Trên thực tế, vai trò của VKSND tối cao trong việc giải quyết các yêu cầu tương trợ tư pháp về hình sự chưa được phát huy đầy đủ, mới chủ yếu là cơ
quan đầu mối tiếp nhận và quản lý hồ sơ đầu vào, chưa theo dõi đầy đủ, phối hợp, đôn đốc việc giải quyết. Nhiều yêu cầu tương trợ tư pháp của các nước khơng được các cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam đáp ứng một cách nhanh chóng, kịp thời, để kéo dài nên ảnh hưởng đến thời hạn tố tụng, bị phắa nước ngoài nhắc đi nhắc lại nhiều lần; đây là một trong những tồn tại phổ biến nhất. Qua theo dõi việc thực hiện yêu cầu tương trợ tư pháp về hình sự những năm qua thì thấy, thời hạn thực hiện yêu cầu tương trợ tư pháp thường kéo dài hàng năm, thậm chắ có những vụ việc kéo dài nhiều năm. Trong một số trường hợp, các cơ quan tiến hành tố tụng của Việt Nam không thể thực hiện được các yêu cầu tương trợ tư pháp của nước ngồi, vì phắa nước có u cầu cung cấp địa chỉ không rõ ràng, nhất là các trường hợp yêu cầu xác minh lai lịch, tiến hành lấy lời khai hoặc tống đạt các quyết định tố tụng cho những người có liên quan đang có mặt tại Việt Nam. Tuy nhiên, khi không thực hiện được các yêu cầu, các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự của nước ta lại khơng thơng báo cho phắa nước có yêu cầu biết những trở ngại khách quan dẫn đến không thể thực hiện được yêu cầu tương trợ tư pháp. Về phắa VKSND tối cao cũng ắt quan tâm, đôn đốc các cơ quan tố tụng có liên quan, nên để phắa nước ngồi nhắc lại yêu cầu nhiều lần, ảnh hưởng đến quan hệ đối ngoại của Nhà nước ta nói chung, uy tắn của các cơ quan tư pháp, của Viện kiểm sát nói riêng.
Hầu hết các yêu cầu tương trợ tư pháp về hình sự do các cơ quan tiến hành tố tụng ở địa phương (Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát) trực tiếp hoặc thông qua Sở Ngoại vụ của địa phương liên hệ với các cơ quan tư pháp nước ngoài (trực tiếp uỷ thác cho các cơ quan có thẩm quyền tương ứng của các nước thực hiện). Trong một số trường hợp, Cơ quan điều tra địa phương thơng qua Văn phịng INTERPOL Việt Nam nhờ cơ quan Cảnh sát các nước thực hiện một số hoạt động uỷ thác điều tra mà không thông qua cơ quan Trung ương đầu mối là VKSND tối cao để yêu cầu tương trợ tư pháp và cũng không thơng báo
cho VKSND tối cao. Do đó, hậu quả là hầu hết yêu cầu tương trợ tư pháp của các cơ quan tiến hành tố tụng của các địa phương đã không được phắa nước ngồi thực hiện dẫn đến kéo dài q trình xử lý vụ án, thậm chắ có nhiều trường hợp vụ án khơng thể giải quyết được, phải đình chỉ vụ án. Trong số 11 vụ án/16 bị can liên quan đến công dân Lào do VKSND tỉnh Điện Biên giải quyết từ năm 2003 đến nay, mặc dù các cơ quan tiến hành tố tụng của tỉnh đã thơng qua Sở Ngoại vụ có văn bản yêu cầu các cơ quan chức năng của Lào tương trợ tư pháp trong việc xác minh lý lịch của các bị can, nhưng khơng có trường hợp nào được phắa Lào đáp ứng. Tình trạng tương tự cũng xảy ra đối với trường hợp địa phương ủy thác trực tiếp cho Công an của Trung Quốc.
- Nhìn chung, hệ thống pháp luật về tương trợ tư pháp hình sự cịn mang tắnh chất ngun tắc chung, gây ra nhiều hạn chế và khó khăn khi triển khai thực hiện. Trước tháng 11/2007, cơ sở pháp lý trong hoạt động tương trợ tư pháp về hình sự mà chúng ta có thể áp dụng trong trường hợp khơng có Hiệp định tương trợ tư pháp là Bộ luật tố tụng hình sự 2003 thì lại cịn q sơ lược, chỉ có hai điều luật chung chung, quy định khái quát. Chế định dẫn độ trong Bộ luật tố tụng hình sự 2003 vẫn cịn nhiều vấn đề quan trọng chưa được đề cập. Việc chuyển giao người bị kết án phạt tù để chấp hành hình phạt ở quốc gia mà người đó là cơng dân chưa được Bộ luật tố tụng hình sự quy định. Vấn đề này mới chỉ được quy định trong hai Hiệp định tương trợ tư pháp giữa Việt Nam với Hungary và giữa Việt Nam với Ba Lan, nhưng hầu hết các quy định mới chỉ dừng ở mức khái quát nên rất khó thực hiện.
- Căn cứ pháp lý chủ yếu mà Viện kiểm sát cũng như các cơ quan tư pháp khác áp dụng trong hoạt động tương trợ tư pháp về hình sự là các Hiệp định tương trợ tư pháp song phương mà Việt Nam đã ký kết, nhưng số lượng các Hiệp định này vẫn rất ắt và còn chứa đựng khá nhiều điểm bất cập, hạn chế. Tuy là cơ quan Trung ương trong tương trợ tư pháp về hình sự theo quy định của một số Hiệp định tương trợ tư pháp về hình sự nhưng trong một số
trường hợp, quy định của pháp luật trong nước về vai trò và trách nhiệm của VKSND tối cao trong tương trợ tư pháp về hình sự lại chưa được cụ thể, thống nhất.
Những tồn tại trên đã dẫn đến hậu quả tất yếu là hiệu quả hoạt động tương trợ tư pháp trong lĩnh vực hình sự của Viện kiểm sát nói riêng và của các cơ quan tư pháp nói chung những năm vừa qua chưa đạt được kết quả cao, nhiều yêu cầu tương trợ còn chưa tiến hành được và việc thực hiện yêu cầu tương trợ không theo quy củ, nề nếp.