.3 Đa hình nhiễm sắc thể Y ứng dụng nghiên cứu lịch sử di truyền tiến hóa loài người 1.4 Một số đặc điểm dân tộc học người Mường người Katu 1.4.1 Dân tộc Mường 1.4.2 Dân tộc Katu 1.5 Tình hình nghiên cứu quan hệ di truyền tiến hóa người Việt Nam DNA ty thể nhiễm sắc thể Y 1.5.1 DNA ty thể 1.5.2 Nhiễm sắc thể Y Chƣơng ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu mẫu máu ngoại vi cá thể người bình thường, khỏe mạnh, thuộc hai dân tộc Mường Katu Giới tính đối tượng xác định sở tự khai đặc điểm nhận dạng hình thái Trong tổng số 108 mẫu cá thể nghiên cứu có 47 mẫu cá thể thuộc dân tộc Mường nam giới thu thập huyện Như Xuân, tỉnh Thanh Hóa 61 mẫu cá thể thuộc dân tộc Katu (20 nam 41 nữ) thu thập xã Thượng Long, Hương Sơn, Hương Hữu, huyện Nam Đông, tỉnh Thừa Thiên Huế Nguồn gốc dân tộc dựa sở người tình nguyện cho máu tự khai báo đời Các đối tượng nghiên cứu tình nguyện cung cấp máu phục vụ mục đích nghiên cứu khoa học có độ tuổi từ 18 đến 50 Tên, kí hiệu số lượng mẫu cá thể nghiên cứu trình bày bảng Các mẫu máu sau lấy vô trùng bảo quản 80oC sử dụng 2.2 Hóa chất, thiết bị Các hóa chất sử dụng thí nghiệm mua từ hãng hóa chất Sigma, Merck, Invitrogen, Promega, Fermentas Các thiết bị máy móc sử dụng đại, sản xuất Đức, Mỹ, Nhật Bản, Thụy Sĩ 2.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 2.3.1 Tách chiết DNA tổng số từ máu DNA tổng số tách chiết theo phương pháp Sambrook Russell với số cải tiến 2.3.2 Nhân đoạn DNA quan tâm kỹ thuật PCR Các đoạn trình tự nhân gồm : - Đoạn trình tự D-loop DNA ty thể - Các đoạn thị nhiễm sắc thể Y : P186, M175, M216, P191: 2.3.3 Phƣơng pháp xác định trình tự DNA Trình tự đoạn DNA xác định máy tự động ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer, sử dụng BigDye  Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit Số liệu từ máy giải trình tự xử lý phân tích phần mềm chuyên dụng Sequencing Analysis, SeqScape v2.6, BioEdit MEGA5.1 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Tách chiết tinh DNA tổng số từ mẫu máu Kết điện di sản phẩm tách chiết số mẫu hình 3.1 Hình 3.1 Ảnh điện di DNA tổng số gel agarose 0,8% Giếng → 12: DNA tổng số mẫu tương ứng là: NSTY1, NSTY2, NSTY3, NSTY4, NSTY5, NSTY6, NSTY7, NSTY8, NSTY9, NSTY10, NSTY12, NSTY13 Kết tách DNA hình 3.1 cho thấy: tất đường chạy xuất băng DNA Các băng sáng rõ nét, vệt sáng kéo dài phía chứng tỏ DNA bị đứt gãy 3.2 Nhân vùng D-loop thị nhiễm sắc thể Y Sau thu DNA tổng số, tiến hành nhân vùng D-loop đoạn thị nhiễm sắc thể Y kỹ thuật PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu Kết PCR điện di gel agarose để kiểm tra 3.2.1 Nhân vùng D-loop Vùng D-loop DNA ty thể nhân lên phản ứng PCR với cặp mồi DloopF D-loopR với kích thước đoạn DNA nhân lên khoảng 1,4 kb Sản phẩm kiểm tra kỹ thuật điện di gel agarose 0,8% Kết thu hình 3.2 Hình 3.2 Ảnh điện di sản phẩm PCR vùng D-loop số mẫu nghiên cứu sử dụng cặp mồi D-loop F D-loop R gel agarose 0,8% Giếng 1: thang DNA chuẩn (marker kb) Giếng → 10: sản phẩm PCR mẫu NSTY1, NSTY2, NSTY3, NSTY4, NSTY5, NSTY6, NSTY7, NSTY8, NSTY9, NSTY10 Giếng 11: Đối chứng âm (-) Dựa hình ảnh điện di sản phẩm cho thấy: sử dụng cặp mồi D-loop F Dloop R thu sản phẩm PCR đặc hiệu, rõ nét tất mẫu nghiên cứu Kích thước sản phẩm PCR tương ứng phù hợp với kích thước lý thuyết khoảng 1,4 kb 3.2.2 Nhân thị M175, P186, P191 M216 nhiễm sắc thể Y Đoạn thị M175 (178 bp), P186 (168 bp), P191 (177 bp) M216 nhân lên với cặp mồi tương ứng là: M175F + M175R, P186F + P186R, P191F + P191R, M216F + M216R) Do có kích thước nhỏ( 200 bp) nên sản phẩm PCR điện di gel agarose 2% để kiểm tra kết khuếch đại Kết điện di sản phẩm PCR thu hình 3.3 Hình 3.3 Ảnh điện di sản phẩm PCR hai đoạn thị M175, M216, P191 P186 số mẫu nghiên cứu gel agarose 2% Giếng hình A, B, C, D: thang DNA chuẩn (marker 100 bp) Giếng → hình A, B, C, D: sản phẩm PCR mẫu NSTY1, NSTY5, NSTY8, NSTY9, NSTY15, NSTY36 với cặp mồi tương ứng Giếng hình A, B, C, D: Đối chứng âm (-) Sản phẩm điện di kiểm tra cho thấy đoạn trình tự DNA nhân lên đặc hiệu, vạch rõ ràng có kích thước tương đương với tính toán lý thuyết Sau sản phẩm PCR mẫu nghiên cứu tinh giải trinhg tự máy tự động ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer, sử dụng BigDye  Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit 3.3 Phân tích xử lý số liệu trình tự vùng D-loop DNA ty thể mẫu nghiên cứu 3.3.1 Phân tích xử lý số liệu trình tự vùng D-loop DNA ty thể mẫu cá thể ngƣời Mƣờng Chúng tiến hành xác định trình tự vùng điều khiển D-loop DNA ty thể theo phương pháp đọc trực tiếp từ sản phẩm PCR tinh tất mẫu nghiên cứu theo chiều cặp mồi D-loop F D-loop R Điều làm tăng độ tin cậy số liệu thu đọc chiều không kiểm tra sai sót xảy Sau kiểm tra, so sánh xử lý vùng trùng phần mềm SeqScapev2.6 thu trình tự nucleotide hoàn chỉnh vùng D-loop 38 mẫu dân tộc Mường với kích thước 1121 bp, tương ứng với vị trí nucleotide vùng D-loop đồ gen ty thể 16024 – 16569/0 – 576 Sau đó, tiến hành so sánh trình tự vùng Dloop 38 mẫu cá thể nghiên cứu với với trình tự vùng D-loop chuẩn (rCRS) công bố Ngân hàng liệu DNA ty thể MITOMAP Số liệu thu thập so sánh với trình tự chuẩn rCRS cho thấy có nhiều vị trí đa hình so với trình tự chuẩn Tổng cộng 38 mẫu Mường có 494 vị trí sai khác so với trình tự chuẩn Đây số lượng lớn song phù hợp với nghiên cứu trước thấy vùng điều khiển D-loop có tần số đa hình cao hệ gen ty thể Các mẫu có mức độ đa hình không giống Cụ thể, mẫu có vị trí đa hình 8, mẫu có nhiều vị trí đa hình 19 Từ kết so sánh vị trí đa hình mẫu thống kê hình 3.4, thấy vị trí đa hình mẫu tập trung nhiều vào đoạn HV1, sau đoạn HV2 thay đổi vùng xen đoạn HV1 HV2 Các đa hình thay phổ biến (chiếm 71,59%) so với đa hình nucleotide (chiếm 18,75%) đa hình thêm nucleotide (chiếm 9,66%) Các nucleotide chèn vào thường C nucleotide bị thường liên quan đến nucleotide C A Nhìn chung, số liệu thu vị trí đa hình vùng điều khiển D-loop phản ánh tốc độ đột biến cao vùng này, đặc biệt vùng siêu biến HV1 Như trình tự nucleotide xác định từ 38 mẫu cá thể nghiên cứu số liệu vùng điều khiển D-loop ty thể người dân tộc Mường Toàn 1100 nucleotide thuộc vùng D-loop xác định có ý nghĩa việc nghiên cứu di truyền quần thể tiến hóa người Việt Nam 3.3.2 Phân tích xử lý số liệu trình tự vùng HV1 DNA ty thể mẫu cá thể ngƣời Katu Với mẫu người dân tộc Katu, tiến hành giải trình tự phân tích số liệu vùng HV1 Sản phẩm khuếch đại trình tự D-loop mẫu người dân tộc Katu giải trình tự với mồi HV1-C5’-F sau trình tự phân tích tiến hành so sánh với trình tự chuẩn để xác định SNP Theo số liệu thu được, thấy có tổng công 187 vị trí sai khác tổng số 41 mẫu nghiên cứu đọc trình tự hoàn chỉnh Tính có trung bình 4.56 điểm khác biệt trình tự vùng HV1 (có kích thước 359 bp), vậy, thấy tỷ lệ xảy đa hình vùng lên tới 1.27% Để tìm hiểu mối liên quan di truyền nguồn gốc tiến hóa nhóm cá thể nghiên cứu hai dân tộc Mường Katu, tiến hành so sánh phân tích chủng loại phát sinh dựa trình tự vùng HV1 mẫu nghiên cứu với trình tự công bố dân tộc khu vực Dữ liệu trình tự dân tộc tải từ trang mạng (http://www.mtdb.igp.uu.se/) bao gồm trình tự vùng D-loop người Ấn Độ, Australia, Campuchia, Đài Loan, Hàn Quốc, Indonesia, Malaysia, Nhật Bản, Pakistan, Các quốc đảo khu vực Papua New Guine (PNG), Philippines, Thái Lan người miền nam Trung Quốc Từ trình tự xây dựng bảng thông tin khoảng di truyền dân tộc phần mềm MEGA5.1 thu kết bảng 3.1 Bảng 3.1 Khoảng cách di truyền dân tộc dựa trình tự HV1 Từ bảng số liệu thấy hai nhóm cá thể người Mường người Katu có khoảng cách di truyền 0.023 Nhóm người Katu có khoảng cách di truyền gần với người Campuchia 0.017 Điều phù hợp người Katu thuộc nhóm ngôn ngữ MônKhmer có địa bàn cư trú gần với Campuchia Khoảng cách di truyền người Katu với Katu Katu Muong Indian Australian Cambodian Taiwanese Korean Indonesian Malaysian Japanese Pakistan PNG Philippine Thai Chinese Muong Indian 0.023 0.024 0.022 Australi Cambo Taiwan Indone Malaysi Japane Pakista Philippi Korean PNG an dian ese sian an se n ne 0.030 0.017 0.028 0.035 0.025 0.023 0.026 0.025 0.029 0.027 0.029 0.026 0.029 0.032 0.028 0.024 0.024 0.025 0.029 0.024 0.012 0.031 0.019 0.031 0.028 0.020 0.008 0.022 0.021 0.006 0.035 0.024 0.035 0.034 0.026 0.017 0.028 0.027 0.015 0.028 0.037 0.028 0.027 0.032 0.029 0.034 0.034 0.035 0.030 0.029 0.022 0.029 0.029 0.022 0.034 0.035 0.036 0.034 0.029 0.034 0.022 0.032 0.025 0.035 0.031 0.023 0.023 0.030 0.022 0.026 0.025 0.008 0.030 0.023 0.025 Thai 0.023 0.027 0.023 0.029 0.024 0.027 0.032 0.025 0.027 0.027 0.028 0.030 0.027 Chines e 0.029 0.027 0.016 0.025 0.035 0.030 0.040 0.030 0.024 0.017 0.027 0.032 0.016 0.031 người Thái người Malaysia với người Mường 0.023 Nhìn chung người Mường người Katu có khoảng cách di truyền gần với nhóm người khu vực Đông Nam Á Bên cạnh khoảng cách di truyền người Mường người Katu với người khu vực Nam Á gần, cụ thể với người Ấn Độ (0.024) người Pakistan (0.025) khoảng cách hai dân tộc với nhóm người Bắc Á tương đối xa với Hàn Quốc (0.035) Đài Loan (0.029) Để tìm hiểu rõ hơn, tiến hành xây dựng chủng loại phát sinh dựa số liệu có đặc điểm đa hình vùng HV1 ty thể cho kết hình 3.4 Hình 3.4 Cây phát sinh chủng loại cá thể ngƣời Mƣờng, ngƣời Katu dân tộc khu vực 3.4 Xác định thị đa hình nucleotide (SNP) nhiễm sắc thể Y Đông Nam Á ghi nhận khu vực có số lượng lớn nhóm đơn bội phân nhóm đơn bội nhiễm sắc thể Y Trong O C hai nhóm đơn bội khu vực Do định lựa chọn số thị đặc trưng để nghiên cứu đa hình hai nhóm 3.4.1 Lựa chọn thị SNP Để tìm hiểu phân bố nhóm đơn bội người Mường người Katu, tiến hành xác định đa hình thị SNP tiêu biểu nhóm, cụ thể thị: M175, P186, P191 đại diện cho nhóm đơn bội O thị M216 đại diện cho nhóm đơn bội C Chỉ thị M175 có đa hình – 5bp (±/TTCTC) từ vị trí nucleotide 14018100 đến 14018104 nhiễm sắc thể Y Chỉ thị P186 có đa hình CA tương ứng với vị trí 7628568 14263707, thị P191 có đa hình AG vị trí 13924509 thị M216 có đa hình CT vị trí nucleotide 13946958 nhiễm sắc thể Y.Để xác định điểm đa hình này, cặp mồi thiết kế để nhân đoạn có mang SNP sở trình tự nhiễm sắc thể Y công bố ngân hàng Genbank 3.4.2 Nhân đoạn mang thị SNP Với mục đích xác định SNP thuộc nhóm đơn bội O C, tiến hành nhân đoạn chứa SNP cần phân tích Theo tính toán lý thuyết đoạn M175, P186, P191 M216 có kích thước 178 bp, 168, 177 bp 160 bp Kết cho thấy, nhân đoạn trình tự DNA mang SNP với kích thước tương ứng với tính toán lý thuyết trình bày hình 3.3 Xác định đa hình SNP Trình tự đoạn thị SNP mẫu nghiên cứu so sánh với trình tự chuẩn tương ứng thị lấy từ trung tâm thông tin công nghệ sinh học quốc gia Hoa Kỳ (NCBI) Sau so sánh cho thấy nhân đoạn DNA thị quan tâm xác định vị trí đa lý thuyết Cụ thể thị M175 có đa hình – 5bp (±/TTCTC) Chỉ thị P186 có đa hình CA, thị P191 có đa hình AG vị trí thị M216 có đa hình CT Kết xác định SNP thuộc nhóm đơn bội O C cho thấy, tất thị xuất đa hình mẫu nghiên cứu Trong đó, có thị có mức độ đa hình lớn P186 chiếm 97,06% số mẫu có đa hình P191 có 94,12% đa hình AG Chỉ thị M175 hai dân tộc cao lên đến 70,6% thị nhóm đơn bội C M216 có mức độ đa hình thấp , với cá thể mang đa hình T chiếm 1.47% nhận diện mẫu nghiên cứu Nhóm đơn bội O*-M175/P186/P191 Nhóm đơn bội O dòng chủ đạo Đông Đông Nam Á, bao gồm 1/4 tất đàn ông giới với tần số xuất trung bình toàn khu vực lên đến 60% Theo phương pháp phân loại nhóm đơn bội nhiễm sắc thể Y đưa năm 2002 cập nhật lại năm 2008 nhóm đơn bội O xác định thị (M175, P186, P191 P196 ) Cận nhóm O mang thị nêu trên, không mang đa hình thuộc nhánh phát sinh từ O Từ số liệu thu cho thấy, có 48 cá thể mang đa hình thuộc cận nhóm O-M175, 66 cá thể mang đa hình thuộc cận nhóm O-P186 64 thuộc cận nhóm O-P191 với tần số phân bố tương ứng 70,59%, 97,06% 94,12 % Tuy nhiên, nghiên cứu này, chưa có điều kiện để phân tích toàn thị nhánh sinh từ nhóm đơn bội O Vì số liệu thống kê bị thay đổi có phân tích đầy đủ đa hình thỉ thị nhánh thuộc nhóm đơn bội Nhóm đơn bội O chiếm khoảng 80 đến 90% đàn ông Đông Đông Nam Á gần không tìm thấy nơi khác Chỉ thị M175 không xuất Tây Siberia, Tây Á châu Âu, đặc biệt hoàn toàn không tìm thấy Châu Phi Châu Mỹ, số nhánh nhóm đơn bội O xuất với tần số tương đối lạc Nam Á, nhóm người thuộc nhóm ngôn ngữ Altaic Trung Á nhóm người thuộc nhóm ngôn ngữ Austronesia châu Đại Dương Hình 3.5 Bản đồ phân bố nhóm đơn bội O giới Nhóm đơn bội O phân bố chủ yếu khu vực Châu Á Thái Bình Dương đảo Madagasca Tần số phân bố nhóm đơn bội miêu tả mức độ đậm nhạt màu xanh hình 3.5 Nhóm đơn bội O tách từ nhóm đơn bội NO (M214), nhóm đơn bội xuất Siberia phía Đông Trung Á khoảng 35 000 năm trước Thuộc nhóm đơn bội O, nhánh O1, O2 O3 có cận nhóm O* Cận nhóm O* không mang đa hình xác định nhánh O1, O2 O3 Cận nhóm có tần số thấp người Trung Đông Á đại Trong điều tra tổng thể đa hình nhiễm sắc thể Y nhóm người sống khu vực trung đại lục Á-Âu, người ta tìm thấy nhóm đơn bội O* M175 xuất với tần số: 2,5% (1/40 cá thể) người Tajik Samarkand, 4,5% (1/22) người Crimean Tatar sống Uzbekistan, 1,5% (1/68) người Uzbek sống Surkhandarya, 1,4% (1/70) người Uzbek sống Khorezm, 6,3% (1/16) người Tajik sống Dushanbe, 1,9% (1/54) người Kazakh sống Kazakhstan, 4,5% (2/41) người Uyghur sống Kazakhstan 31,1% (14/45) người Triều Tiên Nhóm đơn bội C*-M216 Nhóm đơn bội C xuất sau loài người di cư châu Phi khoảng 50 nghìn năm trước Nhóm đơn bội theo đường từ Nam bán đảo Ả Rập qua Pakistan Ấn Độ đến Sri Lanka, Đông Nam Á Australia Cận nhóm C* tìm thấy Ấn Độ, Sri Lanka, số nơi Đông Nam Á C1 xuất chủ yếu người Nhật Bản, C2 có tần số phân bố cao New Guinea, Melanesia, Polynesia C3 có nguồn gốc Đông Nam Á Trung Á, từ phân bố lên Bắc Á di cư sang châu Mỹ Chỉ thị M216, với thị khác (RPS4Y711, P184, P255 P260) xác định nhóm đơn bội C Với tổng số cá thể 68 tiến hành phân tích, phát cá thể có đa hình thị này, với tỷ lệ xuất 1,47% Từ kết cho thấy, C-M216 có tần số phân bố tương đối thấp cộng đồng người Việt Nam Tần số phân bố nhóm đơn bội C-M216 số dân tộc sống tỉnh phía Nam Trung Quốc (Quảng Đông Quảng Tây) từ 2,9% người Biao 10% người Man-Caolan Trong đó, tần số phân bố nhóm đơn bội số dân tộc sống khu vực Đông Nam Á số vùng châu Đại Dương tương đối cao, từ 7,7% người Bangka 45,5% người Irian Từ liệu nghiên cứu thấy: Với tần số xuất lớn thị nhóm đơn bội O (từ 70% thị M175 90% thị P186 p191) với tỉ lệ xuất nhỏ thị nhóm C (1.47% thị M216) Người Mường Người Katu có đặc điểm đa hình nhiễm sắc thể Y tương đồng với dân tộc khác khu vực Đông Á đặc biệt khu vực Đông Nam Á Hình 3.6 Bản đồ mô tả thuyết di cƣ quần thể theo phụ hệ vào Đông Á Bản đồ hiển thị tuyến đường di cư người đại đến Đông Á phát tán lãnh thổ Các quần thể người Đông Nam Á ghi nhận có độ đa dạng lớn nhóm phân nhóm đơn bội Qúa trình lịch sử hình thành di cư nhóm đơn bội phức tạp Một số học thuyết cho hai nhóm đơn bội C D nhóm xuất khu vực có khả hai nhóm đạt chỗ đứng khu vực khoảng 45000 năm trước, thời kỳ đồ đá cũ trước di cư lên phía bắc Sau đó, khoảng 35000 năm trước, nhóm đơn bội O xuất phát triển rộng khắp khu vực Đông Á Sự phát triển nhóm đơn bội O cho chúng xuất phát triển với gia tăng dân số loài người thời kỳ đồ đá người bắt đầu phát triển kỹ thuật nông nghiệp sơ khai Dựa vào đồ di cư nhóm đơn bội (hình 3.6) thấy: Việt Nam gần nằm giao điểm đường di cư nhóm hình 3.6 thể nước ta nằm vùng có tần số xuất nhóm đơn bội O lớn Cụ thể phân bố mô tả hình 3.7 Hình 3.7 Sự phân bố nhóm đơn bội Y Đông Á khu vực xung quanh Nhóm đơn bội C N chiếm ưu phía Bắc lục địa Các nhóm đơn bội P, R J phổ biến phía Tây, O khắp khu vực phía Đông, Đông Nam phía Nam Nhóm đơn bội D 10 phân bố Tây Tạng Nhật Bản Châu Đại Dương nơi cư trú nhóm M Nhóm đơn bội Q phân bố cực đông bắc nước Nga 3.5 Các đa hình DNA ty thể nhiễm sắc thể Y cá thể ngƣời Mƣờng ngƣời Katu Bên cạnh số liệu đa hình thị nhiễm sắc thể Y, số liệu vùng điều khiển DNA ty thể thể kết tương tự Chúng ta thấy, nhóm cá thể thuộc thấy hai dân tộc Mường Katu có mối quan hệ gần gũi với với dân tộc khu vực Đông Nam Á Campuchia, Thái Lan, Malysia người Nam Á Ấn Độ Pakistan Đặc điểm đa hình thị nhiễm sắc thể Y cho thấy với tần xuất lớn (trên 90% hai thị P186 P191, 70% thị M175) đa hình nhóm O vốn đặc trưng cho tần xuất nhóm đơn bội khu vực Như vậy, đa hình DNA ty thể nhiễm sắc thể Y cá thể người Mường người Katu nghiên cứu cho kết tương tự với kết nghiên cứu trước đặc điểm đa hình dân tộc khác khu vực KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Từ kết đạt rút số kết luận sau đây: Đã tách chiết tinh DNA tổng số từ mẫu máu 108 mẫu cá thể người Việt Nam thuộc hai dân tộc Mường Katu sau nhân thành công vùng điều khiển D-loop (1121 bp) DNA ty thể thị M175 (178 bp), P186 (168 bp), P191 (177 bp) M216 (160 bp) nhiễm sắc thể Y kỹ thuật PCR, sử dụng cặp mồi tương ứng Đã xác định trình tự vùng điều khiển D-loop khoảng 1120 bp 38 mẫu cá thể người Mường, trình tự vùng HV1 41 mẫu cá thể người Katu trình tự đoạn thị nhiễm sắc thể Y 68 mẫu nam người Mường Katu Phân tích trình tự, phát thấy tổng cộng có 494 điểm sai khác vùng D-loop mẫu cá thể dân tộc Mường 187 điểm sai khác vùng HV1 mẫu cá thể người dân tộc Katu Bước đầu xác định khoảng cách di truyền xây dựng phát sinh chủng loại dựa trình tự vùng HV1 DNA ty thể hai nhóm cá thể hai dân tộc Mường Katu với dân tộc khu vực lân cận người Thái Lan, người Campuchia, người Malaysia … Trong tổng số 68 mẫu nghiên cứu đa hình thị nhiễm sắc thể Y thuộc dân tộc Mường Katu, xác định 48 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-M175 chiếm 70.59 %, 64 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-P191 chiếm 94.12 % 66 cá thể thuộc nhóm đơn bội OP186 chiếm 97.06 % Đối với nhóm đơn bội C-M216 xác định đa hình chiếm tỷ lệ 1.47% KIẾN NGHỊ Để nghiên cứu sâu vùng điều khiển D-loop thị nhiễm sắc thể Y dân tộc Việt Nam cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu với cỡ mẫu lớn bao gồm dân tộc số lượng thị nhiều References Tiếng Việt 11 Ban đạo đại hội đại biểu dân tộc thiểu số Việt Nam (2010), Cộng đồng dân tộc Việt Nam, Nhà xuất giáo dục Việt Nam Đái Duy Ban, Lê Thanh Hòa, Nguyễn Văn Vũ, Hoàng Minh Châu, Nguyễn Bích Nga, Đái Hằng Nga, Lê Kim Xuyến, Đoàn Thanh Hương, Phạm Công Hoạt, Phan Xuân Đọc, Lê Trung Dũng, Lê Quang Huấn, Nguyễn Thanh Đạm, Nguyễn Bá Đức, Nguyễn Công Hoàng (2003), “Bước đầu nghiên cứu ung thư vú bệnh nhân Việt Nam phương pháp sinh học phân tử sử dụng thị di truyền hệ gen ty thể đoạn D-Loop”, Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2, Nghiên cứu sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003 Nhà xuất Khoa học kỹ thuật, Hà Nội, tr 825-829 Lê Quang Huấn, Trần Mỹ Linh, Vũ Thị Thư, Phan Minh Tuấn, Lê Trần Bình (2003), “Nghiên cứu giám định phả hệ kỹ thuật DNA”, Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2, Nghiên cứu sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003, Nhà xuất Khoa học kỹ thuật Hà Nội, tr 917-919 Huỳnh Thị Thu Huệ, Hoàng Thị Thu Yến, Nguyễn Đăng Tôn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Đình Cường, Phan Văn Chi, Nông Văn Hải (2005), “Phân tích trình tự vùng điều khiển (Dloop) genome ty thể cá thể người Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 3(1), tr 31-38 Trần Thị Minh Nguyệt, Lê Thị Bích Thảo, Đỗ Quỳnh Hoa, Tống Quỳnh Mai, Nguyễn Thị Tỵ, Nguyễn Bích Nhi, Phan Văn Chi (2005), “Xác định trình tự gen 12S Rrna ty thể số cá thể người Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học 3(3), tr 287-292 Nguyễn Đăng Tôn, Nguyễn Thùy Dương, Nông Văn Hải (2009), “Sự phân bố đa hình nucleotide đơn nhóm đơn bội O nhiễm sắc thể Y người Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học (3), tr 285-294 Tiếng Anh Aitken, R J.,Marshall Graves, J A (2002), "The future of sex." Nature 415(6875), 963 Bao, W., Zhu, S., Pandya, A., Zerjal, T., Xu, J., Shu, Q., Du, R., Yang, H.,Tyler-Smith, C (2000), "MSY2: a slowly evolving minisatellite on the human Y chromosome which provides a useful polymorphic marker in Chinese populations." Gene 244(1-2), 29-33 Barreiro, L B., Laval, G., Quach, H., Patin, E.,Quintana-Murci, L (2008), "Natural selection has driven population differentiation in modern humans." Nat Genet 40(3), 340-345 12 10 Boles, R G., Luna, C.,Ito, M (2003), "Severe reversible cardiomyopathy in four unrelated infants associated with mitochondrial DNA D-loop heteroplasmy." Pediatr Cardiol 24(5), 484-487 11 Bowler, J M., Johnston, H., Olley, J M., Prescott, J R., Roberts, R G., Shawcross, W.,Spooner, N A (2003), "New ages for human occupation and climatic change at Lake Mungo, Australia." Nature 421(6925), 837-840 12 Brion, M., Sanchez, J J., Balogh, K., Thacker, C., Blanco-Verea, A., Borsting, C., Stradmann-Bellinghausen, B., Bogus, M., Syndercombe-Court, D., Schneider, P M., Carracedo, A.,Morling, N (2005), "Introduction of an single nucleodite polymorphismbased "Major Y-chromosome haplogroup typing kit" suitable for predicting the geographical origin of male lineages." Electrophoresis 26(23), 4411-4420 13 Brown, M D., Hosseini, S H., Torroni, A., Bandelt, H J., Allen, J C., Schurr, T G., Scozzari, R., Cruciani, F.,Wallace, D C (1998), "mtDNA haplogroup X: An ancient link between Europe/Western Asia and North America?", Am J Hum Genet 63(6), 18521861 14 Brown, W M., Prager, E M., Wang, A.,Wilson, A C (1982), "Mitochondrial DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution." J Mol Evol 18(4), 225-239 15 Cann, R L., Stoneking, M.,Wilson, A C (1987), "Mitochondrial DNA and human evolution." Nature 325(6099), 31-36 16 Casanova, M., Leroy, P., Boucekkine, C., Weissenbach, J., Bishop, C., Fellous, M., Purrello, M., Fiori, G.,Siniscalco, M (1985), "A human Y-linked DNA polymorphism and its potential for estimating genetic and evolutionary distance." Science 230(4732), 1403-1406 17 Chen, M H., Lee, H M.,Tzen, C Y (2002), "Polymorphism and heteroplasmy of mitochondrial DNA in the D-loop region in Taiwanese." J Formos Med Assoc 101(4), 268-276 18 Collins, F S., Brooks, L D.,Chakravarti, A (1998), "A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation." Genome Res 8(12), 1229-1231 19 Collins, F S., Guyer, M S.,Charkravarti, A (1997), "Variations on a theme: cataloging human DNA sequence variation." Science 278(5343), 1580-1581 20 Denaro, M., Blanc, H., Johnson, M J., Chen, K H., Wilmsen, E., Cavalli-Sforza, L L.,Wallace, D C (1981), "Ethnic variation in Hpa endonuclease cleavage patterns of human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 78(9), 5768-5772 13 21 Deng, W., Shi, B., He, X., Zhang, Z., Xu, J., Li, B., Yang, J., Ling, L., Dai, C., Qiang, B., Shen, Y.,Chen, R (2004), "Evolution and migration history of the Chinese population inferred from Chinese Y-chromosome evidence." J Hum Genet 49(7), 339-348 22 Fareed, M., Afzal, M (2012), "Single nucleotide polymorphism in genome-wide association of human population: A tool for broad spectrum service." Egyptian Journal of Medical Human Genetics 23 Fernandes, S., Paracchini, S., Meyer, L H., Floridia, G., Tyler-Smith, C.,Vogt, P H (2004), "A large AZFc deletion removes DAZ3/DAZ4 and nearby genes from men in Y haplogroup N." Am J Hum Genet 74(1), 180-187 24 Fernandez-Moreno, M A., Bornstein, B., Petit, N.,Garesse, R (2000), "The pathophysiology of mitochondrial biogenesis: towards four decades of mitochondrial DNA research." Mol Genet Metab 71(3), 481-495 25 Finnila, S., Lehtonen, M S.,Majamaa, K (2001), "Phylogenetic network for European mtDNA." Am J Hum Genet 68(6), 1475-1484 26 Forster, P.,Matsumura, S (2005), "Evolution Did early humans go north or south?", Science 308(5724), 965-966 27 Giles, R E., Blanc, H., Cann, H M.,Wallace, D C (1980), "Maternal inheritance of human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 77(11), 6715-6719 28 Graves, J A (2006), "Sex chromosome specialization and degeneration in mammals." Cell 124(5), 901-914 29 Greenberg, B D., Newbold, J E.,Sugino, A (1983), "Intraspecific nucleotide sequence variability surrounding the origin of replication in human mitochondrial DNA." Gene 21(1-2), 33-49 30 Hammer, M F., Karafet, T M., Park, H., Omoto, K., Harihara, S., Stoneking, M.,Horai, S (2006), "Dual origins of the Japanese: Common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes." J Hum Genet 51, 47-58 31 Hammer, M F., Karafet, T M., Redd, A J., Jarjanazi, H., Santachiara-Benerecetti, S., Soodyall, H.,Zegura, S L (2001), "Hierarchical patterns of global human Y-chromosome diversity." Mol Biol Evol 18(7), 1189-1203 32 He, J D., Peng, M S., Quang, H H., Dang, K P., Trieu, A V., Wu, S F., Jin, J Q., Murphy, R W., Yao, Y G.,Zhang, Y P (2012), "Patrilineal perspective on the Austronesian diffusion in Mainland Southeast Asia." PLoS One 7(5), e36437 33 Herrnstadt, C., Elson, J L., Fahy, E., Preston, G., Turnbull, D M., Anderson, C., Ghosh, S S., Olefsky, J M., Beal, M F., Davis, R E.,Howell, N (2002), "Reduced-median- 14 network analysis of complete mitochondrial DNA coding-region sequences for the major African, Asian, and European haplogroups." Am J Hum Genet 70(5), 1152-1171 34 Heyer, E., Puymirat, J., Dieltjes, P., Bakker, E.,de Knijff, P (1997), "Estimating Y chromosome specific microsatellite mutation frequencies using deep rooting pedigrees." Hum Mol Genet 6(5), 799-803 35 Horai, S., Hayasaka, K., Kondo, R., Tsugane, K.,Takahata, N (1995), "Recent African origin of modern humans revealed by complete sequences of hominoid mitochondrial DNAs." Proc Natl Acad Sci U S A 92(2), 532-536 36 Ingman, M.,Gyllensten, U (2001), "Analysis of the complete human mtDNA genome: methodology and inferences for human evolution." J Hered 92(6), 454-461 37 Ingman, M.,Gyllensten, U (2003), "Mitochondrial genome variation and evolutionary history of Australian and New Guinean aborigines." Genome Res 13(7), 1600-1606 38 Ingman, M., Kaessmann, H., Paabo, S.,Gyllensten, U (2000), "Mitochondrial genome variation and the origin of modern humans." Nature 408(6813), 708-713 39 Ivanova, R., Astrinidis, A., Lepage, V., Djoulah, S., Wijnen, E., Vu-Trieu, A N., Hors, J.,Charron, D (1999), "Mitochondrial DNA polymorphism in the Vietnamese population." Eur J Immunogenet 26(6), 417-422 40 Jin, H J., Kwak, K D., Hammer, M F., Nakahori, Y., Shinka, T., Lee, J W., Jin, F., Jia, X., Tyler-Smith, C.,Kim, W (2003), "Y-chromosomal DNA haplogroups and their implications for the dual origins of the Koreans." Hum Genet 114(1), 27-35 41 Jobling, M A., Samara, V., Pandya, A., Fretwell, N., Bernasconi, B., Mitchell, R J., Gerelsaikhan, T., Dashnyam, B., Sajantila, A., Salo, P J., Nakahori, Y., Disteche, C M., Thangaraj, K., Singh, L., Crawford, M H.,Tyler-Smith, C (1996), "Recurrent duplication and deletion polymorphisms on the long arm of the Y chromosome in normal males." Hum Mol Genet 5(11), 1767-1775 42 Karafet, T., Xu, L., Du, R., Wang, W., Feng, S., Wells, R S., Redd, A J., Zegura, S L.,Hammer, M F (2001), "Paternal population history of East Asia: sources, patterns, and microevolutionary processes." Am J Hum Genet 69(3), 615-628 43 Karafet, T M., Mendez, F L., Meilerman, M B., Underhill, P A., Zegura, S L.,Hammer, M F (2008), "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree." Genome Research 18(5), 830-838 44 Kayser, M., Brauer, S., Cordaux, R., Casto, A., Lao, O., Zhivotovsky, L A., MoyseFaurie, C., Rutledge, R B., Schiefenhoevel, W., Gil, D., Lin, A A., Underhill, P A., Oefner, P J., Trent, R J.,Stoneking, M (2006), "Melanesian and Asian origins of 15 Polynesians: mtDNA and Y chromosome gradients across the Pacific." Mol Biol Evol 23(11), 2234-2244 45 Kayser, M., Kittler, R., Erler, A., Hedman, M., Lee, A C., Mohyuddin, A., Mehdi, S Q., Rosser, Z., Stoneking, M., Jobling, M A., Sajantila, A.,Tyler-Smith, C (2004), "A comprehensive survey of human Y-chromosomal microsatellites." Am J Hum Genet 74(6), 1183-1197 46 lan C Gray, D A C a N K S (2000), "Single nucleotide polymorphisms as tools in human genetics." Human Molecular Genetics 9, 2403 - 2408 47 Lee, H C., Li, S H., Lin, J C., Wu, C C., Yeh, D C.,Wei, Y H (2004), "Somatic mutations in the D-loop and decrease in the copy number of mitochondrial DNA in human hepatocellular carcinoma." Mutat Res 547(1-2), 71-78 48 Li, H., Wen, B., Chen, S J., Su, B., Pramoonjago, P., Liu, Y., Pan, S., Qin, Z., Liu, W., Cheng, X., Yang, N., Li, X., Tran, D., Lu, D., Hsu, M T., Deka, R., Marzuki, S., Tan, C C.,Jin, L (2008), "Paternal genetic affinity between Western Austronesians and Daic populations." BMC Evol Biol 8, 146 49 Liou, C W., Lin, T K., Huang, F M., Chen, T L., Lee, C F., Chuang, Y C., Tan, T Y., Chang, K C.,Wei, Y H (2004), "Association of the mitochondrial DNA 16189 T to C variant with lacunar cerebral infarction: evidence from a hospital-based case-control study." Ann N Y Acad Sci 1011, 317-324 50 Lucotte, G.,Ngo, N Y (1985), "p49f, A highly polymorphic probe, that detects Taq1 RFLPs on the human Y chromosome." Nucleic Acids Res 13(22), 8285 51 Malik, S., Sudoyo, H., Pramoonjago, P., Suryadi, H., Sukarna, T., Njunting, M., Sahiratmadja, E.,Marzuki, S (2002), "Nuclear mitochondrial interplay in the modulation of the homopolymeric tract length heteroplasmy in the control (D-loop) region of the mitochondrial DNA." Hum Genet 110(5), 402-411 52 Malyarchuk, B A., Rogozin, I B., Berikov, V B.,Derenko, M V (2002), "Analysis of phylogenetically reconstructed mutational spectra in human mitochondrial DNA control region." Hum Genet 111(1), 46-53 53 Marjanovic, D., Fornarino, S., Montagna, S., Primorac, D., Hadziselimovic, R., Vidovic, S., Pojskic, N., Battaglia, V., Achilli, A., Drobnic, K., Andjelinovic, S., Torroni, A., Santachiara-Benerecetti, A S.,Semino, O (2005), "The peopling of modern BosniaHerzegovina: Y-chromosome haplogroups in the three main ethnic groups." Ann Hum Genet 69(Pt 6), 757-763 16 54 McPherson, J D., Marra, M., Hillier, L., Waterston, R H., Chinwalla, A., Wallis, J., Sekhon, M., Wylie, K., Mardis, E R., Wilson, R K., Fulton, R., Kucaba, T A., WagnerMcPherson, C., Barbazuk, W B., Gregory, S G., Humphray, S J., French, L., Evans, R S., Bethel, G., Whittaker, A., Holden, J L., McCann, O T., Dunham, A., Soderlund, C., Scott, C E., Bentley, D R., Schuler, G., Chen, H C., Jang, W., Green, E D., Idol, J R., Maduro, V V., Montgomery, K T., Lee, E., Miller, A., Emerling, S., Kucherlapati, Gibbs, R., Scherer, S., Gorrell, J H., Sodergren, E., Clerc-Blankenburg, K., Tabor, P., Naylor, S., Garcia, D., de Jong, P J., Catanese, J J., Nowak, N., Osoegawa, K., Qin, S., Rowen, L., Madan, A., Dors, M., Hood, L., Trask, B., Friedman, C., Massa, H., Cheung, V G., Kirsch, I R., Reid, T., Yonescu, R., Weissenbach, J., Bruls, T., Heilig, R., Branscomb, E., Olsen, A., Doggett, N., Cheng, J F., Hawkins, T., Myers, R M., Shang, J., Ramirez, L., Schmutz, J., Velasquez, O., Dixon, K., Stone, N E., Cox, D R., Haussler, D., Kent, W J., Furey, T., Rogic, S., Kennedy, S., Jones, S., Rosenthal, A., Wen, G., Schilhabel, M., Gloeckner, G., Nyakatura, G., Siebert, R., Schlegelberger, B., Korenberg, J., Chen, X N., Fujiyama, A., Hattori, M., Toyoda, A., Yada, T., Park, H S., Sakaki, Y., Shimizu, N., Asakawa, S., Kawasaki, K., Sasaki, T., Shintani, A., Shimizu, A., Shibuya, K., Kudoh, J., Minoshima, S., Ramser, J., Seranski, P., Hoff, C., Poustka, A., Reinhardt, R.,Lehrach, H (2001), "A physical map of the human genome." Nature 409(6822), 934-941 55 Nachman, M W.,Crowell, S L (2000), "Estimate of the mutation rate per nucleotide in humans." Genetics 156(1), 297-304 56 Oota, H., Kitano, T., Jin, F., Yuasa, I., Wang, L., Ueda, S., Saitou, N.,Stoneking, M (2002), "Extreme mtDNA homogeneity in continental Asian populations." Am J Phys Anthropol 118(2), 146-153 57 Pakendorf, B., Novgorodov, I N., Osakovskij, V L., Danilova, A P., Protod'jakonov, A P.,Stoneking, M (2006), "Investigating the effects of prehistoric migrations in Siberia: genetic variation and the origins of Yakuts." Hum Genet 120(3), 334-353 58 Peng, M S., Quang, H H., Dang, K P., Trieu, A V., Wang, H W., Yao, Y G., Kong, Q P.,Zhang, Y P (2010), "Tracing the Austronesian footprint in Mainland Southeast Asia: a perspective from mitochondrial DNA." Mol Biol Evol 27(10), 2417-2430 59 Repping, S., van Daalen, S K., Brown, L G., Korver, C M., Lange, J., Marszalek, J D., Pyntikova, T., van der Veen, F., Skaletsky, H., Page, D C.,Rozen, S (2006), "High mutation rates have driven extensive structural polymorphism among human Y chromosomes." Nat Genet 38(4), 463-467 17 60 Robin, E D.,Wong, R (1988), "Mitochondrial DNA molecules and virtual number of mitochondria per cell in mammalian cells." J Cell Physiol 136(3), 507-513 61 Sahoo, S., Singh, A., Himabindu, G., Banerjee, J., Sitalaximi, T., Gaikwad, S., Trivedi, R., Endicott, P., Kivisild, T., Metspalu, M., Villems, R.,Kashyap, V K (2006), "A prehistory of Indian Y chromosomes: evaluating demic diffusion scenarios." Proc Natl Acad Sci U S A 103(4), 843-848 62 Salas, A., Lareu, V., Calafell, F., Bertranpetit, J.,Carracedo, A (2000), "mtDNA hypervariable region II (HVII) sequences in human evolution studies." Eur J Hum Genet 8(12), 964-974 63 Sambrook J, R D (2001) Molecular Cloning A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor NewYork 64 Scheinfeldt, L., Friedlaender, F., Friedlaender, J., Latham, K., Koki, G., Karafet, T., Hammer, M.,Lorenz, J (2006), "Unexpected NRY chromosome variation in Northern Island Melanesia." Mol Biol Evol 23(8), 1628-1641 65 Scozzari, R., Torroni, A., Semino, O., Sirugo, G., Brega, A.,Santachiara-Benerecetti, A S (1988), "Genetic studies on the Senegal population I Mitochondrial DNA polymorphisms." Am J Hum Genet 43(4), 534-544 66 Sherry, S T., Rogers, A R., Harpending, H., Soodyall, H., Jenkins, T.,Stoneking, M (1994), "Mismatch distributions of mtDNA reveal recent human population expansions." Hum Biol 66(5), 761-775 67 Singh, M S., Puneetpal; Juneja, Pawan Kumar; Singh, Surinder; Kaur, Taranpal (2010), "SNP–SNP interactions within APOE gene influence plasma lipids in postmenopausal osteoporosis." Rheumatology International 31(3), 421-423 68 Skaletsky, H., Kuroda-Kawaguchi, T., Minx, P J., Cordum, H S., Hillier, L., Brown, L G., Repping, S., Pyntikova, T., Ali, J., Bieri, T., Chinwalla, A., Delehaunty, A., Delehaunty, K., Du, H., Fewell, G., Fulton, L., Fulton, R., Graves, T., Hou, S F., Latrielle, P., Leonard, S., Mardis, E., Maupin, R., McPherson, J., Miner, T., Nash, W., Nguyen, C., Ozersky, P., Pepin, K., Rock, S., Rohlfing, T., Scott, K., Schultz, B., Strong, C., Tin-Wollam, A., Yang, S P., Waterston, R H., Wilson, R K., Rozen, S.,Page, D C (2003), "The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes." Nature 423(6942), 825-837 69 Sorenson, M D.,Fleischer, R C (1996), "Multiple independent transpositions of mitochondrial DNA control region sequences to the nucleus." Proc Natl Acad Sci U S A 93(26), 15239-15243 18 70 Stenson, P D., Mort, M., Ball, E V., Howells, K., Phillips, A D., Thomas, N S.,Cooper, D N (2009), "The Human Gene Mutation Database: 2008 update." Genome Med 1(1), 13 71 Tanaka, M., Cabrera, V M., Gonzalez, A M., Larruga, J M., Takeyasu, T., Fuku, N., Guo, L J., Hirose, R., Fujita, Y., Kurata, M., Shinoda, K., Umetsu, K., Yamada, Y., Oshida, Y., Sato, Y., Hattori, N., Mizuno, Y., Arai, Y., Hirose, N., Ohta, S., Ogawa, O., Tanaka, Y., Kawamori, R., Shamoto-Nagai, M., Maruyama, W., Shimokata, H., Suzuki, R.,Shimodaira, H (2004), "Mitochondrial genome variation in eastern Asia and the peopling of Japan." Genome Res 14(10A), 1832-1850 72 Templeton, A R (1992), "Human origins and analysis of mitochondrial DNA sequences." Science 255(5045), 737 73 Thomson, R., Pritchard, J K., Shen, P., Oefner, P J.,Feldman, M W (2000), "Recent common ancestry of human Y chromosomes: evidence from DNA sequence data." Proc Natl Acad Sci U S A 97(13), 7360-7365 74 Torroni, A., Huoponen, K., Francalacci, P., Petrozzi, M., Morelli, L., Scozzari, R., Obinu, D., Savontaus, M L.,Wallace, D C (1996), "Classification of European mtDNAs from an analysis of three European populations." Genetics 144(4), 1835-1850 75 Tyler-Smith, C.,McVean, G (2003), "The comings and goings of a Y polymorphism." Nat Genet 35(3), 201-202 76 Underhill, P A., Passarino, G., Lin, A A., Shen, P., Mirazon Lahr, M., Foley, R A., Oefner, P J.,Cavalli-Sforza, L L (2001), "The phylogeography of Y chromosome binary haplotypes and the origins of modern human populations." Ann Hum Genet 65(Pt 1), 4362 77 Underhill, P A., Shen, P., Lin, A A., Jin, L., Passarino, G., Yang, W H., Kauffman, E., Bonne-Tamir, B., Bertranpetit, J., Francalacci, P., Ibrahim, M., Jenkins, T., Kidd, J R., Mehdi, S Q., Seielstad, M T., Wells, R S., Piazza, A., Davis, R W., Feldman, M W., Cavalli-Sforza, L L.,Oefner, P J (2000), "Y chromosome sequence variation and the history of human populations." Nat Genet 26(3), 358-361 78 Vanecek, T., Vorel, F.,Sip, M (2004), "Mitochondrial DNA D-loop hypervariable regions: Czech population data." Int J Legal Med 118(1), 14-18 79 Venter, J C., Adams, M D., Myers, E W., Li, P W., Mural, R J., Sutton, G G., Smith, H O., Yandell, M., Evans, C A., Holt, R A., Gocayne, J D., Amanatides, P., Ballew, R M., Huson, D H., Wortman, J R., Zhang, Q., Kodira, C D., Zheng, X H., Chen, L., Skupski, M., Subramanian, G., Thomas, P D., Zhang, J., Gabor Miklos, G L., Nelson, 19 C., Broder, S., Clark, A G., Nadeau, J., McKusick, V A., Zinder, N., Levine, A J., Roberts, R J., Simon, M., Slayman, C., Hunkapiller, M., Bolanos, R., Delcher, A., Dew, I., Fasulo, D., Flanigan, M., Florea, L., Halpern, A., Hannenhalli, S., Kravitz, S., Levy, S., Mobarry, C., Reinert, K., Remington, K., Abu-Threideh, J., Beasley, E., Biddick, K., Bonazzi, V., Brandon, R., Cargill, M., Chandramouliswaran, I., Charlab, R., Chaturvedi, K., Deng, Z., Di Francesco, V., Dunn, P., Eilbeck, K., Evangelista, C., Gabrielian, A E., Gan, W., Ge, W., Gong, F., Gu, Z., Guan, P., Heiman, T J., Higgins, M E., Ji, R R., Ke, Z., Ketchum, K A., Lai, Z., Lei, Y., Li, Z., Li, J., Liang, Y., Lin, X., Lu, F., Merkulov, G V., Milshina, N., Moore, H M., Naik, A K., Narayan, V A., Neelam, B., Nusskern, D., Rusch, D B., Salzberg, S., Shao, W., Shue, B., Sun, J., Wang, Z., Wang, A., Wang, X., Wang, J., Wei, M., Wides, R., Xiao, C., Yan, C., Yao, A., Ye, J., Zhan, M., Zhang, W., Zhang, H., Zhao, Q., Zheng, L., Zhong, F., Zhong, W., Zhu, S., Zhao, S., Gilbert, D., Baumhueter, S., Spier, G., Carter, C., Cravchik, A., Woodage, T., Ali, F., An, H., Awe, A., Baldwin, D., Baden, H., Barnstead, M., Barrow, I., Beeson, K., Busam, D., Carver, A., Center, A., Cheng, M L., Curry, L., Danaher, S., Davenport, L., Desilets, R., Dietz, S., Dodson, K., Doup, L., Ferriera, S., Garg, N., Gluecksmann, A., Hart, B., Haynes, J., Haynes, C., Heiner, C., Hladun, S., Hostin, D., Houck, J., Howland, T., Ibegwam, C., Johnson, J., Kalush, F., Kline, L., Koduru, S., Love, A., Mann, F., May, D., McCawley, S., McIntosh, T., McMullen, I., Moy, M., Moy, L., Murphy, B., Nelson, K., Pfannkoch, C., Pratts, E., Puri, V., Qureshi, H., Reardon, M., Rodriguez, R., Rogers, Y H., Romblad, D., Ruhfel, B., Scott, R., Sitter, C., Smallwood, M., Stewart, E., Strong, R., Suh, E., Thomas, R., Tint, N N., Tse, S., Vech, C., Wang, G., Wetter, J., Williams, S., Williams, M., Windsor, S., Winn-Deen, E., Wolfe, K., Zaveri, J., Zaveri, K., Abril, J F., Guigo, R., Campbell, M J., Sjolander, K V., Karlak, B., Kejariwal, A., Mi, H., Lazareva, B., Hatton, T., Narechania, A., Diemer, K., Muruganujan, A., Guo, N., Sato, S., Bafna, V., Istrail, S., Lippert, R., Schwartz, R., Walenz, B., Yooseph, S., Allen, D., Basu, A., Baxendale, J., Blick, L., Caminha, M., Carnes-Stine, J., Caulk, P., Chiang, Y H., Coyne, M., Dahlke, C., Mays, A., Dombroski, M., Donnelly, M., Ely, D., Esparham, S., Fosler, C., Gire, H., Glanowski, S., Glasser, K., Glodek, A., Gorokhov, M., Graham, K., Gropman, B., Harris, M., Heil, J., Henderson, S., Hoover, J., Jennings, D., Jordan, C., Jordan, J., Kasha, J., Kagan, L., Kraft, C., Levitsky, A., Lewis, M., Liu, X., Lopez, J., Ma, D., Majoros, W., McDaniel, J., Murphy, S., Newman, M., Nguyen, T., Nguyen, N., Nodell, M., Pan, S., Peck, J., Peterson, M., Rowe, W., Sanders, R., Scott, J., Simpson, M., Smith, T., Sprague, A., Stockwell, T., Turner, R., Venter, E., Wang, M., Wen, M., 20 Wu, D., Wu, M., Xia, A., Zandieh, A.,Zhu, X (2001), "The sequence of the human genome." Science 291(5507), 1304-1351 80 Vogt, P H., Affara, N., Davey, P., Hammer, M., Jobling, M A., Lau, Y F., Mitchell, M., Schempp, W., Tyler-Smith, C., Williams, G., Yen, P.,Rappold, G A (1997), "Report of the Third International Workshop on Y Chromosome Mapping 1997 Heidelberg, Germany, April 13-16, 1997." Cytogenet Cell Genet 79(1-2), 1-20 81 Wallace, D C (2005), "A mitochondrial paradigm of metabolic and degenerative diseases, aging, and cancer: a dawn for evolutionary medicine." Annu Rev Genet 39, 359-407 82 Y Chromosome Consortium (2002), "A nomenclature system for the tree of human Ychromosomal binary haplogroups." Genome Research 12(2), 339-348 83 Yan, S., Wang, C C., Li, H., Li, S L.,Jin, L (2011), "An updated tree of Y-chromosome Haplogroup O and revised phylogenetic positions of mutations P164 and PK4." Eur J Hum Genet 19(9), 1013-1015 Công cụ World Wide Web 85 http://www.sciencemag.org/content/291/5507/1218.full 86 http://www.nfstc.org/pdi/Subject09/images/pdi_s09_m02_01_a.1_large.jpg 87 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/dbsnp-announce/2012q2/000123.html 88 http://www.mitomap.org 89 www.scs.uiuc.edu/~mcdonald/WorldHaplogroupsMaps.pdf 90 www.anthropology.net 91 http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_O-M175_%28Y-DNA%29 92 http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index 93 http://www.genebase.com/learning/article/21 94 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore 21