Hệ thống xử lý nước thải tuy không ảnh hưởng trực tiếp đến sản lượng, năng suất và hiệu quả sản xuất của hoạt động sản xuất giống cá tra nhưng nó đóng vai trò rất quan trọng trong việc đảm bảo, giữ gìn vệ sinh môi trường, đảm bảo cho sự phát triển bền vững của nghề sản xuất giống cá tra. Vì vậy, các cơ quan quản lý ở địa phương, các cơ sở sản xuất rất quan tâm đến vấn đề xả nước thải của cơ sở mình; đồng thời hệ thống xử lý nước thải là tiêu chí chính để các cơ quan chức năng kiểm tra đánh giá và kết luận về điều kiện vệ sinh thú y làm cơ sở công nhận cho hoạt động sản xuất giống của cơ sở.
Kết quả khảo sát hệ thống xử lý nước thải ở các cơ sở sản xuất cho thấy hệ thống xử lý nước thải ở các công ty đều đáp ứng việc xả thải, bảo vệ môi trường. Tuy nhiên, kết quả điều tra khảo sát cho thấy các hộ cá thể không có cơ sở nào có hệ thống xử lý nước thải tất cả đều xả trực tiếp ra môi trường ngoài. Hiện nay, công tác kiểm tra điều kiện vệ sinh thú y của tỉnh An Giang được ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn của tỉnh rất được quan tâm, tổ chức kiểm tra định kỳ để phát hiện và chấn chỉnh kịp thời các trường hợp vi phạm như: đổ xả nước thải, không có hệ thống thu gom nước thải… Đây là yếu tố và cũng là biện pháp tích cực nhất nhằm đảm bảo cho hoạt động sản xuất giống cá tra của tỉnh phát triển bền vững.
Kết quả khảo sát cho thấy trong 19 cơ sở tiến hành điều tra có 6 cơ sở (chiếm 31,58%) có trang bị đầu tư kính hiển vi để kiểm tra sức khỏe ấu trùng cá; 13 cơ sở không có (chiếm 68,42%). Với tỷ lệ trên 30% số cơ sở có trang bị dụng cụ kiểm tra sức khỏe cá bột cho thấy các cơ sở quan tâm đầu tư cho công tác nghiên cứu, kiểm tra sức khỏe ấu trùng cá bột trong quá trình ương nuôi, cũng như phục vụ xuất bán. Tuy
nhiên, chỉ dừng lại ở mức độ đơn giản. Với tỷ lệ số lượng cơ sở không có dụng cụ khá cao (68,42%) có ảnh hưởng không nhỏ đến quá trình kiểm soát dịch bệnh và kiểm tra sức khỏe ấu trùng trong quá trình sàn xuất.