- Thứ nhất: Nội dung, phương pháp thanh tra nặng tính truyền thống, chưa theo kịp yêu cầu quản lý hệ thống ngân hàng hiện đại.
Hiện nay, thanh tra tại chỗ thực hiện theo phương pháp tuân thủ là chủ yếu, chỉ thanh tra việc chấp hành các quy định của NHNN trong hoạt động của NHTM dẫn đến chậm phát hiện và không cảnh báo sớm, ngăn chặn, phòng ngừa và xử lý rủi ro trong hoạt động ngân hàng. Các kiến nghị mới dừng lại ở các sai phạm cụ thể trong việc thực hiện các nghiệp vụ ngân hàng mà đoàn thanh tra phát hiện được. Với sự phát triển nhanh chóng của hoạt động ngân hàng theo hướng hiện đại hóa, đa dạng hóa với sự bổ trợ của công nghệ thông tin hiện đại thì phương pháp tuân thủ chưa đủ để giám sát hữu hiệu các rủi ro tiềm ẩn trong hoạt động ngân hàng như rủi ro hoạt động, rủi ro lãi suất…
Nội dung thanh tra hiện nay còn dàn trải, làm nhiều nhưng không trọng tâm, trọng điểm và tính phát hiện kém. Hàng năm, thanh tra ngân hàng tiến hành thanh tra rất nhiều cuộc: các cuộc thanh tra toàn diện, theo chuyên đề, thanh tra định kỳ,
đột xuất… phải tập trung nhiều cán bộ và tiến hành trong thời gian dài gây lãng phí và ảnh hưởng nhất định đến hoạt động của các TCTD. Công việc của thanh tra tại chỗ đã làm thay chức năng kiểm tra, kiểm toán nội bộ của NHTM.
-Thứ hai, Tính hiệu lực của thanh tra chưa cao: Trên thực tế, sau khi gửi kết luận cho đối tượng thanh tra, chưa có biện pháp cụ thể đôn đốc cho đối tượng thực hiện các kiến nghị trong kết luận, nhiều kết luận bị quên lãng. Một số trường hợp phát hiện ra những sai phạm nghiêm trọng, nhưng nhiều khi vì cả nể, né tránh, sợ trách nhiệm... nên hoạt động thanh tra chi nhánh đối với các chi nhánh NHTM nhà nước từ trước đến nay rất ít thực hiện xử phạt vi phạm hành chính đối với các sai phạm.
-Thứ ba, hạn chế về năng lực, trình độ thực tiễn của cán bộ: về cơ bản có năng lực, kinh nghiệm công tác; lực lượng cán bộ trẻ được đào tạo bài bản, nhiệt tình, ham học hỏi, tiếp thu nhanh.
Mặc dù hoạt động thanh tra chi nhánh đã nhiều cố gắng để đảm bảo chất lượng thanh tra, tuy nhiên về mặt thực tiễn công tác đang nổi lên những bất cập sau: chưa có nhiều kỹ năng trong việc thanh tra; chưa am hiểu và ứng dụng thực tiễn trong công tác thanh tra về chuẩn mực kế toán, kiểm toán, quản trị rủi ro; ít hiểu biết thực tiễn các nghiệp vụ ngân hàng mới vì vậy trong thời gian qua công tác thanh tra còn một số hạn chế do một số nguyên nhân sau:
*Nguyên nhân của các tồn tại:
Có nhiều nguyên nhân ảnh hưởng đến hoàn thiện hoạt động thanh tra tại chỗ, tuy nhiên theo tác giả có một số nguyên nhân chính như: những bất cập trong cơ chế chính sách, hoạt động điều hành của ngân hàng thương mại chưa hiệu quả là những nguyên nhân ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động thanh tra tại chỗ.
- Sự bất cập về cơ chế chính sách: Theo luật thanh tra, luật NHNN, Luật các TCTD…đang nổi lên một số bất cập trong việc chỉ đạo điều hành hoạt động Thanh tra ngân hàng, không tương thích với quản trị theo xu hướng tập trung của TCTD, cụ thể:
+ Phân cấp, phân quyền trong việc thanh tra TCTD như hiện nay vô hình chung đã chia cắt TCTD để thanh tra riêng rẽ, trong khi TCTD là một pháp nhân thống nhất, quản trị tập trung. Việc này dẫn đến một hệ luỵ thực tế là cùng một sản phẩm được TCTD thực hiện giống nhau ở tất cả các đơn vị trực thuộc, nhưng nhiều khi thanh tra NHNN tỉnh, thành phố khác nhau có kết luận khác nhau, làm cho hiệu lực điều hành của thanh tra kém hiệu qủa.
+ Việc điều hành cuả Thanh tra trung ương không trực tiếp đến thanh tra chi nhánh NHNN tỉnh, thành phố (phải qua Giám đốc chi nhánh) nên mất đi tính tập trung, thống nhất làm giảm tác dụng của hoạt động thanh tra chuyên ngành ngân