Nhằm kiện toàn tổ chức Công an đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ công tác đảm bảo an ninh trật tự trong tình hình mới, lãnh đạo Bộ đã chỉ đạo tiến hành nhiều vấn đề lớn về tổ chức nh: Quyết định số 682/2007/QĐ-BCA(X13) ngày 21/6/2007 của Bộ trởng về việc thành lập Ban chỉ đạo, Ban biên tập xây dựng Đề án kiện toàn tổ chức bộ máy Công an; xây dựng các Nghị đinh, Thông t hớng dẫn Luật Công an nhân dân. Triển khai thực hiện Pháp lệnh sửa đổi Điều 9 Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự năm 2004, nghiên cứu phơng án kiện toàn các đơn vị thanh tra, pháp chế và Đề án nâng cao năng lực hoạt động của hệ thống cơ quan an ninh điều tra, cảnh sát điều tra, chấn chỉnh việc triển khai tổ chức và hoạt động của lực lợng Cảnh sát 11, kiến nghị với Chính phủ điều chỉnh một số nhiệm vụ còn chồng chéo
hoặc phân công cha hợp lý giữa Bộ Công an với một số Bộ, ngành chức năng.
Bộ đang chỉ đạo Tổng cục xây dựng lực lợng, xây dựng đề án cải cách hành chính trong công tác xây dựng lực lợng Công an; nghiên cứu đổi mới công tác tổ chức cán bộ theo hớng phân công, phân cấp rõ ràng, tăng thêm quyền hạn gắn liền với trách nhiệm cho thủ trởng các Tổng cục, Giám đốc Công an các địa phơng đợc bổ nhiệm đến Trởng phòng; đã ban hành Quyết định số 764/QĐ-BCA(X13) và Quyết định số 765/QĐ-BCA(X13) về việc trng tập cán bộ để nghiên cứu xây dựng chức danh tiêu chuẩn nghiệp vụ và trần cấp bậc hàm trong lực lợng Công an nhân dân; thành lập tiểu ban nghiên cứu, xây dựng chức danh đầy đủ tiêu chuẩn nghiệp vụ và trần cấp bậc hàm trong lực lợng Công an nhân dân; đồng thời đã tập trung nghiên cứu tiêu chí xác định đơn vị đợc giao nhiệm vụ quan trọng, đặc biệt hoặc địa bàn có vị trí trọng yếu về an ninh, trật tự.
Bộ chỉ đạo khảo sát đánh giá hoạt động Công an cấp huyện đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ bảo về an ninh, trật tự trong tình hình mới, sơ kết thực hiện chủ trơng tăng cờng cho lực lợng trực tiếp chiến đấu, hớng về cơ sở và việc bố trí cán bộ Công an chính quy về làm Trởng, Phó Công an xã ; tổ chức Hội nghị triển khai Luật phòng, chống tham nhũng; báo cáo Thủ tớng Chính phủ về kiện toàn tổ chức chuyên trách chống tham nhũng trong Công an nhân dân.
Bộ đã tập trung nghiên cứu, xây dựng Đề án kiện toàn tổ chức bộ máy Bộ Công an; tham mu cho Thủ tớng Chính phủ ban hành Quyết định về việc thành lập Ban Chỉ đạo, Ban biên tập xây dựng Đề án kiện toàn tổ chức bộ máy Bộ Công an; hoàn thành trình Chính phủ ban hành Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công an theo hớng xác định rõ về chức năng, nhiệm vụ thu gọn đầu mối, giữ gìn trật tự an toàn xã hội trong xu hớng toàn cầu hóa và hội nhập kinh tế quốc tế. Bộ đã trình xin ý kiến Ban Bí th và Thủ tớng Chính phủ về tiêu chí và danh sách các đơn vị đợc giao nhiệm vụ quan trọng đặc biệt, địa bàn có vị trí trọng yếu về an ninh, trật tự theo quy định của Luật Công an nhân dân; triển khai thành lập mới một số đơn vị (Cơ quan đại diện Tổng cục Cảnh sát tại thành phố Đà Nẵng, trờng Trung cấp Cảnh sát nhân dân III...); quy định chức năng, nhiệm vụ của lực lợng Cảnh sát phản ứng nhanh, lực lợng Cảnh sát đặc nhiệm thuộc phòng Cảnh sát điều tra về trật tự xã hội; tổng kết 10 năm thực hiện các Quy chế dân chủ trong Công an nhân dân và đề xuất phơng hớng sửa đổi, bổ sung các Quy chế dân chủ theo hớng đơn giản hóa quy trình công tác, phát huy hiệu quả khả năng của cán bộ, chiến sỹ, tạo thuận lợi cho tổ chức và công dân khi thực hiện các thủ tục hành chính, khi quan hệ công tác, làm việc với cơ quan Công an.
Tiếp tục thực hiện chủ trơng phân cấp về công tác xây dựng lực lợng, giao quyền chủ động gắn với tăng cờng trách
nhiệm cho Công an cấp cơ sở, Bộ Công an đã ban hành quy định phân công trách nhiệm giữa Công an các cấp về một số vấn đề trong công tác tổ chức cán bộ của lực lợng Công an nhân dân, trên cơ sở quán triệt và thực hiện nghiêm túc nguyên tắc tập trung dân chủ, quản lý thống nhất, phù hợp với tính chất, đặc điểm của từng lực lợng, từng cấp Công an. Theo quy định mới này, Thủ trởng Công an các cấp, nhất là cấp cơ sở đợc giao thẩm quyền nhằm đảm bảo đáp ứng kịp thời các yêu cầu công tác chiến đấu và xây dựng lực lợng của Công an các đơn vị, địa phơng.
Bộ ban hành Quyết định số 283/QĐ-BCA quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ phận tham mu, giúp việc về công tác cải cách hành chính trong Công an nhân dân theo tinh thần chỉ đạo của Thủ tớng Chính phủ tại công văn số 915/TTg-CCHC ngày 11/7/2007 về tăng cờng kỷ luật, kỷ cơng hành chính; thành lập tổ chuyên viên tham m- u, giúp việc chuyên trách về công tác cải cách hành chính của Bộ Công an, đặt dới sự chỉ đạo trực tiếp của đồng chí Bộ trởng để tham mu, giúp Bộ trởng thống nhất quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện kế hoạch công tác cải cách hành chính trong Công an nhân dân. Công an các đơn vị, địa phơng đã bố trí cán bộ tham mu, giúp việc chuyên trách hoặc kiêm nhiệm về công tác cải cách hành chính để giúp thủ trởng đơn vị thực hiện chủ trơng, kế hoạch, biện pháp, chơng trình cải cách hành chính của Bộ và của đơn vị, địa phơng.