Tổ chức hạch toán kế toán trong doanh nghiệp trong điều kiện thực hiện cơ chế thị trường, ngoài việc tuân thủ các nguyên tắc chung của khoa học tổ chức, còn phải gắn với đặc thù của hạch toán kế toán vừa là môn khoa học, vừa là nghệ thuật ứng dụng để việc tổ chức đảm bảo được tính linh hoạt, hiệu quả và đồng bộ nhằm đạt tới mục tiêu chung là tăng cường được hiệu quả sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Để thực hiện được hết vai trò của mình thì nhiệm vụ của tổ chức hạch toán kế toán được chia ra ở tầm vĩ mô và ở cụ thể trong các doanh nghiệp như sau:
Thứ nhất ở tầm vĩ mô thì tổ chức hạch toán cung cấp thông tin cho việc xây dựng ban hành các chế độ văn bản pháp lý về kế toán.
Thứ hai ở các doanh nghiệp thì nhiệm vụ tổ chức hạch toán kế toán là tổ chức bộ máy kế toán và tổ chức vận dụng các chế độ kế toán phù hợp với điều kiện cụ thể của doanh nghiệp.
Tổ chức bộ máy kế toán là việc thực hiện phân công lao động kế toán hợp lý để thu thập, xử lý và cung cấp thông tin hữu ích có chất lượng, đáp ứng yêu cầu quản lý đối tượng hạch toán kế toán.
Tổ chức vận dụng các chế độ kế toán phù hợp với điều kiện cụ thể của doanh nghiệp đó là nghiên cứu những nguyên tắc, điều kiện tiền đề kỹ thuật tổ chức vận dụng chế độ chung cho các doanh nghiệp. Lựa chọn những hình thức tổ chức hạch toán kế toán phù hợp. thiết kế một cách khoa học, hợp lý khối lượng công tác kế toán
trên hệ thống chứng từ, sổ kế toán, tài khoản kế toán theo đúng quy trình hạch toán kế toán. Xây dựng mô hình tổ chức bộ máy kế toán phù hợp và mô hình tổ chức bộ máy quản lý.