Khoa Các KHLN là đơn vị trực thuộc ĐHQGHN, được đổi tên từ Khoa Sau đại học theo Quyết định số 248/QĐ-ĐHQGHN ngày 20/01/2017 của Giám đốc ĐHQGHN. Nhiệm vụ trọng tâm của Khoa là thực hiện những CTĐT đại học, sau đại học mới và có tính liên ngành, liên lĩnh vực; Thực hiện các hoạt động NCKH trong lĩnh vực liên ngành, liên lĩnh vực phục vụ đào tạo đại học, sau đại học; Thực hiện các hoạt động phục vụ, dịch vụ trong phạm vi lĩnh vực chuyên môn phù hợp. Khoa là đầu mối tập hợp nguồn lực chung của ĐHQGHN trong việc tổ chức thực hiện đào tạo và nghiên cứu các KHLN, liên lĩnh vực, cung cấp cho xã hội nguồn nhân lực và dịch vụ chất lượng cao với tư duy và cách tiếp cận liên ngành để giải quyết vấn đề trong thực tiễn.
Trải qua 18 năm (Từ năm 2002 đến năm 2020) với hai giai đoạn phát triển, Khoa đã có nhiều đóng góp trong công tác xây dựng hệ thống quản lí đào tạo sau đại học và giữ vai trò tiên phong xây dựng và phát triển các CTĐT mới mang tính liên ngành, liên lĩnh vực ở ĐHQGHN. Từ năm 2011 đến nay, Khoa đã xây dựng thành công 05 CTĐT thạc sĩ liên ngành là Biến đổi khí hậu định hướng nghiên cứu, Khoa học bền vững, Biến đổi khí hậu định hướng ứng dụng; Quản lí phát triển đô thị, Di sản học và 01 CTĐT tiến sĩ Biến đổi khí hậu và phát triển bền vững (tuyển sinh từ đợt 2/2020). Tính đến hết năm 2020 Khoa đã đào tạo được hơn 560 thạc sĩ.
Với vai trò là đơn vị đầu mối trong tổ chức thực hiện các CTĐT liên ngành, liên lĩnh vực ở ĐHQGHN, cơ cấu tổ chức của Khoa được xây dựng theo hướng tinh gọn và kết nối mạng lưới. Hiện tại, tổ chức và nhân sự của Khoa bao gồm Ban Chủ nhiệm Khoa và các phòng chức năng, trung tâm, tổ chuyên môn trực thuộc với tổng số 37 cán bộ, nhân viên trong đó có 04 phó giáo sư và 09 tiến sĩ, 20 thạc sĩ, 3 cử nhân và 1 lao động hợp đồng ngạch bảo vệ. Đồng thời, Khoa đã xây dựng được mạng lưới gồm hơn 250 giảng viên, cộng tác viên tham gia vào công tác giảng dạy và hướng dẫn, đánh giá luận văn, trong đó có 76 giảng viên thuộc ĐHQGHN. Đây
là những nguồn lực quan trọng trong việc phát triển, tổ chức đào tạo và nghiên cứu các khoa học mới có tính liên ngành, liên lĩnh vực, góp phần khẳng định sứ mệnh tiên phong của ĐHQGHN trong đào tạo và NCKH. Trong lộ trình của mình, Khoa hướng tới trở thành một cơ sở GDĐH hoàn chỉnh trong ĐHQGHN.
Chiến lược phát triển Khoa Các KHLN đến năm 2025, tầm nhìn 2035 được xây dựng nhằm phát huy các thành tựu bước đầu của Khoa trong đào tạo, nhìn nhận thẳng thắn vào các hạn chế của đơn vị, tận dụng tốt các cơ hội, xây dựng và phát triển Khoa trở thành một cơ sở GDĐH phù hợp với các định hướng của ĐHQGHN và năng lực của đơn vị.