Bên cạnh những thành tựu đã đạt đƣợc thì ngành khai thác thủy sản vẫn còn tồn tại nhiều vấn đề bất cập cần phải có giải pháp khắc phục. Những vấn đề tồn tại trong ngành khai thác thủy sản của tỉnh Khánh Hòa là:
- Cơ cấu tàu thuyền khai thác chƣa hợp lý, số tàu thuyền công suất nhỏ hơn 20CV tăng quá nhanh gây áp lực lớn lên trữ lƣợng nguồn lợi thủy sản ven bờ do đó cần có chính sách xắp xếp lại cơ cấu tàu thuyền khai thác trong tỉnh cho phù hợp.
- Cƣờng độ đánh bắt thủy sản ở vùng vịnh, gần bờ quá lớn dẫn tới cạn kiệt nguồn lợi trong khi việc đầu tƣ đánh bắt xa bờ còn chƣa đáp ứng đƣợc tiềm năng do nguồn vốn từ nhà nƣớc ít, nguồn vốn trong dân hạn hẹp mà việc vay vốn tín dụng lại gặp rất nhiều khó khăn do cơ chế cũng nhƣ tín chấp không đảm bảo.
- Các nghề có khả năng khai thác xa bờ của tỉnh Khánh Hòa phát triển còn chậm, trang thiết bị trên tàu còn thô sơ chƣa đáp ứng đƣợc việc khai thác thủy sản xa bờ, số tàu thuyền khai thác thủy sản xa bờ so với các tỉnh khác là không nhiều trong khi đó ngƣ trƣờng tại Khánh Hòa thuận lợi để phát triển nghề khai thác xa bờ do đó cần phải có giải pháp để thúc đẩy ngành khai thác xa bờ phát triển hơn nữa.
- Việc ứng dụng khoa học công nghệ trong khai thác thủy sản còn chậm; chất lƣợng nguồn lao động tham gia khai thác thủy sản không cao, ngƣ dân ít đƣợc học hành, trình độ văn hóa có tới 90% chƣa phổ cập chƣơng trình giáo dục cơ sở.