Sau khủng hoảng tài chính - tiền tệ khu vực, các ngành kinh tế truyền thống tập trung nhiều nguồn lực tài nguyên, lao động của Malaysia tỏ ra kém lợi thế cạnh tranh so với Trung Quốc, Ấn Độ và một số nước khác trong khu vực. Trong khi đó, những ngành có hàm lượng khoa học kỹ thuật cao lại chưa đủ điều kiện để cạnh tranh với các nước phát triển và các nước công nghiệp mới (Newly Industrialized Countres - NICs). Vì thế, Malaysia phải thực hiện điều chỉnh cơ cấu kinh tế theo hướng tập trung ưu tiên phát triển mạnh các ngành công nghiệp mũi nhọn để tạo động lực mới cho sự tăng trưởng nền kinh tế. Đây cũng là cơ sở cho việc định hướng thu hút nguồn FDI. Mặt khác, trong phát triển kinh tế cũng như kết quả thu hút FDI giai đoạn 1971 - 1996, Malaysia bị mất cân đối giữa các ngành kinh tế, mức chênh lệch khá lớn giữa công nghiệp và nông nghiệp, nên cần phải có sự điều chỉnh để giải quyết vấn đề này.
Malaysia xác định tám ngành công nghiệp then chốt, đóng vai trò trụ cột giúp cho việc tăng trưởng và tạo giá trị gia tăng cao cho nền kinh tế là: Điện và điện tử, dệt và sản phẩm thêu ren, hóa chất, các ngành thực phẩm và công nghiệp dựa trên cơ sở nông nghiệp, giao thông, nguyên liệu và cơ khí. Đây cũng là những ngành bị ảnh hưởng nặng nề trong khủng hoảng, cần phải có sự hỗ trợ nhiều mặt để khắc phục và thúc đẩy phát triển, trong đó yếu tố quan trọng là vốn và công nghệ. Đáp ứng nhu cầu này cần có nguồn lực FDI, Malaysia đặt mục tiêu dài hạn thu hút các dự án FDI có tính chiến lược vào các ngành kinh tế mũi nhọn. Các dự án chiến lược là dự án mà sản phẩm hay hoạt động của nó có tầm quan trọng quốc gia, có tác động lớn đến toàn bộ nền kinh tế, có vốn đầu tư lớn, sử dụng công nghệ cao, đồng bộ và có vai trò kéo các ngành khác phát triển. Thực hiện chủ trương này, Malaysia đã có nhiều
chính sách khuyến khích ưu đãi, tạo lập môi trường đầu tư hấp dẫn các nhà đầu tư nước ngoài. Cùng với việc đưa ra danh mục các ngành được khuyến khích ưu đãi FDI, Malaysia còn chú trọng đầu tư phát triển các ngành công nghiệp then chốt theo hướng xây dựng nền kinh tế trí thức.
Trong kế hoạch 5 năm lần thứ 7 (1996 - 2000), Malaysia có kế hoạch chi khoảng 25 tỷ USD cho phát triển kinh tế trong 10 năm. Tiếp đến kế hoạch 5 năm lần thứ 8 (2001 -2005), Malaysia tiếp tục xác định ưu tiên thực hiện chiến lược này, trong đó tập trung thực hiện nâng cấp công nghệ đối với sản phẩm điện, điện tử; thúc đẩy đa dạng hóa các ngành công nghiệp chế tạo hướng về xuất khẩu với hàm lượng nội địa hóa cao hơn; thúc đẩy phát triển các ngành công nghiệp có liên quan đến sự phát triển của MSC (Multimedia Super Corridor - Siêu hành lang đa phương tiện). Để tạo thêm động lực cho các nhà đầu tư nước ngoài, từ năm 2005 Malaysia cho phép nhà đầu tư nước ngoài được sở hữu 100% vốn trong lĩnh vực công nghệ thông tin; hủy bỏ hạn chế về số lượng nhà đầu tư nước ngoài trong lĩnh vực phân phối, tiếp tục miễn thuế thu nhập doanh nghiệp và cho phép các công ty FDI được phát hành trái phiếu bằng đồng RM. Với đặc điểm, các ngành công nghiệp then chốt chủ yếu tập trung trong các khu công nghệ cao, vì thế để tạo điều kiện thuận lợi cho nhà đầu tư nước ngoài, bên cạnh việc thúc đẩy các khu công nghệ cao được xây dựng từ những năm 1988 như Bukit Jalil, Kulim... hoạt động tốt hơn, từ năm 1997, nhiều khu công nghệ cao mới đã được xây dựng. Trong các khu công nghệ cao, Malaysia tập trung đầu tư cơ sở hạ tầng tốt, thực hiện cơ chế cung cấp các dịch vụ trọn gói đáp ứng đủ nhu cầu và tiêu chuẩn theo yêu cầu của các ngành công nghiệp hiện đại. Bên cạnh đó, Malaysia tiếp tục củng cố, hoàn thiện các khu thương mại tự do, khu công nghiệp để đảm bảo tính đa dạng các hình thức thu hút FDI.
Đối với ngành nông nghiệp, tuy giá trị gia tăng không lớn nhưng có vai trò quan trọng trong việc bảo vệ nền kinh tế trước những diễn biến bất thường bên ngoài, Do nông nghiệp trong nước mới đáp ứng được 70% nhu cầu về lương thực của Malaysia. Vì vậy, Malaysia chủ trương tăng cường đầu tư từ nội lực và thu hút nguồn FDI để thúc đẩy nông nghiệp phát triển với mong muốn biến Malaysia thành một trung tâm sản xuất thực phẩm chất lượng cao trong khu vực. Ngoài những chính sách ưu đãi chung, Malaysia chú trọng thu hút các nước ASEAN đầu tư vào khu vực nông nghiệp. Bộ Nông nghiệp Malaysia (Ministry of Agriculture - MOA) đã thực hiện nhiều chương trình triển lãm, quảng cáo sản phẩm, cung cấp thông tin để kêu gọi các nước đầu tư vào ngành nông nghiệp, nhất là trong lĩnh vực hoa quả, rau xanh, dừa, lúa nước và hoa trong những hội nghị như Hội nghị cấp Bộ trưởng ASEAN, Diễn đàn khu vực ASEAN (ASEAN Regional Forum - ARF).
Để khắc phục mất cân đối đầu tư và phát triển kinh tế giữa các vùng và tạo địa chỉ hấp dẫn thu hút FDI, Malaysia triển khai dự án "Khu vực kinh tế Nam Johor" với vốn đầu tư ban đầu 17,7 tỷ RM (4,8 tỷ USD) trên diện tích 2.217 km2 (rộng gấp 2,5 lần so với Singapore). Số vốn ban đầu này do Chính phủ Malaysia đầu tư 4,3 tỷ RM, cơ quan đầu tư quốc gia Malaysia Khazanath Nassional đầu tư 3,4 tỷ RM, huy động từ khu vực tư nhân 10 tỷ RM, còn lại sẽ thu hút từ nguồn FDI với mục tiêu tổng đầu tư của dự án là 47 tỷ RM (14 tỷ USD). Malaysia hy vọng khi dự án đi vào hoạt động sẽ giúp các bang ở miền Nam nước này tăng trưởng kinh tế mạnh, thu hút lao động, có cơ hội phát triển trở thành trung tâm kinh tế tương tự như Hồng Kông hay Thẩm Quyến của Trung Quốc và có thể cạnh tranh với Singapore trong lĩnh vực công nghiệp chế tạo.