Một là, kết cấu hạ tầng và cơ sở vật chất kỹ thuật cho hoạt động thương
mại thiếu, chất lượng thấp là hạn chế lớn nhất đến việc phát triển thương mại Bó Kẹo. Hệ thống giao thông của Bó Kẹo ngoại quốc lộ A3 rất khó khăn. Còn nhiều cụm bản chỉ có đường mòn đi trên sườn núi đi lại khó khăn. Đó là trở
dùng và tiêu thụ các sản phẩm hàng hoá của nhân dân, các vùng, trong tỉnh, đặc biệt là đối với dân cư các vùng cao, vùng sâu, vùng xa. Hệ thống điện, lưới điện, hệ thống cung cấp nước sạch còn hạn chế, một số dịch vụ, tư vấn quảng cáo... còn kém phát triển cũng là trở ngại lớn trong việc khai thác lợi thế phát triển thương mại.
Hai là, thương mại muốn phát triển được còn phụ thuộc vào sức mua
của dân cư. Với mức thu nhập còn hạn chế (mức thu nhập bình quân đầu người của Bó Kẹo chỉ 365 USD/người/năm) cho thấy, đời sống của một bộ phận khá lớn dân cư còn ở mức nghèo và rất nghèo, đặc biệt là dân cư ở các vùng sâu, vùng xa. Mức thu nhập thấp, trình độ dân trí thấp là những cản trở lớn, hạn chế sự phát triển của thị trường và thương mại Bó Kẹo hiện nay.
Ngoài ra, sự phân bố dân cư không tập trung, ở những các vùng các dân tộc thiểu số sống quá thưa thớt trên các vùng núi cao cũng là trở ngại cho sự phát triển thương mại và thị trường Bó Kẹo.
Ba là, trong điều kiện đẩy mạnh mở cửa và hội nhập kinh tế với khu
vực và thế giới nhưng một số chính sách và cơ chế quản lý kinh tế của Nhà nước còn thiếu, chưa đồng bộ, chậm được cụ thể hoá hoặc còn thiếu điều kiện khả thi để phát triển thương mại, miền núi nói chung và Bó Kẹo nói riêng. Trình độ và năng lực quản lý của cán bộ nói chung còn chưa đáp ứng kịp cũng là những trở ngại lớn cho sự phát triển thương mại Bó Kẹo.