Ngành thủy sản Việt Nam ra đời từ rất lâu và trải qua nhiều giai đoạn phát triển, trong đó có thể chia thành 3 thời kỳ nhƣ sau:
a) Trƣớc 1954:
Do điều kiện lịch sử xã hội, là một nƣớc thuộc địa nửa phong kiến, trình độ nền kinh tế nói chung và ngành thủy sản nói riêng lạc hậu, bên cạnh đó chính quyền thực dân phong kiến không quan tâm đến phát triển nghề cá nên nghề cá không có vai trò quan trọng trong nền kinh tế quốc dân và không phải là ngành sản xuất độc lập. Số ngƣời sống bằng nghề biển rất ít, chỉ gói gọn trong phạm vi kinh tế gia đình tự cung, tự cấp, công cụ khai thác và chế biến thô sơ, lạc hậu.
b) Từ 1954 – 1975: Nền kinh tế Việt Nam phát triển theo 2 hƣớng:
- Miền Bắc: đi vào xây dựng và phát triển theo con đƣờng Xã Hội Chủ Nghĩa. Kinh tế Thủy sản bắt đầu đƣợc đánh giá đúng với vai trò của nó. Tuy nhiên ở thời kỳ đầu nghề cá vẫn chƣa thành ngành sản xuất độc lập mà còn là một bộ phận của ngành nông nghiệp, cơ quan quản lý nhà nƣớc lúc này là Vụ Nông-Lâm-Ngƣ thuộc Bộ Nông Lâm.
+ Tháng 4 năm 1960, Bộ Nông Lâm đƣợc sắp xếp lại, chia thành 4 tổ chức mới là Bộ Nông nghiệp, Bộ Nông trƣờng quốc doanh, Tổng cục Lâm nghiệp và Tổng cục Thủy sản. Ngày 5 tháng 10 năm 1961, Chính phủ nƣớc Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa ban hành nghị định 150 CP quy định nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Tổng cục Thủy sản. Đây là thời điểm ra đời của ngành thủy sản Việt Nam nhƣ một chính thể ngành kinh tế - kỹ thuật của đất nƣớc, phát triển một cách toàn diện về khai thác, nuôi trồng, hậu cần dịch vụ, chế biến, nghiên cứu khao học và mở rộng hợp tác quốc tế để phát triển.
+ Vào cuối năm 1959 đầu năm 1960, Khoa Thủy sản trƣờng Đại học Nông nghiệp I thành lập để đào tạo cán bộ khoa học kỹ thuật cho ngành.
+ Đối với khu vực nghề cá nhân dân ( bao gồm hợp tác xã, cá thể, hộ gia đình). Nhà nƣớc tăng cƣờng đầu tƣ trang bị kỹ thuật đƣa ngƣ dân các vùng ven bờ và hải đảo vào làm ăn tập thể. Năm 1958, các Hợp tác xã nghề cá bắt đầu đƣợc thí điểm xây dựng. Năm 1960, có 78 vạn lao động, 75% thuyền đánh cá thủ công ở miền Bắc tham gia vào hợp tác xã. Đến năm 1975, toàn miền Bắc có 3% dân số sống bằng nghề biển.
+ Nghề cá quốc doanh đƣợc Nhà nƣớc tăng cƣờng chú ý đầu tƣ phát triển với sự giúp đỡ của các nƣớc trong hệ thống XHCN. Cụ thể vào năm 1956 Cộng hòa dân chủ Đức giúp ta 1 tàu 90-135 CV. Năm 1958, Liên Xô và Bungari giúp xây dựng một nhà máy nƣớc đá và nhà máy cá hộp Hạ Long ở Hải Phòng, trong đó có đoàn tàu đánh mà lực lƣợng chủ lực là Đội tàu cá Việt Đức. Đây chính là cơ sở sản xuất theo kiểu công nghiệp đầu tiên trong nghề cá miền Bắc và là nơi đào luyện nhiều thế hệ cán bộ, công nhân cho nghề cá thời kỳ đó.
+ Vào ngày 1 /4 /1959, mặc dù bận rộn với muôn vàn công việc, Chủ tịch Hồ Chí Minh vẫn dành thời gian đi thăm các làng cá và bà con ngƣ dân ở các đảo Tuần Châu, Cát Bà,…tại đây, Ngƣời đã dạy: “ Biển bạc của ta do nhân dân ta làm chủ”. Để ghi nhớ sự kiện lịch sử này, ngày 1 tháng 4 hằng năm đã đƣợc những ngƣời làm nghề cá nƣớc ta chọn làm Ngày Hội truyền thống của ngành thủy sản, là ngày phát động ra quân khai thác vụ Nam và mở đầu thời vụ nuôi cá trong năm. Ngày 18/3/1995, Thủ tƣớng Chính phủ đã ra quyết định chính thức về việc tổ chức ngày hội truyền thống của ngành thủy sản vào ngày một tháng tƣ hằng năm.
- Miền Nam: Ngành hải sản ở giai đoạn đầu chƣa đƣợc phát triển và sản xuất chủ yếu nằm trong khuôn khổ kinh tế gia đình, cơ quan ngƣ nghiệp ( Nha Ngƣ nghiệp) của chính quyền Sài Gòn cũ thành lập 1952 thuộc Bộ Công chánh. Năm 1957, Nha Ngƣ nghiệp Sài Gòn có 2 cơ sở là Hải Ngƣ nghiệp và Ngƣ nghiệp lục địa, sau đó thêm 2 cơ sở là Kinh tế ngƣ nghiệp và Kỹ nghệ ngƣ nghiệp.
c) Từ 1975 đến nay:
- Từ 1975- 1980: Thời kỳ này cả nƣớc đã đƣợc thống nhất, miền Bắc tiếp tục hoàn thiện quan hệ sản xuất nghề cá, miền Nam đi vào cải tạo và xây dựng quan hệ sản xuất XHCN. Trong thời gian này một sự kiện quan trọng đánh dấu Ngành Thủy sản đƣợc khẳng định là một ngành sản xuất độc lập đó là năm 1976 Bộ Hải sản đƣợc
chính thức thành lập. Tuy nhiên do ảnh hƣởng của cơ chế tập trung quan liêu bao cấp nên trong thời kỳ này sản lƣợng khai thác và giá trị xuất khẩu liên tục giảm.
- Từ năm 1981 – 1985: Ngành Thủy sản bắt đầu phục hồi và phát triển. Bằng việc thực hiện một loạt các cơ chế và chính sách mới trong đó có cơ chế “ tự cân đối – tự trang trải” đã chặn đƣợc đà sa sút và tạo điều kiện phát triển ngành một cách vững chắc. Cũng trong thời kỳ này vào tháng 8/1981 Bộ Hải sản đƣợc sắp xếp lại và đổi tên thành Bộ Thủy sản.
- Từ năm 1986 đến nay: Nhịp độ phát triển sản xuất của ngành tăng đều, sản lƣợng khai thác tiếp tục tăng lên và ngành thủy sản nhanh chóng trở thành ngành mũi nhọn, kim ngạch xuất khẩu tăng lên không ngừng đến năm 1989 giá trị xuất khẩu đã tăng đến 20 lần so với những năm 1980, trong đó tôm trở thành mặt hàng xuất khẩu chủ yếu và cơ chế “ tự cân đối – tự trang trải” của Seaprodex đã khẳng định đƣợc tính đúng đắn và năng động của nó tháo gỡ đƣợc một số vƣớng mắc trong sản xuất thủy sản. Tuy nhiên chính sách hợp tác hóa và cải tạo quan hệ sản xuất nghề cá thì thực hiện không có hiệu quả dẫn đến số hợp tác xã nghề cá giảm nghiêm trọng đến năm 1989 thì số lƣợng hợp tác xã chỉ còn 12 – 15% so với năm 1980. Từ năm 1986 đến nay, các công ty quốc doanh thủy sản đã chuyển sang hoạt động kinh doanh đa ngành và quan hệ với nƣớc ngoài thì chuyển sang hƣớng đầu tƣ hợp tác liên doanh đôi bên cùng có lợi. Trong thời kỳ này có một loạt các xí nghiệp liên doanh với nƣớc ngoài ra đời nhƣ: Liên doanh thủy sản Việt – Nga, Liên doanh VATECH giữa Viêt Nam và Öc…
- Công nghiệp khai thác thủy sản đã có bƣớc tiến đáng kể. Từ việc trang bị tàu thuyền, nghề nghiệp chạy theo sản lƣợng khai thác chủ yếu phục vụ cho nhu cầu trong nƣớc thì nay đã chuyển dần sang trang bị tàu thuyền và nghề nghiệp phù hợp với yêu cầu khai thác xuất khẩu. Đến năm 1991 cả nƣớc có 44.000 thuyền máy với tổng công suất khoảng 760.000CV so với năm 1983 thì tăng 1,77 lần về số lƣợng và 1,6 lần về công suất.
- Ngày 31 tháng 7 năm 2007, Quốc hội khoá XII đã thông qua Nghị quyết về cơ cấu Chính phủ nhiệm kỳ khoá XII, trong đó Quốc hội đã thông qua việc hợp nhất Bộ Thuỷ sản vào Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.