Bảo hiểm xã hội (BHXH) tỉnh Khánh Hoà đƣợc thành lập ngày 15/7/1995 theo Quyết định số 21 - QĐ/TC - CB ngày 15/7/1995 về việc thành lập Bảo hiểm xã hội Khánh Hòa của Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
Thực hiện chức năng quản lý quỹ BHXH, tổ chức thu, chi các chế độ chính sách bảo hiểm xã hội trên địa bàn tỉnh Khánh Hoà.
Đến năm 2003, thực hiện Quyết định của Thủ tƣớng Chính phủ về việc chuyển giao ngành Bảo hiểm y tế Việt Nam vào ngành Bảo hiểm xã hội Việt Nam, Bảo hiểm xã hội Khánh Hòa thực hiện cơ cấu tổ chức và chức năng nhiệm vụ mới theo Quyết định số 1620/2002/QĐ-BHXH-TCCB ngày 17/12/2002 của Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội địa phƣơng.
Trong bối cảnh tình hình kinh tế xã hội của đất nƣớc có sự phát triển mạnh mẽ, vấn đề xây dựng hệ thống an sinh xã hội cần phải đƣợc tổ chức lại cho phù hợp với thực tiễn đáp ứng đƣợc yêu cầu của nhân dân cũng nhƣ thực hiện tốt chủ trƣơng định hƣớng của Đảng và Nhà nƣớc về vấn đề an sinh xã hội trong tình hình mới. Chính phủ đã ban hành Nghị định 94/2008/NĐ-CP ngày 22/8/2008 về việc quy định cơ cấu tổ chức, chức năng nhiệm vụ của BHXH Việt Nam.
Theo đó, Bảo hiểm xã hội tỉnh Khánh Hòa đƣợc tổ chức và hoạt động cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ mới và mở rộng hơn theo Quyết định
4857/QĐ-BHXH ngày 21/10/2008 của Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của BHXH địa phƣơng.