b. Kháng nghị theo thủ tục Giám đốc thẩm:
2.3.3.Về tổ chức:
Công tác tổng kết, hướng dẫn chỉ đạo, kiểm tra của VKS cấp trên đối với cấp dưới chưa đựơc quan tâm đúng mức, mới chỉ dựng lại ở dạng báo cáo mang tính chuyên đề hoặc rút kinh nghiệm đối với một số tội danh hay vụ án cụ thể. Từ đó, chưa phát hiện được những hạn chế, khó khăn vướng mắc để kịp thời tháo gỡ.
Chưa quan tâm đến công tác tập huấn cho KSV làm công tác thực hành quyền công tố và kiểm sát hoạt động tư pháp trong xét xử các vụ án hình sự theo những chuyên đề chuyên sâu, có tác dụng tốt đến hoạt động của họ, chưa có lớp đào tạo bồi dưỡng về công tác thực hành quyền công tố một cách có hệ thống nghiêm túc.
Phối kết hợp với toà án trong công tác xét xử, có nơi có lúc thiếu chặt chẽ và chưa đồng bộ, chưa thực hiện đầy đủ các quy định về quan hệ chế ước và phối hợp lẫn nhau giữa VKS và Toà án trong xét xử vụ án hình sự. Nhiều vụ án VKS chưa làm hết trách nhiệm, vai trò của mình, để từ đó có định hướng cho sự phối hợp chung; không ít vụ việc quá trình xử lý có biểu hiện không thống nhất giữa hai cơ quan này.
Xuất phát từ vị trí trọng tâm của xét xử hình sự cũng như chức năng của VKS nên vai trò của VKS là hết sức quan trọng. Tuy nhiên, với cách tổ chức do Viện trưởng VKS tối cao quy định như hiện nay là bộ phận kiểm sát xét xử thực hiện chức năng thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử riêng biệt với kiểm sát điều tra, nên KSV thực hành quyền công tố tại phiên toà chỉ được nghiên cứu, tiếp cận hồ sơ khi đã có bản kết luận điều tra vụ án, thêm vào đó phải chấp hành thời hạn hồ sơ ở giai đoạn truy tố nên KSV không thể nắm chắc vụ án, dẫn đến làm suy giảm vai trò KSV tham gia xét xử trên thực tế. Mặt khác, việc phân công, bố trí KSV tham gia phiên toà chưa được xem xét cân nhắc kỹ đến năng lực sở trường cua KSV đối với từng vụ án cụ thể. (ví dụ đối với những vụ án kinh tế, tham nhũng thì phải cử những KSV am hiểu lĩnh vực kinh tế …) Từ đó dẫn đến yêu cầu công việc đôi vượt quá khả năng của KSV.
Về cơ sở vật chất, phương tiện làm việc cho các cơ quan bảo vệ pháp luật nói chung, VKS nói riêng còn nhiều khó khăn, thiếu thốn. Phương tiện kỹ thuật tiên tiến thì chưa được trang bị và tiếp cận. Trong khi đó kẻ phạm tội thì sử dụng “khá thành công” các thành tựu khoa học kỹ thuật hiện đại vào các hoạt động phạm tội. Trước thực tế này phần nào làm giảm vai trò của KSV trong xét xử các vụ án hình sự.