Tổ chức công đoàn nói chung trên thế giới được thành lập và hoạt động với mục tiêu chủ yếu là nhằm đấu tranh và hạn chế sự bóc lột của giới chủ; tập hợp tập thể người lao động để nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của tập thể người lao động nhằm xây dựng mối quan hệ lao động hài hòa giữa Nhà nước - người lao động - người sử dụng lao động, tạo sự bền vững cho sự phát triển của xã hội.
Tổ chức công đoàn Việt Nam có những đặc thù mang tính lịch sử và dân tộc, là tổ chức chính trị - xã hội rộng lớn nhất của giai cấp công nhân và của người lao động Việt Nam tự nguyện lập ra dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng
sản Việt Nam, là thành viên trong hệ thống chính trị của xã hội Việt Nam, là trường học chủ nghĩa của người lao động (Điều 1 Luật Công đoàn 2003).
Bộ luật Lao động (chương XIII), Luật Công đoàn năm 2003 quy định tương đối cụ thể về quyền và nghĩa vụ của tổ chức công đoàn đối với người lao động Việt Nam như quyền tham gia xây dựng nội quy (quy chế) lao động trong các đơn vị sử dụng lao động; tham gia ký kết thỏa ước lao động tập thể; tham gia vào các hoạt động kinh tế nhằm tăng thu nhập hợp pháp cho người lao động; có quyền kiểm tra và giám sát việc thực hiện pháp luật lao động; tham gia giải quyết các khiếu nại, tố cáo và giải quyết các tranh chấp lao động; quyền tổ chức đối thoại giữa tập thể lao động với người sử dụng lao động và tổ chức đình công.
Tuy nhiên, vấn đề đặt ra là, người lao động Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài hay thuyền viên Việt Nam làm việc trên tàu biển nước ngoài hiện nay, trong trường hợp cần có tổ chức đứng ra để bảo vệ các quyền và lợi ích của họ khi làm việc tại nước ngoài bị người sử dụng lao động nước ngoài vi phạm cam kết chung theo hợp đồng thì lại không có tổ chức nào có quyền và nghĩa vụ theo quy định của pháp luật lao động để thực hiện trách nhiệm này. Hơn nữa trong hệ thống quy phạm pháp luật Việt Nam hầu như chưa có điều khoản nào quy định (kể cả quy phạm xung đột) về trách nhiệm của tổ chức Công đoàn trong việc bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người lao động Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài nói chung và thuyền viên làm việc trên các tàu biển nước ngoài nói riêng, kể cả việc mở rộng quan hệ quốc tế và trở thành thành viên của các tổ chức công đoàn nghề nghiệp thế giới để có những hỗ trợ cần thiết. Thời gian gần đây, việc các thuyền viên Việt Nam làm việc trên các tàu đánh cá của Đài Loan ở khu vực châu Phi bị chủ tàu vi phạm các quy định tối thiểu về điều kiện làm việc sinh hoạt và khi tổ chức cung ứng lao động không lên tiếng bảo vệ thì họ không có tổ chức nào đứng ra để bảo vệ và đấu tranh với người sử dụng nước ngoài theo các nguyên tắc của tư pháp quốc tế hoặc theo pháp luật Việt Nam đối với tổ chức cung ứng lao động thuyền
viên đó. Có thể chỉ vì họ chưa phải là đoàn viên công đoàn Việt Nam hoặc không có quy phạm quy định chức năng và nhiệm vụ của tổ chức công đoàn trong các tranh chấp lao động có yếu tố nước ngoài.
Đối với thuyền viên Việt Nam, khi làm việc trên các tàu biển nước ngoài mà chủ tàu hay tàu biển đó là của quốc gia có tổ chức công đoàn là thành viên của Liên đoàn công nhân vận tải thế giới (ITF) thì thuyền viên đó được các tổ chức công đoàn đó bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp của mình theo quy định của luật quốc tế và tập quán quốc tế và hàng tháng thuyền viên phải đóng khoản phí là 40 USD/tháng/người (các tàu của Nhật Bản áp dụng mức phí cụ thể này và đồng loạt cho mỗi chức danh). Nghĩa là trong trường hợp, nếu thuyền viên xét thấy bản thân mình hay các thuyền viên làm việc trên tàu biển đó không được đối xử phù hợp thì khi đến một cảng nhất định có đại diện của ITF, đại diện thuyền viên đó thông báo cho cơ quan đó, lập tức tàu đó bị chính quyền cảng thanh tra và lưu giữ để xác minh. Nguyên tắc này cũng được áp dụng cho bất kỳ thuyền viên mang quốc tịch của quốc gia nào, dù là thành viên của ITF hay chưa (kể cả thuyền viên Việt Nam).
Vấn đề đặt ra là, đối với các thuyền viên Việt Nam làm việc trên các tàu biển của những quốc gia không phải là thành viên của các tổ chức ITF thì việc đấu tranh của tổ chức công đoàn cho người lao động sẽ được giải quyết như thế nào. Đối với thuyền viên Việt Nam, thông thường trước khi ký hợp đồng lao động với chủ tàu nước ngoài thì thuyền viên sẽ phải ký một hợp đồng lao động với tổ chức cung ứng lao động của Việt Nam để chịu sự ràng buộc trước, tuy nhiên số lao động này đa số lại không được kết nạp vào tổ chức Công đoàn của đơn vị cung ứng thuyền viên đó, mà lẽ ra thuyền viên (hoặc người lao động đi làm việc ở nước ngoài nói chung) phải là thành viên của tổ chức Công đoàn để trong trường hợp có tranh chấp với chủ tàu nước ngoài thì tổ chức Công đoàn của tổ chức cung ứng lao động đó mới có cơ sở để yêu cầu tổ chức cung ứng lao động có biện pháp bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người lao động.
Pháp luật lao động và pháp luật về Công đoàn của Việt Nam cũng có thể quy định, trong trường hợp, bên cung ứng thuyền viên Việt Nam khi cung cấp cho chủ tàu nước ngoài cả thuyền bộ là thuyền viên Việt Nam thì có thể thành lập tổ chức công đoàn trên tàu biển đó để góp phần vào việc thúc đẩy thuyền viên làm việc đúng nội quy lao động, tổ chức các hoạt động văn hóa tinh thần cho thuyền viên cũng như tham gia vào việc bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp cho thuyền viên Việt Nam trên tàu biển nước ngoài đó.
Đối với các tranh chấp giữa thuyền viên với chủ tàu do Liên đoàn công nhân vận tải quốc tế (ITF) phát động, thường được tiến hành khi có các cơ sở khẳng định rằng bất kỳ tàu biển của quốc gia nào có các dấu hiệu vi phạm về chế độ lao động, tiền lương, các quyền và nghĩa vụ hợp pháp khác của thuyền viên thì ITF tiến hành đề nghị PSC lưu giữ tàu hoặc tổ chức các vụ đình công hoặc tẩy chay của thuyền viên trên tàu (hoặc kể cả công nhân bốc xếp, giữ kho, hoa tiêu…của cảng mà tàu đó dự định neo đậu từ chối cung cấp dịch vụ cho tàu) để chống lại các tàu đó, đặc biệt là các tàu biển treo "cờ thuận tiện" với mục đích là góp phần tăng sức mạnh cho các điều kiện hoạt động của liên đoàn liên quan đến tiền lương và các điều khoản lao động cho thuyền viên trên những con tàu đó.
Nhằm tránh những vụ tẩy chay chống lại tàu của chính quyền cảng, của các chủ hàng, người bảo hiểm hay của chính thuyền viên làm việc trên tàu biển đó, ngày nay nhiều người thuê tàu yêu cầu chủ tàu phải có "Giấy chứng nhận xanh" của Liên đoàn Công nhân vận tải thế giới nhằm giúp tàu khỏi liên can đến những phản ứng của Liên đoàn nói chung và các chủ thể liên quan khác nói riêng. Hiệu lực của "giấy chứng nhận xanh" là các hợp đồng thuyền viên được quy định bởi những điều khoản theo hiệp định tập thể hiện hành của liên đoàn [29, tr. 130].