Công tác quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh giống tại Việt Nam đã được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành quy chế quản lý sản xuất, kinh doanh giống thủy sản nhưng việc quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh giống cá tra thời gian qua ở nhiều địa phương vẫn còn đang bị thả lỏng, chưa được các ngành chuyên môn kiểm soát chặt chẽ. Theo báo cáo của các địa phương, trong số hơn 116 cơ sở sản xuất giống, chỉ có khoảng 1/4 số cơ sở có đăng ký kinh doanh và có tổ chức sản xuất thường xuyên với diện tích lớn, sản lượng nhiều, thực hiện sản xuất theo quy trình kỹ thuật, cá bố mẹ có nguồn gốc rõ ràng, có nhật ký ghi chép quá trình sản xuất đầy đủ, có công bố chất lượng và thực hiện kiểm dịch giống trước khi xuất trại. Các cơ sở còn lại quy mô nhỏ, sản xuất không ổn định, khi giá cá giống cao thì hoạt động, khi giá thấp thì dừng hoạt động, dịch vụ bán giống vận chuyển bằng phương tiện thủy, địa điểm và thời gian giao giống lưu động rất khó quản lý. Việc quản lý chưa chặt chẽ một mặt là do một số địa phương chưa quy hoạch chi tiết vùng sản xuất giống để làm cơ sở
cho quản lý. Mặt khác, do sự sắp xếp lại bộ máy quản lý ngành nông nghiệp, trong đó sự hình thành tổ chức bộ máy quản lý chuyên ngành nuôi trồng thủy sản ở địa phương chậm chễ. Khi đã hình thành rồi thì việc phân định chức năng nhiệm vụ quản lý giữa những cơ quan chức năng chuyên môn về nuôi trồng thủy sản, về thú y thủy sản, về quản lý chất lượng giống thủy sản chưa được hướng dẫn rõ ràng nên các địa phương rất khó thực hiện. Ngoài ra, hiện nay ở khu vực trọng điểm sản xuất cá tra chưa có sự đầu tư của nhà nước để hình thành những phòng khảo nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định giống và môi trường [14] .