Đất Khu BTTN Pù Hu hình thành từ các loại đá Granit, Riolit, Phiến thạch sét, Sa thạch sét và Sạn kết, đá Vôi gồm các nhóm đất sau:
- Nhóm đất feralít màu vàng đỏ phát triển trên đá Granit phân bố ở vùng núi trung bình.
- Nhóm đất feralít màu đỏ vàng phát triển trên đá Sa Thạch, Phiến thạch phân bố ở những vùng núi thấp đồi cao.
- Nhóm đất feralít mùn phát tiển trên đá Granit và phân bố ở những vùng núi cao trên sườn núi Pù Hu.
- Nhóm đất feralít mùn phát triển trên đá Phiến thạch sét và đá Sa thạch có kết cấu mịn phân bố trên vùng núi cao.
- Đất dốc tụ nằm dọc theo chân núi. Tổ hợp đất thung lũng bao gồm đất dốc tụ, lũy tích và sản phẩm hỗn hợp. Tổ hợp đất thung lũng lẫn nhiều sỏi sạn và các cấp hạt.
* Đặc điểm các nhóm lập địa chủ yếu khu bảo tồn Pù Hu
- Dạng lập địa N2IVFHs; N2IVFHa, chiếm 29,5% diện tích. Phân bố ở các vùng sườn núi có độ cao trên 700 m. Đất Feralit trên đá Granit. Hướng sử dụng Phòng hộ đầu nguồn và bảo vệ đa dạng sinh học.
- Dạng lập địa N3IVFs; N3IVFa, chiếm 24,4% diện tích. Phân bố ở độ cao dưới 700 m và độ dốc < 35 độ. Đất feralit với độ dày tầng đất không lớn. Hướng sử dụng phòng hộ đầu nguồn và bảo vệ đa dạng sinh học.
- Dạng lập địa N3IIIFs; N3IIIFa, chiếm 18,5% diện tích. Đất Feralit phân bố trên các xã thuộc phân khu phục hồi sinh thái, độ dốc 16-20 độ, tầng dầy trung bình từ 50 - 70 cm. Hướng sử dụng bảo vệ đa dạng sinh học.
- Dạng lập địa N2IIIFHs; N2IIIFHa, chiếm 11% diện tích. Phân bố ở vùng núi cao và độ dốc <25 độ. Đất Feralit trên Granit. Tầng đất từ trung bình đến dày, hướng sử dụng vào bảo vệ đa dạng sinh học.
- Dạng lập địa T1IVFs; T1IVFa, chiếm 6,4% diện tích, dạng lập địa này phân bố trên vùng sườn suối và độ dốc khá lớn, đất Feralits màu đỏ vàng, hướng sử dụng cho mục đích lâm nghiệp.
- Dạng lập địa T1IIIFs; T1IIIFa, chiếm 5,2% diện tích, phân bố trên sườn, độ dốc vừa phải tầng đất dày đến trung bình, đất Feralit, hướng sử dụng cho mục đích lâm nghiệp.
- Dạng lập địa T1IIFs, chiếm 5% diện tích chúng phân bố ở các thung lũng hơi dốc, tầng đất dày. Đặc điểm đất còn tốt và ẩm, hướng sử dụng nông lâm nghiệp.
* Nhìn chung đất ở Khu BTTN Pù Hu không có gì đặc biệt, các đá tạo đất nghèo chất dinh dưỡng, chỉ có vài ba loại đá quen thuộc thường gặp ở các vùng núi như: Granit, Đá sét, Phiến thạch sét và đá Cát, các loại đất được hình thành trong khu vực thường nằm trên các địa hình có độ dốc cao từ 16-250 và từ 26-350, những năm trước đây rừng che phủ còn khá, chu kỳ nương rãy dài nên độ dày tầng đất thường ở cấp trung bình (30-80 cm).