Việc xây dựng thị trường HĐTL trái phiếu Chính phủ phải đảm bảo được sự an toàn, hiệu quả, bền vững và phù hợp với đặc thù của TTCK Việt Nam trong giai đoạn sắp tới. Do vậy, việc xây dựng thị trường HĐTL trái phiếu Chính phủ cần hướng theo các mục tiêu sau:
Thứ nhất, với đặc điểm là trái phiếu Chính phủ chiếm phần lớn khối lượng giao dịch trên thị trường trái phiếu cơ sở, việc xây dựng thị trường HĐTL trái phiếu sẽ bắt đầu với hàng hóa cơ sở đầu tiên là TPCP, sau đó sẽ được mở rộng cho tất cả các loại trái phiếu khác đáp ứng được điều kiện giao dịch chuẩn. Với những đặc tính cơ bản của trái phiếu Chính phủ là có độ an toàn cao và ổn định, việc lựa chọn TPCP để xây dựng Thị trường HĐTL trái phiếu sẽ giúp cho cơ quan quản lý và nhà đầu tư thuận lợi trong quản lý và giao dịch trong giai đoạn sơ khai của thị trường. Sau khi thị trường HĐTL TPCP đã đi vào hoạt động ổn định, có thể mở rộng các sản phẩm HĐTL sang các loại trái phiếu khác để tạo ra tính đa dạng cho thị trường và tạo thành một thị trường HĐTL trái phiếu thống nhất cho cả nước. Chính vì vậy, việc xây dựng thành công thị trường HĐTL cho TPCP sẽ là nền tảng ứng dụng các loại hàng hoá trái phiếu khác trong tương lai.
Thứ hai, an toàn hệ thống và hiện đại hóa công nghệ ngay từ đầu chính là những vấn đề phải đặt lên hàng đầu khi xây dựng Thị trường HĐTL trái
phiếu tại Việt Nam, nhất là khâu thanh toán bù trừ. Thanh toán bù trừ đóng một vai trò rất quan trọng trong sự vận hành của TTCKPS. Vì vậy, khi xây dựng Thị trường HĐTL trái phiếu tại Việt Nam cần đầu tư xây dựng hoàn chỉnh hệ thống này theo kịp với trình độ công nghệ của các thị trường trong khu vực ASEAN và quốc tế. Một hệ thống giao dịch, thanh toán – bù trừ hiện tại theo thông lệ quốc tế trước hết sẽ đảm bảo tính nhanh chóng, chính xác, an toàn trong thanh toán và sẽ thu hút được sự quan tâm của nhà đầu tư nước ngoài tham gia từ đó kích thích nhà đầu tư trong nước với các sản phẩm giao dịch còn mới mẻ này.
Liên quan đến vấn đề này, ngay từ khi xây dựng thị trường HĐTL cho TPCP, cần lựa chọn NHNN (SBV) là đơn vị thanh toán cho các giao dịch HĐTL trái phiếu Chính phủ và Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam (VSD) là đơn vị bù trừ cho các HĐTL TPCP. Do hàng hoá cơ sở là TPCP nên SBV có thể đảm bảo độ an toàn hệ thống, tránh rủi ro mất khả năng thanh toán như trong trường hợp của một ngân hàng thương mại. Đối với VSD, vai trò bù trừ trái phiếu là nhằm tận dụng cơ sở hạ tầng kỹ thuật hiện có trong đăng ký, lưu ký, thanh toán bù trừ TPCP đã và đang thực hiện cho thị trường TPCP cơ sở, đồng thời tiết kiệm chi phí xây dựng thị trường.
Thứ ba, xây dựng Thị trường HĐTL trái phiếu tại Việt Nam phải phù hợp với thông lệ quốc tế, tạo điều kiện kết nối TTCK các nước trong khu vực. Ngay từ giai đoạn xây dựng các cấu trúc sản phẩm, lựa chọn các loại trái phiếu gốc cần dựa theo theo lệ quốc tế xuất phát từ các TTCKPS phát triển tại Mỹ, Châu Âu, Nhật Bản…Việc này sẽ giúp cho các sản phẩm HĐTL trái phiếu đạt được cấp độ tương đồng với các sản phẩm khác trong khu vực và quốc tế. Nó sẽ giúp cho nhà đầu tư nước ngoài dễ dàng trong việc phân tích và đánh giá các cơ hội đầu tư trong tương quan với các sản phẩm cùng loại trong khu vực. Đây chính là cơ sở cho các hoạt động giao dịch xuyên biên giới giữa các TTCK trong khu vực ASEAN, giúp cho Thị trường HĐTL trái phiếu dễ dàng hội nhập với các thị trường khác trong khu vực. Trong khía cạnh này,
để tạo điều kiện hội nhập và có vị thế quy mô trong tương lai, thị trường HĐTL trái phiếu nên được định hướng phát triển tập trung tại một SGD HĐTL tài chính riêng của đất nước.
Thứ tư, thị trường HĐTL trái phiếu cần được đặt trong mối quan hệ chặt chẽ với các TTCK và phái sinh khác, trong đó nổi bật vai trò hỗ trợ chính sách tiền tệ - tài khóa và tạo động lực phát triển thị trường trái phiếu cơ sở. Quan hệ giữa thị trường HĐTL trái phiếu và thị trường trái phiếu cơ sở là tương hỗ và không loại trừ nhau. Về nguyên lý cơ bản, TTCKPS nói chung và Thị trường HĐTL trái phiếu nói riêng chỉ phát triển khi toàn bộ hệ thống TTCK cơ sở và các thị trường phái sinh khác hoạt động ổn định. Do vậy, trong giai đoạn sắp tới cần hoàn thiện chín muồi các thị trường, đặc biệt là thị trường trái phiếu (bao gồm TPCP và trái phiếu doanh nghiệp) để hình thành một đường cong lãi suất ổn định góp phẩn thúc đẩy sự hình thành của TTPS HĐTL trái phiếu tại Việt Nam. Bên cạnh đó, sự phát triển ổn định của thị trường cổ phiếu cũng sẽ góp phần tạo nên sự tin tưởng của nhà đầu tư vào một thị trường phái sinh còn rất mới mẻ tại Việt Nam. Mặt khác, từ thực tiễn biến động của TTCK Việt Nam trong giai đoạn 2009 -2011 cho thấy, tác động của các chính sách tiền tệ và tài khóa là rất lớn. Chính vì vậy, thị trường HĐTL trái phiếu phát triển cần gắn liền với việc thực thi các chính sách kinh tế vĩ mô.