Đối với việc xử lý và bán TSBĐ của các khoản nợ xấu được mua bằng trái phiếu đặc biệt, trước khi thực hiện việc xử lý TSBĐ, VAMC phải thống nhất với NHTM về giá bán TSBĐ (trong trường hợp bán thỏa thuận) hoặc giá khởi điểm để bán (trong trường hợp bán đấu giá) hoặc giá trị TSBĐ (trong trường hợp nhận TSBĐ để cấn trừ nợ). Trường hợp VAMC không thống nhất được với NHTM các nội dung này thì việc bán tài sản sẽ được tổ chức theo phương thức bán đấu giá qua tổ chức bán đấu giá chuyện nghiệp hoặc VAMC thực hiện40
.
Đối với việc xử lý số tiền thu hồi nợ được từ khoản nợ xấu mua bằng trái phiếu đặc biệt, trường hợp NHTM khơng có khoản vay tái cấp vốn thì sau khi phát sinh số tiền thu hồi nợ, VAMC sẽ gửi số tiền thu hồi nợ tại NHTM bán nợ dưới hình thức tiền gửi khơng hưởng lãi. Trường hợp NHTM vay tái cấp vốn trên cơ sở trái phiếu đặc biệt thì VAMC sẽ sử dụng số tiền thu hồi nợ để trả nợ vay tái cấp vốn cho NHNN và số tiền trả nợ này được khấu trừ vào tổng tiền thu nợ mà NHTM được hưởng khi thanh tốn trái phiếu đó41.
Đối với việc thanh tốn trái phiếu đặc biệt và trả nợ khoản vay tái cấp vốn, khi đến hạn thanh toán trái phiếu đặc biệt, NHTM phải hoàn trả đầy đủ số tiền vay tái cấp vốn, khi đó việc thanh tốn trái phiếu được thực hiện như sau:
Thứ nhất, trường hợp chưa thu hồi được đầy đủ khoản nợ xấu:
NHTM bán nợ sử dụng trái phiếu đặc biệt tương ứng mua lại khoản nợ xấu từ VAMC theo giá trị ghi sổ số dư nợ gốc trên sổ sách của VAMC và khoản vốn góp, vốn cổ phần tại khách hàng vay (trong trường hợp có một phần khoản nợ xấu được chuyển thành phần vốn góp, cổ phần của khách hàng vay).
40 Xem điều 38 Thông tư 19/2013/TT-NHNN và Điều 18 Nghị định 53/2013/NĐ-CP.