Huyện Khoái Châu được tái lập năm 1999, đến nay Khoái Châu là một huyện có tốc độ tăng trưởng nhanh và khá ổn định, tốc độ tăng trưởng kinh tế năm 2012 đạt 8,2%, cơ cấu kinh tế chuyển dịch theo hướng tích cực, trong đó nông nghiệp chiếm 24,1%, công nghiệp-tiểu thủ công nghiệp-xây dựng chiếm 40,64%, thương mại dịch vụ chiếm 34,61%, giá trị thu trên 1ha canh tác đạt 140 triệu đồng/ năm, thu nhập bình quân đầu người đạt 28,5 triệu đồng/ năm
Nông nghiệp phát triển toàn diện và được coi là lĩnh vực kinh tế thế mạnh của Huyện với tổng diện tích gieo trồng cả năm đạt 14.758 ha, trong đó, diện tích lúa xuân, lúa mùa đạt 7.720 ha, diện tích cây màu 2 vụ đạt 4.594 ha, diện tích cây trồng vụ đông đạt 2.444 ha với năng suất lúa bình quân đạt 13,51 tấn/ha. Thực hiện tốt giống lúa đề án của tỉnh với 20 ha. Huyện đã đưa các giống lúa và cây trồng mới vào canh tác, chuyển giao được 2000 kg giống lạc mới L26, 21.388 kg giống lúa lai ba dòng, 1.825 kg giống lúa chất lượng BC15…, Bên cạnh đó, mô hình kinh tế trang trại tiếp tục được duy trì, đa dạng hóa về loại hình, sản xuất kinh doanh ngày càng hiệu quả, hiện tại có khoảng 124 trang trại đạt tiêu chuẩn. Tổng số đàn lợn trên 100.000 con, tăng gần 4000 con so với cùng kỳ năm 2011, đàn trâu 6200 con, đàn bò hơn 4000 con, và tổng số đàn gia cầm khoảng trên 1 triệu con với sản lượng khoảng 2.191 tấn...Đàn bò sữa 285 con trong đó trên 200 con cho sữa thường xuyên với nguồn lợi trên 10 tỷ đồng/năm (Nguồn: Kênh Thông tin Đối ngoại của Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam)