Thực hiện Nghị định số 132/2007/NĐ-CP ngày 08/8/2007, Nghị định số 13, 14/2008/NĐ-CP ngày 04/02/2008 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, huyện; Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa đã xây dựng Đề án sắp xếp tổ chức lại các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh, huyện, sau thời gian thực hiện đến nay tổ chức bộ máy của hệ thống cơ quan quản lý nhà nước từ tỉnh đến các huyện, thị, thành phố đã được kiện toàn, củng cố theo quy định của pháp luật và yêu cầu thực tiễn. Theo quy định của Trung ương, cơ cấu tổ chức bên trong của một số cơ quan chuyên
môn cấp tỉnh có xu hướng tăng hơn so với trước khi sắp xếp, như: thành lập Chi cục Dân số - kế hoạch hóa gia đình, Trung tâm Kiểm nghiệm dược phẩm, mỹ phẩm trực thuộc Sở Y tế,...; số phòng chuyên môn của các sở, ban ngành tăng hơn từ 2 -3 phòng. Do vậy, số lượng công chức hành chính nhà nước sau khi sắp xếp lại tổ chức, bộ máy các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh, huyện không giảm đi mà còn tăng lên [54].
Công tác tinh giản biên chế được thực hiện theo quy định của pháp luật. Trong 4 năm từ năm 2007 đến năm 2011, tỉnh Thanh Hóa đã giải quyết cho 3.866 công chức, viên chức nghỉ theo chế độ quy định tại Nghị định số 132/2007/NĐ-CP của Chính phủ; trong đó công chức hành chính nhà nước chiếm khoảng 10%. Phần lớn số công chức tinh giản biên chế thuộc diện nghỉ hưu trước tuổi. Việc giải quyết chính sách tinh giản biên chế đối với công chức được thực hiện đúng quy định, đến nay chưa có trường hợp thắc mắc, khiếu nại [57].
Tuy nhiên, hiện nay các cơ quan tỉnh Thanh Hóa vẫn chưa mạnh dạn tinh giản biên chế đối với các đối tượng công chức không đạt trình độ chuẩn theo quy định, những người không hoàn thành nhiệm vụ được giao trong 2 năm liền kề do năng lực chuyên môn, nghiệp vụ yếu hoặc sức khỏe không bảo đảm hoặc do thiếu tinh thần trách nhiệm, ý thức tổ chức, kỷ luật kém nhưng chưa đến mức phải buộc thôi việc theo đánh giá của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Chưa có kế hoạch tinh giản biên chế theo từng kỳ/năm (6 tháng một lần). Chưa gắn việc tinh giản biên chế với việc sắp xếp thu gọn các đầu mối, bỏ khâu trung gian, gắn với cải tiến quy chế làm việc, cải cách thủ tục hành chính. Những công chức hành chính nhà nước dôi dư do cơ cấu trong cơ quan, đơn vị không hợp lý nhưng không thể bố trí, sắp xếp được công việc khác, không thể đào tạo lại để được chuẩn hóa về chuyên môn.