- Nhà Nguyễn chấp nhận việc bầu xã trưởng và sự tự trị của làng xã, nền tự trị ngày càng vững mạnh nhất là trong việc quản trị công điền, công thổ. Và đến thời kỳ này bộ máy quản lý làng xã đã được tổ chức ổn định kể cả những làng xã ở miền Nam mới được khai phá. Chúng ta có thể thấy rõ sự khác nhau trong tổ chức bộ máy quản lý làng xã ở miền Bắc, miền Trung so với miền Nam.
- Tổ chức bộ máy quản lý làng xã ở miền Bắc và miền Trung thường theo vương tước:
+ Tiên chỉ và thứ chỉ: Có nơi tiên chỉ còn được gọi là Viên mục, là những người có phẩm tước cao nhất làng trong số các hưu quan, chức sắc, khoa mục. Đây là người đứng đầu cả làng có toàn quyền quyết định những việc lớn nhỏ trong làng. Còn thứ chỉ là những người đứng thứ hai theo các điều kiện phía trên và làng chỉ thừa nhận địa vị của tiên chỉ, thứ chỉ khi những người này có đầy đủ văn bằng sắc phong và có lễ khao vọng.
+ Các bô lão và kỳ mục: Bô lão gồm tất cả những cụ già trong làng từ 60 tuổi trở lên. Trong số đó, dân làng chọn ra bốn cụ từ 70 tuổi trở lên gọi là tứ trụ. Còn kỳ mục gồm các hưu quan, chức sắc từ cửu phẩm hoặc suất đội trở lên. Cấp bậc khoa mục đỗ đạt từ tú tài trở lên, các cụ chánh phó tổng hay chánh phó tổng đương chức, các hương trưởng, hào trưởng, cựu lý trưởng, phó lý hoặc xã nhiêu mua, chánh phó tổng mua. Bộ phận này có nhiệm vụ bàn bạc và quyết định các nhiệm vụ trong làng.
+ Lý dịch đương thứ: tức là những người đang làm việc trong bộ máy quản lý
làng xã gồm lý trưởng, phó lý, hương tổng, trương tuần… Lý trưởng do các tiên chỉ, thứ chỉ… họp cử ra, sau đó đưa ra công khai trước dân làng để nhận được sự tán thành và cuối cùng trình lên cấp huyện để được công nhận và bổ nhiệm. Lý trưởng được ủy quyền thay mặt làng xã quan hệ với những người quản lý cấp trên do chính quyền phong kiến bổ nhiệm. Đồng thời, lý trưởng còn đảm nhận việc tổ chức thực hiện những quy định của làng do tiên chỉ, thứ chỉ, bô lão và kỳ mục đề ra. Phó lý và hương trưởng đều là những người giúp việc cho lý trưởng và cũng được cắt cử giống như lý trưởng.
+ Dịch mục (Hương chức) gồm có thầy từ, thầy thông giảng, thủ bộ, thủ bản,
lang cai, thầy sa nam…
+ Bên cạnh đó ở một số làng xã còn tổ chức làng xã theo xỉ tước. Đứng đầu vẫn là các tiên chỉ và thứ chỉ. Sau đó, là các bô lão và quan viên. Bô lão gồm tất cả những cụ già từ 60 tuổi trở lên, quan viên là những người có tuổi tác kế sau hạng lão nhưng vì số này đông nên người ta ấn định con số nhất định tùy theo từng làng. Thứ ba là lý dịch và đương thứ. Cuối cùng là các bàn ba gồm 18 người có tên kế tiếp theo trật tự dưới các quan viên trong sổ hàng xã tức là những người có tuổi tác kế tiếp sau quan viên. Sở dĩ các bàn ba có 18 người là vì trong các cuộc hương ẩm, những người giúp việc cho các lý dịch được ngồi ăn với nhau quanh ba bàn hay ba mâm, mà theo lệ mỗi bàn có 6 người.
- Tổ chức bộ máy quản lý làng xã ở miền Nam: Miền Nam là vùng đất mới được khai phá có nhiều thành phần cư dân khác nhau cùng tham gia. Đặc điểm của chế độ ruộng đất ở đây cũng khác với miền Bắc và miền Trung. Do đó, trong tổ chức bộ máy làng xã ở đây có khác ít nhiều.
+ Hương cả và hương chủ: Đây là những người cao tuổi nhất có uy tín và cũng có thể là những người giàu có nhất làng. Những người này có toàn quyền quyết định mọi việc trong làng.
+ Các hương chức: đứng đầu là hương trưởng. Đây là những người có học vấn,
có nhiệm vụ giải thích các luật lệ cho làng. Hương quan là các quan lại có nhiệm vụ góp ý cho làng. Hương lão là những người cao tuổi có nhiệm vụ cố vấn cho làng. Hương lễ chịu trách nhiệm về lễ nghi và tế tự. Hương ẩm lo việc tổ chức các cuộc yến ẩm trong làng, phụ trách việc thu chi các loại tiền để dùng vào việc này. Hương trưởng giữ việc tổ chức tuần tra, câu đương có chức năng xét xử các vụ kiện tụng. Thủ bộ giữ sổ sách về thuế khóa. Thủ chỉ giữ các giấy tờ của làng, thủ bổn lo về tài chính, thủ khoán trông coi tài sản của làng, cai đình trông coi đình làng.
+ Các lý dịch: Xã trưởng hoặc thôn trưởng do hương chức cử ra và giới thiệu với chính quyền cấp trên để được bổ nhiệm làm việc. Hương thân có nhiệm vụ giải thích các mệnh lệnh của nhà nước cấp trên, giúp xã trưởng trong việc thuế má và sưu dịch, hương hào giúp cho xã trưởng trong công tác trị an.
+ Các dịch mục: Gồm những người giúp việc cho các hương chức như là phó lý, phó thôn, ấp trưởng, trùm dịch, cai tuần, cai thị, cai binh, tri lễ, lễ sinh, biện đình: mua sắm lễ vật cúng đình, tư văn, …
Cho đến cuối thời vua Tự Đức, quan của triều đình bổ ra chỉ đến phủ huyện, còn từ tổng trở xuống thuộc về quyền tự trị của nhân dân... Làng hay xã là phần tử cốt yếu của dân. Phong tục lệ luật của làng nào riêng làng ấy. Triều đình không can thiệp đến, cho nên có câu “phép vua thua lệ làng”. Làng có Hội đồng kỳ dịch do dân cử ra để trông coi hết cả mọi việc. Hội đồng ấy có người Tiên chỉ và Thứ chỉ đứng đầu, và có lý trưởng, phó lý do Hội đồng kỳ dịch cử ra để thay mặt làng trong việc tiếp xúc với quan huyện, phủ…Tuần đinh được giao nhiệm vụ quản lý an ninh trật tự của làng
* Làng xã là đơn vị nhỏ nhất của mỗi quốc gia, nhưng lại là đơn vị mạnh nhất vì trong đó nó chứa đựng sức mạnh của dân tộc. Bởi vậy, không chỉ có phép vua mọi người dân phải tuân theo mà còn có lệ làng mà mọi dân đinh không thể không thực hiện. Do đó, triều đình đã có một số nhượng bộ, giành quyền tự trị khá rộng rãi cho làng xã.