Giải pháp thứ nhất, xây dựng mô hình đối tác bù trừ trung tâm CCP. Kinh nghiệm quốc tế cho thấy trong thanh toán bù trừ giao dịch hợp đồng tương lai trái phiếu, tổ chức thanh toán bù trừ chứng khoán nói chung nên đóng vai trò đối tác bù trừ trung tâm. Cụ thể, VSD trực tiếp đứng ra đảm nhiệm trách nhiệm bù trừ trái phiếu cho từng bên mua và bên bán hợp đồng tương lai. Nghĩa vụ thanh toán khi đó sẽ là nghĩa vụ giữa VSD với thành viên giao dịch chứ không phải nghĩa vụ giữa hai thành viên với nhau. Tương tự, SBV xây dựng bộ phận thanh toán tiền cho các giao dịch HĐTL trái phiếu. Các thành viên giao dịch đều có tài khoản riêng trong hệ thống này của SBV. Trong trường hợp có một bên không thực hiện được nghĩa vụ thanh toán, SBV sẽ tạm thời sử dụng Quỹ hỗ trợ thanh toán để thanh toán thay thành viên.
Giải pháp thứ hai, xác định tỷ lệ ký quỹ theo nguyên tắc điều chỉnh theo giá thị trường (marking to market). Nguyên tắc này là tối quan trọng trong việc đảm bảo nghĩa vụ thanh toán của các bên trong giao dịch hợp đồng tương lai trái phiếu. Trong hai loại ký quỹ của hợp đồng tương lai, ký quỹ ban đầu (initial margin) không phải là vấn đề lớn vì nó chỉ được tính một lần ngay khi khởi tạo hợp đồng tương lai. SGDCK có thể cài đặt như tham số hệ thống ngay khi thống nhất với SBV. Tuy nhiên việc xác định ký quỹ duy trì phức tạp hơn do margin này phải được tính lại hàng ngày.
Giải pháp thứ ba, tách biệt luồng thanh toán giao dịch trái phiếu nói chung và giao dịch HĐTL trái phiếu nói riêng với luồng thanh toán giao dịch cổ phiếu. Hệ thống của Trung tâm lưu ký nên phân tách giữa hai luồng thanh toán cổ phiếu và trái phiếu do tính chất thanh toán của hai đối tượng này có nhiều điểm khác nhau. Thời gian thanh toán giao dịch trái phiếu có thể là tối đa T+1 trong khi đó thời gian thanh toán giao dịch cổ phiếu khó rút ngắn xuống dưới T+3. Việc bù trừ giao dịch đa phương chung giữa cổ phiếu và
trái phiếu sẽ dẫn đến rủi ro thị trường rất cao. Nếu một thanh toán tiền của giao dịch trái phiếu có vấn đề là có thể mất khả năng thanh toán chung do giá trị giao dịch trái phiếu thường rất lớn trong khi Quỹ hỗ trợ thanh toán hiện nay của Trung tâm lưu ký vẫn rất hạn chế. Lưu ý ở đây VSD chỉ nên tách biệt luồng xử lý nghiệp vụ chứ không cần thiết phải tách biệt hệ thống tin học xử lý. Hệ thống tin học vẫn có thể sử dụng chung.
Giải pháp thứ tư, tạo cơ chế huy động nguồn lực khác cho Quỹ hỗ trợ thanh toán giao dịch HĐTL trái phiếu với vai trò chủ đạo của SBV.
Việc quỹ hỗ trợ thanh toán quy mô nhỏ là khó khắc phục trong thời gian ngắn vì quy mô thị trường chứng khoán Việt Nam còn nhỏ. Việc chỉ có một Ngân hàng chỉ định thanh toán duy nhất là Ngân hàng đầu tư và phát triển Việt Nam (BIDV) cho cả giao dịch cổ phiếu và trái phiếu có thể tiềm ẩn rủi ro cao vì khả năng của BIDV còn hạn chế. Một khi SBV có thể cùng với VSD trở thành đối tác thanh toán trung tâm cho toàn bộ thị trường chứng khoán, khi rủi ro thanh toán xảy ra, SBV có thể huy động rất nhiều nguồn tiền khác nhau để bù đắp giao dịch tạm thời. Quỹ hỗ trợ thanh toán này được SBV và VSD cùng thống nhất quản lý sử dụng riêng cho rủi ro thanh toán bù trừ trái phiếu nói chung.
Giải pháp thứ n ă m , Xây dựng mới hệ thống giao dịch vay nợ cho thành viên (SBL- system of borrowing and lending). Hệ thống sử dụng cho thành viên vay tiền, trái phiếu lẫn nhau khi có mất khả năng thanh toán. Do đó, làm tăng thanh khoản trên cả thị trường trái phiếu và thị trường HĐTL trái phiếu.