Hoàn thiện tổ chức quản lý chi ĐTPT từ NSĐP ở cấp tỉnh tại Kon Tum cần tập trung vào hai vấn đề lớn: hoàn thiện cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của từng cơ quan hữu quan; tiếp tục phân cấp quản lý chi ĐTPT ở địa phương. Cụ thể trên các mặt như sau:
Một là, hoàn thiện cơ cấu tổ chức và chức năng, nhiệm vụ tại UBND, HĐND và các sở, ngành.
Rà lại chức năng quản lý chi ĐTPT từ NSĐP của ba hệ thống cơ quan: Kế hoạch đầu tư, Tài chính, KBNN để phân định chức năng rõ ràng hơn. Kế hoạch đầu tư và Tài chính là hai cơ quan chuyên môn ở cấp huyện đã sát nhập vào nhau. Ở tỉnh vẫn tồn tại nhưng cần xác định cụ thể để tránh trùng lặp, chồng chéo và bỏ sót, chẳng hạn như các kế hoạch định hướng và dài hạn (dễ bị bỏ sót), các phân bổ cụ thể (dễ bị trùng lặp)… Trên cơ sở đó, mỗi cơ quan cần có hệ thống phịng ban phù hợp để quản lý, khơng nên giao cho nhiều phòng quản lý theo dõi chi ĐTPT vì như vậy sẽ làm hạn chế đến tính liên tục và hệ thống trong công việc. Và một việc quan trọng cần hồn thiện là các phịng quản lý theo dõi cơng việc này cần có một cơ cấu cán bộ hợp lý, phù hợp với nhiệm vụ được giao. Ngoài cán bộ trụ cột (lực lượng chính là cán bộ kinh tế, tài chính) cần có một số kỹ sư cơng trình để thực hiện các cơng việc thẩm tra, đánh giá, tổng hợp những chi tiêu kinh tế kỹ thuật, môi trường… của dự án cơng trình và góp phần tham mưu một cách tổng hợp nhất cho lãnh đạo quyết định các vấn đề không đơn thuần về kinh tế mà yêu cầu đặt ra.
Hai là, hoàn thiện chế độ phân cấp quản lý chi ĐTPT từ NSĐP.
Trên cơ sở phân cấp quản lý theo Luật NSNN 2002 và pháp luật, chính sách khác, cần triển khai phân cấp mạnh và phân công hợp lý trong quản lý chi ĐTPT: tỉnh phân cấp cho huyện, huyện phân cấp cho xã; bảo đảm tính tự chủ và nâng cao năng lực sáng tạo cấp dưới; cấp nào đảm nhiệm vai trị cấp đó, tỉnh khơng làm thay các công việc của huyện, huyện không làm thay công việc của xã. Việc phân cấp chú ý các yêu cầu quan trọng đó là: Phân cấp phải
đồng bộ với bộ máy. Trước hết, UBND cần thực hiện phân cấp cho cấp dưới. Theo đó, cơ quan Kế hoạch đầu tư, Tài chính và KBNN triển khai ra cấp dưới của mình. Hoặc ngân sách cấp tỉnh, CĐT cấp huyện, hệ thống KBNN có thể phân nhiệm bằng phương pháp uỷ quyền cho KBNN cấp dưới thực hiện sự phân công hợp lý tạo điều kiện cho CĐT (ban quản lý dự án) triển khai thuận lợi. Việc phân cấp phải đi với phân quyền và phân tiền để có điều kiện thực hiện các cơng việc một cách chủ động (tránh các hiện tượng can thiệp hành chính hoặc phi hành chính quá mức làm ảnh hưởng đến nhiệm vụ phân cấp). Bên cạnh đó phân cấp phải chú ý đến nâng cao trình độ, tập huấn hướng dẫn cấp dưới và tăng cường kiểm tra, chỉ đạo… Đây là những điều kiện rất quan trọng mới có thể quản lý hiệu quả chi ĐTPT.