Chi nhánh đã được Tổng Giám đốc Ngân hàng TMCP ĐT&PT Việt Nam trao tặng giấy khen về công tác huy động vốn. Về thành tích kinh doanh thì được Chủ tịch UBND Tỉnh tặng bằng khen các năm 1995, 1997, 1999 và tặng cờ thi đua cho đơn vị dẫn đầu khối thi đua ngành Ngân hàng các năm 1996, 1998. Đặc biệt, kết quả trên đã được Đảng và Nhà nước trao tặng Huân chương lao động hạng ba năm 1999.
Từ năm 2001, cùng với toàn hệ thống, Ngân hàng TMCP ĐT&PT Việt Nam thực hiện đề án tái cơ cấu, Chi nhánh vừa tiếp tục tăng trưởng các mặt hoạt động, tự
cân đối được nguồn vốn cho hoạt động kinh doanh vừa thực hiện cơ cấu nguồn vốn huy động, cơ cấu lại nợ theo hướng tăng dư nợ cho vay ngoài quốc doanh, tăng tỷ trọng nợ ngắn hạn và nợ có tài sản đảm bảo. Chi nhánh đã nỗ lực hoàn thành tương đối tốt trong việc thực hiện các chỉ tiêu Trung Ương đề ra.
Từ năm 2005, dưới sự chỉ đạo của Hội sở chính nhằm triển khai thực hiện dự án TA (các chương trình liên kết kỹ thuật nhằm hỗ trợ tái cơ cấu đầu tư cho BIDV do ASEM hỗ trợ dưới sự quản lý của Ngân hàng Thế giới (World Bank), Chi nhánh đã thực hiện và hoàn thành tốt nhiệm vụ của mình như một kênh phân phối bán hàng cho Hội sở chính.
Bên cạnh việc thực hiện xuất sắc các chỉ tiêu Trung Ương giao cho, Ngân hàng TMCP ĐT&PT Khánh Hòa còn đạt được nhiều thành tích nổi trội trong các hoạt động thể thao. Nhiều năm liền đứng ở vị trí cao nhất trong phong trào thể dục, thể thao các Chi nhánh của BIDV khu vực miền Trung – Tây Nguyên. Điều đó chứng tỏ nỗ lực của Ngân hàng trong việc không ngừng nâng cao đời sống vật chất, tinh thần cho cán bộ công nhân viên.