Để tăng sức hấp dẫn các chủ đầu tư nước ngoài, Chính phủ Malaysia không ngừng đưa ra các khuyến khích ưu đãi cho các dự án FDI bằng việc miễn, giảm thuế hoặc bảo hộ thuế quan. Những ưu đãi này được quy định trong các luật thuế thu nhập năm 1967, luật thương mại năm 1972, luật thuế môn bài năm 1976, luật thúc đẩy đầu tư (Promotion of Investment Act - PIA) năm 1986 và các danh mục khuyến khích đầu tư được Bộ Công thương Malaysia (Ministry of International Trade and Industry - MITI) công bố hàng năm. Các khuyến khích đầu tư được thực hiện theo nguyên tắc không hồi tố (không xóa bỏ các ưu đãi đã được công bố trong thời gian quy định) và được áp dụng chung cho tất cả các doanh nghiệp đầu tư trong và ngoài nước ở Malaysia.
Trong giai đoạn 1980 - 1985, Malaysia khuyến khích thu hút FDI vào phát triển các ngành công nghiệp nặng. Chính sách quan trọng trong giai đoạn này là nâng cao tỷ lệ bảo hộ và trợ giúp cho sản phẩm của các ngành công nghiệp như sắt thép, ô tô ... Tuy nhiên, từ năm 1986, Malaysia đã giảm dần tỷ lệ bảo hộ trong nhiều ngành công nghiệp như ngành hóa chất và ngành đồ uống và thuốc lá, song một số ngành như sắt thép, đồ gỗ, thiết bị giao thông thì vẫn còn được bảo hộ cao.
Từ năm 1998, Malaysia cho phép nhà đầu tư nước ngoài sở hữu 100% vốn trong các ngành công nghiệp chế tạo mà không kèm theo bất cứ điều kiện gì, và được áp dụng cho tất cả các dự án đầu tư mới cũng như đầu tư mở rộng được phê chuẩn đến ngày 31/12/2003. Năm 2003, Malaysia chủ trương tiếp tục thực hiện chính sách này mà không giới hạn về thời gian áp dụng. Việc mở cửa tự do đầu tư đối với FDI vào ngành chế tạo đã tạo điều kiện cho doanh nghiệp FDI được cạnh tranh tự do trên thị trường trong nước cũng như chủ động xuất khẩu ra thị trường nước ngoài, giúp các nhà đầu tư nước ngoài yên tâm hơn trong sản xuất và giải tỏa lo lắng về tiêu thụ sản phẩm. Tuy nhiên, trong những ngành có công nghệ thấp như sản xuất bao bì bằng giấy, sản xuất ống tiêm bằng nhựa, mạ kim loại, chế tạo kim loại, nhựa tổng hợp ... thì người nước ngoài vẫn không được sở hữu 100%. Trong lĩnh vực dịch vụ, do tính nhạy cảm cao nên Malaysia thực hiện tự do hóa từng bước thận trọng hơn. Cụ thể, dỡ bỏ hạn chế 30% sở hữu nước ngoài trong ngành viễn thông, môi giới chứng khoán và thay vào đó là cho phép nhà đầu tư nước ngoài được sở hữu 61% cổ phần, sau 5 năm giảm xuống 49%; nhà đầu tư nước ngoài được sở hữu 51% cổ phần trong ngành bảo hiểm.
Từ năm 2000, Malaysia cho phép người nước ngoài và người không phải gốc Mã lai mua cổ phần trong các công ty lớn thuộc tài sản chiến lược quốc gia mà trước đây chỉ dành cho người Mã lai. Người nước ngoài được
mua tới 40% cổ phần của Hãng hàng không Malaysia (Malaysia Airlines - MAS); được mua cổ phần của Tập đoàn sản xuất ô tô Proton; được đầu tư vào các cảng và công ty hàng không; được quản lý một số sân bay; được thuê đường sắt ...
Cũng như Hàn Quốc và Thái Lan, Malaysia nới lỏng quy định về sở hữu bất động sản đối với người nước ngoài, cụ thể: Cho phép người nước ngoài được vay vốn tại các ngân hàng Malaysia để mua bất động sản; nâng mức giá trị bất động sản không phải xin phép ủy ban Đầu tư nước ngoài (Foreign Investment Committee - FIC) từ dưới 5 triệu RM lên dưới 10 triệu RM; công ty và cá nhân bán bất động sản có giá trị dưới 20 triệu RM không phải xin phép mà chỉ cần thông báo cho FIC để lưu hồ sơ; các công ty thành lập tại bất cứ quốc gia nào thuộc thành viên ASEAN nhưng hoạt động tại Malaysia đều được sở hữu văn phòng trị giá trên 25.000 RM (quy định trước đây chỉ được mua bất động sản xây mới).
Cùng với việc mở rộng tự do hóa đầu tư đối với người nước ngoài, Malaysia đã tiến hành sửa đổi một số bộ luật liên quan đến hoạt động FDI theo xu hướng áp dụng bình đẳng, thống nhất đối với mọi nhà đầu tư (trong nước và nước ngoài). Ví dụ, quy định về tịch thu tài sản để thế nợ trong sửa đổi Luật Tịch thu tài sản đã tạo dựng một môi trường chắc chắn đối với quyền sở hữu của các nhà đầu tư; sửa đổi Luật Phá sản nhằm đảm bảo luật hóa việc an toàn đối với người cho vay ... Đặc biệt, Malaysia chú trọng hơn tới tính minh bạch, đề cao việc phòng chống nạn quan liêu, tham nhũng để đảm bảo việc thực thi chính sách được tốt nhất.
Cùng với việc mở rộng tự do hóa đầu tư, nhất là nới lỏng tỷ lệ sở hữu toàn bộ khu vực chế tạo, cột trụ của nền kinh tế, Malaysia nỗ lực tạo môi trường đầu tư thuận lợi, nâng cao năng lực cạnh tranh trong việc tìm kiếm FDI. Dominic Armstrong, nhà nghiên cứu của Công ty ABM Amro,
Singapore đã nhận xét "Cùng với rủi ro chính trị giảm xuống rõ rệt, tính minh bạch tăng lên đáng kể, hiện nay, Hàn Quốc và Malaysia đã trở thành thị trường được điều tiết tốt nhất và minh bạch nhất Châu Á". [45, tr.156]
Trong những năm gần đây, Malaysia có nhiều ưu đãi đối với các dự án có vốn đầu tư lớn, công nghệ hiện đại và đầu tư vào phát triển cơ sở hạ tầng. Bởi những dự án này thường có thời hạn thu hồi vốn chậm và công nghệ nhanh bị hao mòn vô hình. Những dự án công nghệ cao được miễn thuế thu nhập và giảm thuế đầu tư, nhưng các dự án này phải đạt các tiêu chuẩn nhất định như có tỷ lệ chi phí tại địa phương cho các hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D) chiếm ít nhất 1% của tổng doanh số bán và đào tạo được số cán bộ khoa học kỹ thuật chiếm 7% trong tổng số việc làm của dự án. Những ưu đãi này nhằm khuyến khích các dự án tăng cường chi phí nghiên cứu và đào tạo tại Malaysia.
Để khuyến khích phát triển nguồn nhân lực, các dự án thành lập trường đào tạo kỹ thuật cũng được giảm tối đa thuế đầu tư, đồng thời được miễn thuế nhập khẩu các máy móc thiết bị, nguyên vật liệu dùng cho đào tạo. Giảm thuế xây dựng trong giai đoạn đầu đối với các cơ sở đào tạo, hơn nữa còn được trợ giúp từ quỹ phát triển nguồn nhân lực (Human Resource Development Fund - HRDF) của Chính phủ Malaysia. Các sản phẩm xuất khẩu còn được hưởng ưu đãi mua bảo hiểm xuất khẩu và các chi phí xúc tiến xuất khẩu như quảng cáo, triển lãm, xây dựng kho bãi, marketing ... Mặt khác, nhằm khuyến khích hơn nữa FDI vào các khu công nghệ cao và tăng sức hấp dẫn cho các nhà đầu tư nước ngoài trước tác động của cuộc khủng hoảng tài chính khu vực, gần đây Chính phủ Malaysia đã công bố giảm thuế chuyển lợi nhuận về nước của các chủ đầu tư nước ngoài.
Qua các chính sách ưu đãi đầu tư cho thấy Malaysia rất khuyến khích các dự án đầu tư lớn, công nghệ cao và hướng vào xuất khẩu.