Công trình Thủy lợi diện tích chiếm đất rất lớn phải từ hàng trăm ha trở lên, qua nhiều huyện, thị, do vậy công tác giải phóng mặt bằng đóng vai trò quyết định dự án thực hiện đúng tiến độ hay không. Một số địa phương trước nhu cầu cấp bách phát triển kinh tế - xã hội địa phương đã tổ chức rất quyết liệt công tác đền bù và tái định cư để thực hiện bằng được mục tiêu tiến độ dự án đã đề ra. Một số địa phương chỉ đạo quyết liệt nhưng bộ máy thực hiện công tác này giải quyết công việc thiếu hiệu quả, biên chế ít, chủ yếu dùng lực lượng kiêm nhiệm, biệt phái từ các phòng ban của huyện. Một số nơi giao cho trung tâm quỹ đất vừa làm công tác đền bù giải phóng mặt bằng vừa kinh doanh quỹ đất nên họ chủ yếu tập trung cho kinh doanh…dẫn đến công tác giải phóng mặt bằng tái định cư không đáp ứng tiến độ dự án.
Trong công tác giải phóng mặt bằng đôi khi còn có những tồn tại thường gặp, cụ thể:
- Đơn giá bồi thường của Nhà nước thường thấp hơn giá thị trường, đặc biệt là đơn giá bồi thường diện tích mất đất nên tình trạng kiến nghị không cấp hành của các hộ dân diễn ra tràn lan.
- Việc xác định giá trị của vật kiến trúc tuy đã có định mức đơn giá cụ thể nhưng nhiều hạng mục của vật kiến trúc không có trong đơn giá hoặc đơn giá tính không sát với thực tế gây bất đồng qua điểm gữa chủ hộ và Hội đồng bồi thường GPMB.
- Việc kê khai hoa màu và cây cối gặp nhiều khó khăn do từ lúc kê khai đến khi chi trả bồi thường cây cối hoa mầu tiếp tục phát triển người dân lại đòi mức bồi thường cao hơn.
- Tình trạng nhiều hộ dân khi nghe tin có dự án thì tiến hành xây dựng các công trình kiến trúc tạm bợ hoặc trồng cây cối hoa màu tràn lan để chờ tiền đền bù diễn ra ở nhiều địa phương trong tỉnh.
- Nhiều công trình gặp phải sự chống đối của các hộ dân các cấp chính quyền đã phải tiến hành cưỡng chế hoặc bảo vệ thi công theo đúng quy định hiện hành của Nhà nước.
- Năng lực của đôi ngũ cán bộ làm công tác bồi thường giải phóng mặt bằng còn yếu, chưa có phương pháp tốt để vận động, chưa giải thích được cặn kẽ cho dân để nhân dân hiểu và chấp hành; việc kê khai bồi thường giải phóng mặt bằng nhiều công trình còn chưa chính xác đặc biệt là việc xác định giá trị của vật kiến trúc và cây cối hoa màu; chưa biết phối hợp chặt chẽ với các cấp chính quyền và các tổ chức đoàn thể để vận động nhân dân.
Những tồn nêu trên đã gây ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ triển khai thi công công trình.