Bên cạnh những tác động tích cực, FDI cũng mang lại một số tác động tiêu cực, đó là:
Thứ nhất, vốn đầu tư FDI với công nghệ và kỹ thuật lạc hậu.
Các nước đầu tư thường bị buộc tội là đã chuyển giao công nghệ và kỹ thuật lạc hậu vào nước tiếp nhận đầu tư. Điều này có thể giải thích là do dưới sự tác động của cuộc cách mạng khoa học kỹ thuật, máy móc công nghệ nhanh chóng trở thành lạc hậu. Các nhà đầu tư thường chuyển giao những công nghệ kỹ thuật đã lạc hậu cho các nước nhận đầu tư để đổi mới công nghệ, đổi mới mới sản phẩm, nâng cao chất lượng sản phẩm của chính nước họ. Trong giai đoạn đầu của sự phát triển, hầu hết các nước đều dùng công
nghệ sử dụng nhiều lao động. Tuy nhiên sau một thời gian phát triển, giá lao động có xu hướng tăng lên, kết quả là giá thành sản phẩm cao. Vì vậy các nhà đầu tư muốn thay thế công nghệ này bằng những công nghệ có hàm lượng kỹ thuật cao hơn để hạ giá thành sản phẩm thông qua việc đầu tư ra nước ngoài kèm theo chuyển giao công nghệ.
Việc chuyển giao công nghệ lạc hậu đã gây ra nhiều thiệt hại cho nước tiếp nhận đầu tư, cụ thể các nước tiếp nhận đầu tư khó tính được giá trị thực của những máy móc chuyển giao đó cho nên các nước tiếp nhận đầu tư thường bị thiệt hại trong việc tính tỷ lệ góp vốn vào các xí nghiệp liên doanh, và hậu quả bị thiệt hại trong việc chia lợi nhuận.
Chất lượng sản phẩm thấp, chi phí sản xuất cao, nên sản phẩm của nước tiếp nhận đầu tư khó có thể cạnh tranh trên thị trường thế giới.
Sản xuất hàng hoá không thích hợp: Các nhà đầu tư thường sản xuất và bán những hàng hóa không thích hợp cho các nước kém phát triển, thậm chí đôi khi lại là những hàng hóa có hại cho sức khỏe con người.
Thứ hai, vốn đầu tư FDI gây tổn hại đến môi trường.
Hoạt động đầu tư trực tiếp chủ yếu được tiến hành trong công nghiệp và những chất thải nếu không được xử lý tốt sẽ gây ra tình trạng ô nhiễm môi trường. Hơn nữa, việc đẩy mạnh sản xuất sẽ phải sử dụng nhiều tài nguyên và do đó làm cạn kiệt nguồn tài nguyên thiên nhiên.
Một nguyên nhân khác gây ô nhiễm môi trường chính là việc chuyển giao công nghệ lạc hậu, máy móc thiết bị cũ hoặc đã hết khấu hao, biến các nước nhận đầu tư trở thành “bãi thải công nghệ, máy móc thiết bị”.
Thứ ba, FDI góp phần làm gia tăng khoảng cách thu nhập.
FDI làm tăng khoảng cách giàu nghèo của các nước tiếp nhận đầu tư: Hoạt động FDI làm tăng thu nhập cho địa phương có nhiều doanh nghiệp FDI, tuy nhiên đó chỉ là những vùng, những địa phương có điều kiện thuận
lợi. Bởi vậy, FDI sẽ làm cho những nơi giàu sẽ ngày càng giàu hơn, còn những vùng khó khăn, khó thu hút FDI thì thay đổi một cách chậm chạp. Khoảng cách giữa vùng trọng điểm kinh tế với các vùng khó khăn ngày càng tăng về nhiều chỉ tiêu kinh tế - xã hội.
Vì mục tiêu lợi nhuận, các nhà đầu tư nước ngoài thường chọn đầu tư vào những ngành, lĩnh vực kinh tế, khu vực có nhiều lợi thế so sánh, mang lại hiệu quả đầu tư cao. Điều này tạo ra sự phát triển mất cân đối giữa các ngành, vùng miền và khu vực kinh tế.
Thứ tư, FDI có thể tạo ra sự cạnh tranh lao động và gây ra sự bất ổn xã hội.
Các công ty FDI thường sở hữu công nghệ hiện đại, trình độ tổ chức sản xuất tiên tiến, vốn lớn so với các doanh nghiệp trong nước. Đó chính là những đối thủ cạnh tranh đáng sợ đối với các doanh nghiệp trong nước. Không ít trường hợp hàng hóa và dịch vụ của các công ty đa quốc gia chiếm dần thị trường của các doanh nghiệp bản địa, thậm chí khiến các doanh nghiệp này phá sản hoặc bị thôn tính.
Người lao động làm trong các doanh nghiệp FDI thường đòi hỏi phải có trình độ lao động cao, nếu không đáp ứng được sẽ bị sa thải. Một nguyên nhân khác dẫn đến tình trạng người lao động bị sa thải đó là sự hợp nhất, sát nhập và giải thể của các công ty, tập đoàn kinh tế trên thế giới ngày càng tăng. Mối quan hệ giữa người sử dụng lao động và người lao động cũng là một vấn đề xã hội được nhiều người quan tâm. Các nhà đầu tư nước ngoài đặt mục tiêu lợi nhuận cao đã không thực hiện đúng, đầy đủ các quy định của Luật lao động: về thời gian làm việc và cách đối xử với người lao động, trả lương ... Những việc này có thể gây nên những cuộc đình công không cần thiết và làm mất trật tự an toàn xã hội. Tại Việt Nam đã có nhiều cuộc đình công xảy ra tại các công ty đầu tư của Hàn Quốc và Đài Loan do các ông chủ người nước ngoài ngược đãi người lao động.
Một số vùng bị thu hồi đất để phát triển công nghiệp đã gây ra tình trạng tình trạng thất nghiệp tại chính vùng đó, do lao động địa phương không đủ trình độ đáp ứng yêu cầu tuyển dụng của các nhà đầu tư.