Phương pháp điều chỉnh của ngành luật là cách thức, biện pháp mà Nhà nước sử dụng để tác động vào quan hệ xã hội của ngành luật đó. Trong luật lao động Việt Nam, phương pháp điều chỉnh bao gồm phương pháp tự thỏa thuận trên cơ sở bình đẳng, tự nguyện và tự do ý chí trong phạm vi cho phép của pháp luật và phương pháp mệnh lệnh - phục tùng giữa người sử
dụng lao động với người lao động trong quá trình lao động theo quy định của pháp luật và của hợp đồng lao động [23, tr. 14].
Xuất phát từ đối tượng điều chỉnh của tư pháp quốc tế Việt Nam về lao động thuyền viên có yếu tố nước ngoài, do tồn tại hiện tượng có từ hai hay nhiều hệ thống pháp luật của các quốc gia cùng điều chỉnh quan hệ lao động này, nên để giải quyết xung đột pháp luật phát sinh trong quan hệ lao động thuyền viên có yếu tố nước ngoài, tư pháp quốc tế Việt Nam quy định giải quyết bằng hai phương pháp chủ yếu, đó là áp dụng các quy phạm xung đột thực chất và áp dụng các quy phạm pháp luật xung đột.
Phương pháp thực chất: Quy phạm thực chất là quy phạm pháp luật
trực tiếp quy định quyền và nghĩa vụ của các bên chủ thể tham gia quan hệ tư pháp quốc tế. Quy phạm thực chất bao gồm quy phạm thực chất thống nhất và quy phạm thực chất thông thường.
Quy phạm thực chất thống nhất là quy phạm được các bên thống nhất quy định trong các điều ước quốc tế liên quan đến thuyền viên của Liên hợp quốc, Tổ chức lao động quốc tế và Tổ chức hàng hải thế giới, các Hiệp định song phương giữa Việt Nam với các quốc gia liên quan. Cũng có thể coi các quy định và khuyến nghị của Liên đoàn công nhân vận tải thế giới là nguồn của quy phạm thực chất thống nhất (hoặc tập quán quốc tế), mặc dù đây chỉ là tổ chức nghề nghiệp phi chính phủ.
Quy phạm thực chất thông thường là quy phạm được quy định trong các văn bản quy phạm pháp luật quốc gia như Bộ luật Dân sự năm 2005, Bộ luật Hàng hải năm 2005, Bộ luật Lao động năm 2007 và các văn bản pháp luật liên quan.
Phương pháp xung đột: Là quy phạm đặc thù nhằm quy định (cũng
gọi là "chỉ ra" hoặc "dẫn chiếu tới") hệ thống pháp luật của nước nào sẽ được áp dụng để điều chỉnh quan hệ tư pháp quốc tế nhất định mà không trực tiếp quy định quyền và nghĩa vụ của các bên chủ thể tham gia quan hệ tư pháp
quốc tế. Cũng cần nhấn mạnh rằng, quy phạm xung đột pháp luật quy định việc áp dụng hệ thống pháp luật của một nước nhất định để điều chỉnh quan hệ lao động có yếu tố nước ngoài khi có xung đột pháp luật chứ không quy định việc chọn một đạo luật hoặc một quy phạm pháp luật riêng lẻ [23, tr. 72-73]
Cũng theo quan điểm của một số nhà khoa học, xung đột pháp luật trong tư pháp quốc tế là xung đột giữa các hệ thống luật của các quốc gia (chủ thể của luật quốc tế), mà không thừa nhận xung đột với hệ thống pháp luật của các bang trong nhà nước liên bang, nghĩa là luật của bang trong nhà nước liên bang không có tư cách để dẫn chiếu nhằm xung đột với luật của quốc gia khác [13, tr. 27].