Cơ quan hành chính nhà nước tỉnh Khánh Hòa nói riêng hay cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương nói chung được tổ chức theo quy định của Luật tổ chức HĐND và UBND năm 2003.
Theo Luật tổ chức HĐND và UBND năm 2003, UBND do HĐND bầu là cơ
quan chấp hành của HĐND, cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương, chịu trách
nhiệm trước HĐND cùng cấp và cơ quan nhà nước cấp trên. UBND chịu trách nhiệm
chấp hành hiến pháp, luật, các văn bản của cơ quan nhà nước cấp trên và nghị quyết
của HĐND cùng cấp nhằm bảo đảm thực hiện chủ trương, biện pháp phát triển kinh tế
- xã hội, củng cố quốc phòng, an ninh và thực hiện các chính sách khác trên địa bàn. UBND thực hiện chức năng quản lý nhà nước ở địa phương, góp phần bảo đảm sự chỉ đạo, quản lý thống nhất trong bộ máy hành chính nhà nước từ trung ương đến cơ sở.
Mô hình tổ chức cơ quan hành chính nhà nước tại tỉnh Khánh Hòa chia thành 3 cấp: cấp tỉnh (UBND tỉnh và các sở, ban ngành trực thuộc UBND tỉnh), cấp huyện
(UBND huyện, thị, thành phố và các phòng ban chuyên môn trực thuộc UBND
huyện), cấp xã (UBND xã, phường, thị trấn). Nhiệm vụ, quyền hạn của HĐND,
UBND ở từng cấp cơ bản được quy định thống nhất.
Ở cấp tỉnh, bộ máy giúp việc cho UBND tỉnh Khánh Hòa gồm các sở, cơ quan
ngang Sở được tổ chức theo Nghị định số 13/2008/NĐ-CP của Chính phủ và hướng
dẫn của Bộ Nội vụ. Hiện nay, tổng số các sở, ngành thuộc UBND tỉnh là 19, trong đó có 17 cơ quan được tổ chức thống nhất và 02 cơ quan tổ chức theo đặc thù là Sở Ngoại
vụ và Ban Dân tộc. Chức năng cơ bản của các Sở, cơ quan ngang sở là tham mưu, giúp
UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực được phân công. Để thực hiện chức năng này, nhiệm vụ, quyền hạn của các Sở được quy định rất
Ngoài tổ chức bộ máy hành chính địa phương, còn có các cơ quan được tổ chức
và quản lý theo hệ thống dọc của Trung ương cũng thực hiện hoặc phối hợp thực hiện
chức năng quản lý nhà nước trên địa bàn tỉnh như: Cục thuế, Cục Hải quan, Ngân hành Nhà nước, Công an tỉnh, bộ đội biên phòng,... Tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan này do Bộ, ngành trung ương chủ quản quyết định. Tuy nhiên, việc thực hiện
chức năng, nhiệm vụ có sự gắn kết chặt chẽ với thực hiện nhiệm vụ chính trị - hành chính, chủ trương và giải pháp phát triển kinh tế - xã hội của địa phương, chịu sự điều
hành chung của UBND tỉnh.
Ở cấp huyện, có 6 huyện, 2 thành phố thuộc tỉnh, 1 thị xã là cơ quan hành chính nhà nước ở cấp huyện. Bộ máy cơ quan chuyên môn giúp việc gồm các phòng, ban. Riêng huyện Trường Sa là huyện đảo, UBND huyện chưa có cơ quan chuyên môn. Về cơ cấu cơ quan chuyên môn cấp huyện theo Nghị định số 14/2008/NĐ-CP và Nghị định số 12/2008/NĐ-CP, nhìn chung đã hướng đến phân định và tổ chức bộ máy theo
từng loại đơn vị hành chính cấp huyện. Ở cấp huyện cũng có tổ chức các cơ quan
ngành dọc đặt tại địa phương tham gia quản lý nhà nước theo ngành lĩnh vực và tham gia thực hiện nhiệm vụ chính trị của địa phương.
Ở cấp xã, UBND xã, phường, thị trấn là cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương, thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với các lĩnh vực kinh tế - xã hội, an
ninh, quốc phòng trên địa bàn. Tỉnh Khánh Hòa hiện nay có 140 xã, phường, thị trấn. Để giúp UBND cấp xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước, có 7 chức danh công chức chuyên môn được tuyển dụng, bổ nhiệm theo trình tự, thủ tục quy định.