Trong lĩnh vực thơng mại, sự hiện diện của các hàng rào thơng mại trong những năm 1998-1999 có mức độ hạn chế cao đã gây ra những thiệt hại khá lớn cho nền kinh tế Việt Nam. Các ngành đợc bảo hộ hầu hết là các ngành thay thế nhập khẩu, với các đặc trng là vốn đầu t rất lớn, thời gian hoàn vốn dài, sử dụng nhiều
ngoại tệ mạnh vay của nớc ngoài nhng khả năng trả nợ lại thấp, và tạo ra ít việc làm.
Trong các năm 1999 và 2000, Chính phủ đã ban hành một số biện pháp chính sách thơng mại mới theo hớng tự do hoá, điển hình là việc ký Hiệp định thơng mại Việt Mỹ, công bố lịch trình bãi bỏ các NTB đối với 19 nhóm mặt hàng theo Chơng trình Miyazawwa và đã thực hiện bãi bỏ NTB đối với gần một nửa số nhóm mặt hàng này. Để góp phần khắc phục những bất hợp lý của chính sách bảo hộ nh trình bầy ở trên và tăng cờng khả năng cạnh tranh của nền kinh tế, cải cách thơng mại trong chơng trình PRGF và PRSC đợc xây dựng trên cơ sở các cam kết trên và đợc cụ thể hoá và bổ sung thêm thành các biện pháp chính sách chủ yếu sau:
Tiếp tục giảm hạn chế định lợng và thuế quan bằng các biện pháp: (i) Bỏ các hạn chế định lợng, đồng thời thực hiện thuế hoá tơng ứng theo giai đoạn, trên cơ sở đa phơng đối với 06 nhóm mặt hàng ( xi măng-ckinker, các chủng loại thép còn lại, giấy, kính xây dựng, dầu thực vật và gạch ốp lát ceramic và granit), để đến đầu năm 2003, chỉ còn 05 loại sản phẩm (ô tô, xe máy, đờng, các sản phẩm dầu mỏ, rợu) chịu sự quản lý bằng giấy phép nhập khẩu; (ii) Giảm thuế theo lộ trình AFTA phần lớn số dòng thuế của các sản phẩm tham gia lộ trình AFTA xuống mức thuế 20% vào trớc đầu năm 2003 và tiếp tục xuống 0-5% trớc đầu năm 2006.
Tự do hoá hơn nữa quyền xuất khẩu với cả các doanh nghiệp trong nớc và các doanh nghiệp đầu t nóc ngoài bằng cách:(i) Tiếp tục tự do hoá thị trờng xuất khẩu gạo; (ii) tăng tỷ trọng hạn nghạch đợc đa ra đấu thầu đối với hàng xuất khẩu may mặc sang Châu Âu ; (iii) cải tiến quy trình đấu thầu hạn nghạch xuất khẩu.