Chi nhánh Ngân hàng TMCP Đầu Tư và Phát Triển Khánh Hòa được thành lập năm 1976, tiền thân của Ngân hàng là phòng cấp phát vốn xây dựng cơ bản tỉnh Phú Khánh. Từ đó đến nay phù hợp với sự phát triển chung của Ngân hàng TMCP ĐT&PT Việt Nam, Chi nhánh đã lần lược mang những tên:
- Chi nhánh Ngân hàng Kiến Thiết tỉnh Phú Khánh
- Chi nhánh Ngân hàng Đầu Tư và Xây dựng tỉnh Phú Khánh - Chi nhánh Ngân hàng Đầu Tư và Phát triển tỉnh Phú Khánh - Chi nhánh Ngân hàng Đầu Tư và Phát triển tỉnh Khánh Hòa - Chi nhánh Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Khánh Hòa
Khánh Hòa chỉ hoạt động trong lĩnh vực cấp phát và cho vay vốn đầu tư xây dựng cơ bản theo kế hoạch của Nhà nước để cấp cho các dự án phát triển kinh tế, kỹ thuật và huy động vốn trung dài hạn, trong và ngoài nước để cho vay trung dài hạn là chủ yếu. Chi nhánh không kinh doanh như một ngân hàng thương mại.
Đến năm 1995, do yêu cầu đòi hỏi khách quan của nền kinh tế cũng như tốc độ phát triển của xã hội, Ngân hàng Đầu tư và Phát triển đã bắt đầu chuyển đổi. Sau khi tách cục đầu tư, Chi nhánh Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Khánh Hòa đã chuyển sang kinh doanh như một ngân hàng đa năng tổng hợp theo mô hình của một ngân hàng thương mại. Mặc dù chuyển sang kinh doanh chậm hơn so với các ngân hàng Nhà nước khác, đội ngũ cán bộ rất mỏng với 21 người (trong đó có 5 cán bộ có trình độ đại học, chiếm 23,8% tổng số cán bộ), chưa có kinh nghiệm quản ký kinh doanh nhưng bằng sự nỗ lực cố gắng của tập thể cán bộ công nhân viên Chi nhánh đã từng bước khắc phục khó khăn và đi lên vững chắc, khẳng định được vị thế của mình trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa. Sau 5 năm hoạt động (1995-1999), nguồn vốn huy động tăng trưởng gấp 3,5 lần (tăng từ 71,5 tỷ lên 253,4 tỷ), dư nợ tăng trưởng gấp 4,3 lần.
Từ năm 1998, ngoài các dịch vụ thanh toán trong nước, Chi nhánh còn được Ngân hàng TMCP ĐT&PT Việt Nam cho phép thực hiện thanh toán quốc tế trực tiếp. Với những thành tích đã đạt được trong hoạt động.