- Sở Thủy sản Khánh Hòa (nay là Sở NN&PTNT) đƣợc thành lập sau ngày giải phóng Miền Nam thống nhất đất nƣớc. Đến năm 1976, tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa xáp nhập thành tỉnh Phú Khánh và Sở Thủy sản thành Sở Thủy sản Phú Khánh. Văn phòng Sở đƣợc đặt tại Nha Trang quản lý nghề cá biển từ Cam Ranh đến Sông Cầu với hệ thống tổ chức và cơ sở sản xuất kinh doanh nhƣ sau:
+ Cơ quan văn phòng Sở với tổng biên chế 120 ngƣời, 10 phòng ban và một trƣờng công nhân kỹ thuật.
+ Các đơn vị sản xuất gồm có: Công ty Thủy sản Khánh Hòa, Xí nghiệp Đông lạnh Nha Trang, Công ty Vật tƣ thủy sản, Đơn vị xây dựng công trình thủy sản, Công ty nƣớc đá thủy sản, Xí nghiệp Khai thác thủy sản Phú Khánh.
+ Hệ thống bến cá lớn bé gồm 13 cơ sở từ Cam Ranh đến Sông Cầu. Ở huyện có các phòng hải sản huyện với biên chế 4 – 8 ngƣời. Sở thủy sản ở thời kỳ này trực tiếp điều hành sản xuất kinh doanh, phân phối sản xuất vật tƣ bao cấp đến tận cơ sở theo chỉ tiêu kế hoạch.
- Đến năm 1982 có chủ trƣơng phân phối cho huyện thành lập công ty thủy sản huyện chuyển giao các bến cá nhỏ cho huyện. Đến năm 1983 thì tất cả các bến cá đƣợc quản lý trực tiếp bởi các công ty thủy sản huyện. Trong năm này cơ quan sở còn khoảng 60 ngƣời và 8 phòng ban. Nhập công ty nƣớc đá vào công ty vật tƣ thủy sản. Đến năm 1986 giảm biên chế xuống còn 40 ngƣời với 6 phòng ban.
- Vào năm 1989, Phú Khánh chia thành hai tỉnh là Khánh Hòa và Phú Yên, Sở Thủy sản lúc này là Sở Thủy sản Khánh Hòa trực tiếp quản lý từ Cam Ranh đến Vạn Ninh. Cơ quan sở có 22 ngƣời, chức năng sản xuất kinh doanh của ngành dần dần đƣợc giao cho các đơn vị sản xuất kinh doanh, xong Dở Thủy sản vẫn là đơn vị cân đối theo kế hoạch.
- Năm 1991 Sở tiếp tục giao quyền cho các đơn vị sản xuất kinh doanh và thực hiện giảm biên chế nên lúc này Sở thủy sản lúc này chỉ còn 18 biên chế với 5 phòng ban. Ở các huyện không có phòng thủy sản mà nhập vào phòng nông nghiệp.
- Năm 1993 các công ty thủy sản huyện đƣợc giao cho tỉnh quản lý, đến lúc này cơ quan sở còn 4 phòng ban với biên chế là 17 ngƣời. Các đơn vị sản xuất kinh doanh gồm có: Công ty thủy sản Khánh Hòa, Xí nghiệp đông lạnh Nha Trang, Xí nghiệp khai thác và dịch vụ thủy sản Khánh Hòa, Công ty thủy sản Cam Ranh, Công ty thiết bị vật tƣ thủy sản Khánh Hòa, Công ty thủy sản Ninh Hòa. Các đơn vị sự nghiệp: Chi cục bảo vệ nguồn lợi, Trung tâm khuyến ngƣ Khánh Hòa. Trong giai đoạn này Sở dần chuyển sang quản lý nhà nƣớc và giao quyền tự chủ cho các đơn vị. Trong hai năm 1996 -1997 do làm ăn kém hiệu quả dẫn đến 4 đơn vị phải giải thể đó là: Xí nghiệp nuôi trồng thủy sản, Công ty thủy sản Ninh Hòa, Công ty thiết bị vật tƣ thủy sản Khánh Hòa, Công ty thủy sản Khánh Hòa.
- Từ năm 1999 - 2001 cơ quan sở còn 4 phòng ban với biên chế 10 ngƣời. Năm 2001 Sở tăng biên chế lên 15 ngƣời. Sở quản lý hai đơn vị hành chính sự nghiệp là chi cục bảo vệ nguồn lợi thủy sản và trung tâm khuyến ngƣ, ngoài ra sở còn quản lý thêm 3 doanh nghiệp nhà nƣớc là: Công ty chế biến thủy sản xuất khẩu Nha Trang, Xí nghiệp khai thác và dịch vụ thủy sản Khánh Hòa, Công ty quản lý cảng cá Khánh Hòa.
- Đến ngày 28/03/2008 Sở Thủy sản hợp nhất với Sở NN&PTNT thành Sở NN&PTNT tỉnh Khánh Hòa có trụ sở đặt tại khu liên cơ 2 Phan Chu Trinh thành phố Nha Trang, Sở hiện có 80 biên chế, 7 phòng ban chuyên môn, 8 Chi cục trực thuộc và 10 đơn vị sự nghiệp.