Hàng năm cùng với công tác thẩm định quyết toán NS, việc kiểm tra tình hình chấp hành dự tốn NS của các đơn vị, địa phƣơng thuộc cấp huyện đƣợc tiến hành mỗi năm một lần do cơ quan tài chính đảm nhận. Ngồi ra cơ quan Thanh tra nhà nƣớc cấp huyện cũng tiến hành thanh tra tình hình quản lý, sử dụng NS của các đơn vị thụ hƣởng NS theo hình thức vụ việc hoặc chọn mẫu. Cơng tác kiểm sốt chi NS đƣợc thực hiện thƣờng xuyên qua hệ thống Kho bạc Nhà nƣớc cấp huyện. Việc thanh kiểm tra của cơ quan thanh tra tài chính cấp trên đƣợc thực hiện 2 năm một lần và của cơ quan kiểm tốn nhà nƣớc là 2 năm một lần. Cơng tác này đƣợc huyện Sơn Hà hết sức quan tâm. Hàng năm cơ quan Tài chính - Kế hoạch huyện tiến hành thẩm định quyết toán NS của các đơn vị dự tốn, các xã và tiến hành đồng thời cơng tác kiểm tra tình hình quản lý, sử dụng tài sản công. Kịp thời chấn chỉnh và kiến nghị xuất toán đối với các trƣờng hợp vi phạm nguyên tắc quản lý tài chính. Cơ quan Thanh tra Nhà nƣớc cấp huyện cũng định kỳ thanh tra tình hình thực hiện NS tại một số đơn vị điển hình. Vì vậy trong giai đoạn 2013 - 2017 công tác thanh tra,
kiểm tra đã xử lý thu hồi nộp NS các khoản thanh tốn khơng đúng quy định với số tiền là 460.377.405 đồng; Giảm trừ thanh quyết tốn của 21 cơng trình xây dựng cơ sở hạ tầng với số tiền là 898.156.207 đồng. Chi cục Thuế huyện phối hợp cùng với các ngành chức năng của huyện quan tâm chỉ đạo giám sát công tác thu trên địa bàn, kiểm tra quản lý sổ bộ, kịp thời điều chỉnh bổ sung các đối tƣợng nộp thuế, hạn chế thất thu thuế. Kiểm tra doanh thu và chế độ sử dụng hoá đơn đối với các hộ kinh doanh trên địa bàn, phát hiện các hộ kinh doanh có doanh thu cao hơn doanh thu thuế, tiến hành điều chỉnh doanh thu, tăng thu thuế cho NSNN. Việc uỷ nhiệm thu thuế cho các xã, thị trấn và các đơn vị sự nghiệp cũng là một biện pháp tích cực góp phần tăng thu cho NSNN. Ngành Tài chính (bao gồm các cơ quan Tài chính, Thuế, Kho bạc ) đã tập trung thực hiện công tác cải cách hành chính: thực hiện cơ chế "một cửa", hồn thiện các quy trình mở tờ khai, kiểm hóa, nộp thuế theo quy trình quản lý thuế, quy trình tự kê khai, tự nộp thuế, quy trình xử lý kinh phí đột xuất và kiểm soát chi, thẩm định giá, đền bù giải phóng mặt bằng theo hƣớng cơng khai, minh bạch, gọn nhẹ. Qua công tác này đã nâng cao ý thức trách nhiệm, thái độ phục vụ của cán bộ, công chức; tạo điều kiện thuận lợi cao nhất cho các cơ quan, đơn vị và công dân.
Cơng tác kiểm sốt chi của Kho bạc Nhà nƣớc trong những năm gần đây khi thực hiện thanh toán qua hệ thống Kho bạc đã phát huy tác dụng. Nhiều nội dung chi không đúng chế độ, sai nguyên tắc tài chính đã đƣợc phát hiện kịp thời trƣớc khi hành tự qua NS. Hạn chế rất nhiều sai sót trong hạch tốn kế tốn NSNN, giảm tải cho cơng tác thẩm định quyết tốn NS của cơ quan Tài chính cũng nhƣ cơng tác thanh tra, kiểm tốn.
Tuy nhiên, bên cạnh đó, cịn tồn tại nhiều bất cấp trong công tác thanh, kiểm tra. Công tác thanh, kiểm tra của các đơn vị chuyên ngành thuộc huyện chƣa thực sự chuyên sâu, chất lƣợng các cuộc thanh, kiểm tra còn thấp, chƣa đạt hiệu quả nhƣ mong muốn. Đối với các cơ quan quản lý cấp trên thực hiện các cuộc kiểm tra đơi lúc cịn chồng chéo gây khó khăn, mệt mỏi cho các đơn vị đƣợc kiểm tra.