Ở các nước phát triển, các ngân hàng hay tổ chức tài chính thường thành lập hẳn một công ty con chuyên thực hiện nghiệp vụ bao thanh toán. Tuy nhiên, trong điều kiện Việt Nam hiện nay chưa cho phép thành lập công ty con như thế. Vì thế, để hoạt động bao thanh toán phát triển tốt, giải pháp thành lập phòng/bộ phận bao thanh toán là khả thi nhất.
Tại Hội sở các ngân hàng, nhất thiết nên thành lập Phòng bao thanh toán độc lập với các nghiệp vụ khác; đây là bộ phận chịu trách nhiệm cao nhất về bao thanh toán trong toàn hệ thống. Phòng bao thanh toán có nhiệm vụ: hoàn thiện quy chế bao thanh toán, đào tạo nguồn nhân lực và xây dựng chính sách sản phẩm cũng như chính sách marketing cho nghiệp vụ bao thanh toán. Các kinh nghiệm của các đơn vị bao thanh toán về tạo dựng mối quan hệ với doanh nghiệp tại Đức, áp dụng chính sách sản phẩm linh hoạt đáp ứng nhu cầu thị trường tại Bỉ, Hy Lạp, Hồng Kông là bài học rất bổ ích cho các NHTM Việt Nam trong quá trình triển khai nghiệp vụ bao thanh toán. Đội ngũ chuyên gia trong phòng bao thanh toán độc lập sẽ góp phần gia tăng đáng kể năng lực cạnh tranh cho nghiệp vụ này.
Tại các chi nhánh lớn có nhiều khách hàng tiềm năng, ngân hàng sẽ thành lập bộ phận phụ trách dịch vụ bao thanh toán trong một phạm vi địa lý nhất định. Bộ phận này không chịu chung sự kiểm soát với bộ phận cho vay và có những tiêu chuẩn thẩm định riêng của mình. Đối với các chi nhánh nhỏ và các phòng giao dịch cần có các cán bộ chuyên trách và có thể tham khảo trực tiếp hướng dẫn từ bộ phận bao thanh toán của các chi nhánh lớn hơn.
Tại Việt Nam, nghiệp vụ bao thanh toán còn khá mới mẻ nhưng với một thị trường tiềm năng và nhiều hứa hẹn, chắc chắn sản phẩm bao thanh toán từng bước được cải thiện và trở thành một công cụ tài chính không thể thiếu trong việc kinh doanh của các tổ chức tín dụng và doanh nghiệp.