- Công tác quy hoạch cán bộ: Tiêu chuẩn giáo viên trong diện quy hoạch đôi khi chưa cụ thể, đặc biệt là Quyết định số 747/QĐ-TU, ngày 02/7/2012 của Ban thường vụ Tỉnh ủy Phú Thọ ban hành Quy chế bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, giới thiệu ứng cử, tái cử, từ chức, miễn nhiệm, thôi giữ chức, luân chuyển các chức danh trưởng phịng, phó trưởng phịng và tương đương, thủ trưởng, phó thủ trưởng đơn vị sự nghiệp trực thuộc ở các cơ quan đảng, nhà nước, MTTQ, đoàn thể cấp tỉnh, cấp huyện và các chức danh lãnh đạo chủ chốt cấp xã chưa phù hợp với lĩnh vực giáo dục ở các trường học, do đó dẫn đến tình trạng thiếu nguồn CBQL ở một số nơi. Đến ngày 24 tháng 4 năm 2015 Ban Thường vụ Tỉnh ủy ban hành Quyết định số 2518-QĐ/TU điều chỉnh bổ sung một số điều của Quyết định số 747- QĐ/TU ngày 02/7/2012. Số lượng giáo viên không đủ điều kiện trong diện quy hoạch, gây khó khăn cho cơng tác bồi dưỡng đội ngũ kế cận đội ngũ CBQL.
- Công tác tuyển chọn, bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, luân chuyển, bãi miễn: Còn một số trường hợp bổ nhiệm lại chưa đạt tiêu chuẩn, công tác luân chuyển chưa thực hiện triệt để, nhiều người làm CBQL ở một trường quá 2 nhiệm kỳ.
- Công tác đào tạo, bồi dưỡng: Do điều kiện kinh phí cịn hạn hẹp, ngân sách giao cho hoạt động ở các trường q ít, khơng có ngân sách riêng cho công tác đào tạo, bồi dưỡng ở các đơn vị. Những CBQL tuổi cao ngại đi đào tạo, bồi dưỡng, nhiều giáo viên trong diện quy hoạch khơng muốn đi vì sợ đi về có làm CBQL hay khơng? CBQL, giáo viên đi đào tạo, bồi dưỡng sẽ ảnh hưởng đến công tác ở trường do thiếu giáo viên. Trình độ ngoại ngữ, tin học của đội ngũ CBQL các trường tiểu
học cịn hạn chế. Chính vì vậy CBQL các trường tiểu học chưa mạnh dạn tham gia học các lớp nâng cao học quản lý giáo dục.
- Công tác kiểm tra, đánh giá: Đánh giá xếp loại CBQL các trường tiểu học theo chuẩn hiệu trưởng và đánh giá xếp loại theo Nghị định 56/2015 của Chính phủ thì việc đánh giá xếp loại Hiệu trưởng, Phó hiệu trưởng chưa bám sát vào văn bản, tiêu chuẩn quy định; việc đánh giá còn nể nang, chưa chỉ ra những hạn chế, tồn tại, dẫn đến những hạn chế của đội ngũ CBQL còn kéo dài, chưa giải quyết triệt để.
- Chưa huy động được các nguồn lực, vật chất để thực hiện các chính sách đãi ngộ với đội ngũ CBQL. Điều kiện về CSVC và phương tiện làm việc của đội ngũ CBQL chưa được đầu tư theo hướng hiện đại, các nhà trường chưa được tự chủ về kinh phí và đội ngũ giáo viên, nhân viên nhà trường.