- Công tác quản lý chi phí dự án đối với giai đoạn chuẩn bị đầu tư được triển khai theo đúng các quy định hiện hành của Nhà nước bao gồm có: Chi phí khảo sát, chi phí lập dự án, chi phí thiết kế bản vẽ thi công, chi phí tư vấn giám sát, chi phí lập bản vẽ thu hồi và giao đất, chi phí đánh giá tác động môi trường... Tuy nhiên việc quản lý các chi phí này còn nhiều bất cập đặc biệt là trong khâu khảo sát, lập dự án và thiết kế bản vẽ thi công. Cụ thể như:
- Để có cơ sở lựa chọn nhà thầu tư vấn Chi cục Thủy lợi phải lập đề cương nghiệm vụ khảo sát, ước tính tổng mức đầu tư và tính toán ra dự toán khảo sát lập dự án trình chủ đầu tư phê duyệt, nhưng nhiều công trình do cán bộ lập đề cương, dự toán khảo sát trình độ, năng lực còn yếu, thiếu kinh nghiệm nên đề cương nhiệm vụ khảo sát lập không sát với thực tế và yêu cầu của công tác lập dự án, thiết kế công trình có những nội dung công việc cần thiết phải khảo sát lại không đưa vào đề cương, có những nội dung khảo sát thừa không sử dụng được cho công tác thiết kế
lập dự án; ước tính tổng mức đầu tư không sát dẫn đến dự toán khảo sát, lập dự án, thiết kế bản vẽ thi công thiếu hoặc thừa gây lãng phí và gây khó khăn cho nhà thầu tư vấn khi triển khai thực hiện.
+ Khi nghiệm thu thanh toán kinh phí khảo sát nhiều phần việc thiếu nhưng không bổ sung được cho đơn vị tư vấn, trong khi đó nhiều phần việc thừa không sử dụng được trong công tác thiết kế, lập dự án nhưng vẫn phải thanh toán cho nhà thầu tư vấn.
+ Có một số công trình, dự án không được nghiên cứu kỹ hoặc do năng lực cán bộ chuẩn bị dự án yếu, phải khảo sát và lập nhiều phương án thiết kế để so sánh lựa chọn, hoặc lựa chọn tuyến công trình chưa hợp lý phải tiến hành lựa chọn và khảo sát lại nhiều lần cũng là nguyên nhân gây lãng phí.
- Chi phí lập bản vẽ thu hồi giao đất khi lập đề cương, dự toán nhiều công trình không sát với thực tế do cán bộ lập không xác định được chính xác phạm vi cần thu hồi.
- Đối vơi chi phí tư vấn giám sát thi công công trình: Nhiều công trình triển khai thi công chậm tiến độ, đơn vị tư vấn giám sát phải kéo dài thời gian thực hiện giám sát nhưng lại không dược bổ sung kinh phí gây khó khăn cho các nhà thầu tư vấn giám sát và đó cũng là một trong những nguyên nhân gây ảnh hưởng đến chất lượng của công tác giám sát thi công.