Vào những năm cuối của thập kỷ 90, công cuộc đổi mới cơ chế quản lý kinh tế đất nước đã diễn ra một cách sâu sắc và toàn diện. Để phù hợp với cơ chế quản lý kinh tế mới, cơ chế quản lý tài chính tiền tệ đã có sự thay đổi, đặc biệt là các vấn đề có liên quan đến chức năng, nhiệm vụ của ngành Tài chính và Ngân hàng. Hệ thống Ngân hàng được tổ chức lại thành 2 cấp: Ngân hàng Nhà nước thực hiện chức năng quản lý Nhà nước trên lĩnh vực tiền tệ - tín dụng, các Ngân hàng thương mại thực hiện chức năng kinh doanh tiền tệ tín dụng. Nhiệm vụ quản lý quỹ NSNN được chuyển giao từ Ngân hàng Nhà nước sang Bộ Tài chính để hệ thống Tài chính trực tiếp thực hiện chức năng quản lý và điều hành quỹ NSNN.
Quan điểm thành lập hệ thống Kho bạc Nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính để quản lý quỹ NSNN và tài sản Quốc gia đã được Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) quyết định tại Nghị định số 155/HĐBT ngày 15/10/1988 về chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính.
Trên cơ sở kinh nghiệm đã tích luỹ được trong những năm hoạt động của Ngân khố Quốc gia, qua tham khảo kinh nghiệm tổ chức Kho bạc, kế toán Nhà nước của Pháp và một số nước, đặc biệt là kết quả làm thí điểm Kho bạc Nhà nước ở hai tỉnh Kiên Giang và An Giang, Bộ Tài chính đã trình Hội đồng Bộ trưởng đề án thành lập Kho bạc Nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính. Ngày 04//01/1990 Hội đồng Bộ trưởng đã ký Quyết định số 07/HĐBT về việc thành lập hệ thống Kho bạc Nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính. Ngày 21/3/1990 Bộ trưỏng Bộ Tài chính đã ban
hành quyết định số 185/TC/QĐ/TCCB về việc thành lập Chi cục Kho bạc Nhà nước trực thuộc Cục Kho bạc Nhà nước.
Từ thực tế 5 năm hoạt động và phát triển để tiếp tục khẳng định vai trò vị trí của Kho bạc Nhà nước trong nền kinh tế, đồng thời tạo môi trường pháp lý thuận lợi cho Kho bạc Nhà nước hoạt động, ngày 05/04/1995 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 25/CP quy định nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy Kho bạc Nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính. Thực hiện Nghị định số 145/1999/ NĐ - CP ngày 20/9/1999 của Chính phủ về tổ chức lại Tổng cục Đầu tư phát triển thuộc Bộ Tài chính và Quyết định số 145/1999/QĐ/TC ngày 26/11/1999 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về nhiệm vụ và tổ chức bộ máy TTVĐT thuộc hệ thống Kho bạc Nhà nước. Kể từ ngày 01/01/2000, hệ thống Kho bạc Nhà nước được giao thêm nhiệm vụ: kiểm soát thanh toán, kế toán, quyết toán vốn đầu tư, vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư và xây dựng thuộc nguồn vốn NSNN các cấp.
Hiện nay, hệ thống Kho bạc Nhà nước Hà Nội hoạt động theo Quyết định 235/2003/QĐ-TTg ngày 13/11/2003 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Kho bạc nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính thì Kho bạc nhà nước có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng Bộ tài chính thực hiện chức năng quản lí nhà nước về quỹ NSNN, quỹ dự trữ tài chính của nhà nước, tiền, tài sản tạm thu, tạm giữ, huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển.