Mục đích của việc tổ chức nhằm để đạt được sự hợp tác tích cực các thành viên tham gia quản lý dự án, đồng thời phân định rõ vai trò và trách nhiệm cho những người tham gia và xác định rõ nhiệm vụ của từng đối tượng. Do vậy, cần thiết phải lập một sơ đồ trách nhiệm trong công tác tổ chức dự án, vì nó chỉ rõ tên hay trật tự các công việc, cũng như từng giai đoạn của dự án mà mỗi thành viên tham gia quản lý sẽ phải chịu trách nhiệm.
Để quản lý dự án thành công và hiệu quả dự án đầu tư xây dựng, việc thiết lập được một bộ máy quản lý phù hợp là điều kiện tiên quyết quan trọng đầu tiên. Theo tổng kết của các nhà quản lý dự án, một bộ máy quản lý điều hành thực hiện dự án hiệu quả thường được tổ chức theo những cấp độ khác nhau để tăng tính hiệu quả và chất lượng quản lý. Căn cứ vào thực tiễn, tác giả đề xuất việc phân cấp tổ chức của Chi cục Thủy lợi Quảng Ninh theo theo 3 cấp độ sau:
1. Cấp quản lý tác nghiệp
Cấp độ này liên quan tới những người có trách nhiệm thực hiện từng công việc đã được phân công trong kế hoạch thực hiện, trong chương trình dự án. Ở cấp
độ này, công tác quản lý là theo dõi, xem xét và đối chiếu hàng ca, hàng ngày tình hình thực hiện các công việc của dự án đang được tiến hành với các yêu cầu nêu trong chương trình dự án, như: người thực hiện, thời điểm thực hiện, kết quả thực hiện,... nhằm thông tin kịp thời những thông tin cần thiết cho cấp quản lý trung gian. Ở cấp độ này, người ta thường thành lập ra các nhóm dự án, thông thường những người phụ trách các công việc thuộc một nhóm công việc trở thành thành viên của nhóm dự án. Trong mỗi nhóm dự án cử ra một nhóm trưởng chịu trách nhiệm chung.
2. Cấp quản lý trung gian
Cấp quản lý trung gian liên quan chủ yếu đến Chi cục trưởng điều hành dự án và các cộng sự là các cá nhân được phân công làm trưởng các nhóm công việc. Phạm vi quản lý ở cấp độ này là giám sát, theo dõi để xác định sớm nhất các ảnh hưởng tiêu cực đến khả năng hoàn thành các công việc của dự án, đến kinh phí và đến thời hạn hoàn thành của các công việc của quá trình, để có thể đưa ra kịp thời các biện pháp điều chỉnh cần thiết và phản hồi kịp thời những thông tin về những khó khăn, vướng mắc gặp phải trong tiến trình thực hiện dự án cho cấp điều hành chiến lược xử lý, giải quyết. Một số trường hợp có thể thành lập ra các nhóm dự án, người phụ trách nhóm vừa là thành viên của nhóm vừa là trưởng nhóm.
3. Cấp quản lý chiến lược
Đây là cấp độ quản lý cao nhất trong bộ máy quản lý dự án, liên quan chủ yếu đến chủ nhiệm dự án. Nhiệm vụ quản lý, điều hành ở cấp độ này là nhận những thông tin từ cấp điều hành trung gian về tiến độ và các kết quả từng phần theo định kỳ, về các khó khăn, vướng mắc nghiêm trọng vượt quá thẩm quyền của chủ nhiệm điều hành dự án để từ đó ra những quyết định phù hợp. Tùy theo cam kết ban đầu, trong một số trường hợp Chi cục trưởng điều hành dự án phải gánh chịu trách nhiệm về kết quả công việc, nhiệm vụ (kết quả đạt được, kinh phí tối đa và thời hạn ấn định).
Công việc điều hành dự án cũng được thực hiện theo quan điểm phi tập trung hóa trong quản lý dự án, phân định rõ trách nhiệm của từng người đối với từng công
việc, buộc mỗi người phải tôn trọng những cam kết ban đầu. Tuy nhiên, để hiệu quả điều hành dự án cao đòi hỏi tất cả mọi người, bất kỳ ở cấp độ điều hành nào cũng cần phải có những thông tin được cập nhật tốt, sẵn sàng chia sẻ và luôn có tinh thần hợp tác trong việc giải quyết những khó khăn, vướng mắc nảy sinh trong tiến trình thực hiện dự án.