Thảm thực vật ở vùng núi Ngọc Linh nhìn chung là kiểu rừng kín thường xanh ẩm. Tuy nhiên, với đặc điểm của một vùng núi cao ở phía nam nên thảm thực vật rừng ở đây có thể chia ra theo các đai cao như sau:
+ Độ cao từ 1.000m trở xuống là kiểu rừng kín thường xanh trên đất thấp. Kiểu rừng này đã bị tàn phá, thay thế vào đó là nương rẫy, kiểu thảm thứ sinh và đồi cây bụi (do nương rẫy bỏ hoang nhiều năm).
+ Độ cao từ 1.000 – 1.700m là kiểu rừng kín thường xanh trên núi thấp. Rừng ở đây khơng cịn ngun sinh do khai thác chọn và khai phá làm nương rẫy. Chỉ cịn lại diện tích rất ít do ở các khe núi hiểm trở hoặc đầu nguồn các con nước nên được người dân địa phương chủ động giữ lại.
+ Từ 1.700m trở lên đến đỉnh núi, vẫn là loại hình rừng kín thường xanh nhưng là ở núi trung bình. Đặc biệt là ở độ cao từ 1.800 – 1.900m trạng thái rừng nhìn chung cịn ngun sinh, do địa hình có độ dốc lớn và hiểm trở nên ít bị tàn phá hơn. Kết cấu rừng thường thấy rõ 3 tầng: Tầng vượt tán, tầng tán và tầng cây bụi, cỏ quyết.
* Tầng vượt tán:
Gồm những cây gỗ cao 20 – 40m thuộc trên 20 họ, trong đó những họ thực vật
ánhiệt đới chiếm ưu thế rõ rệt, đặc biệt là họ Dẻ (Fagaceae), họ Chè (Theaceae), họ Du (Ulmaceae), họ Mộc lan (Magnoliaceae), họ Thông (Pinaceae)... cùng với một số lồi cây vùng ơn đới thuộc chi Betula. Acer, lẫn với nhiều loài cây lá kim thuộc
các họ Cephalotaxaceae, Podocarpaceae ... Đáng chú ý có Thơng đà lạt (Pinus
* Tầng tán:
Ghi nhận được trên 20 họ, trong đó họ Araliaceae có tới khoảng 20 lồi thuộc 8 chi như Aralia, Schefflera, Brassaiopsis... Một số loài Dương xỉ đại mộc Cibotium, Cyathea... và một vài loài tre, trúc.
* Tầng cây bụi, cỏ và quyết:
Ghi nhận được nhiều loài thuộc trên 30 họ thực vật khác nhau. Một số lồi thuộc trong 30 họ kể trên có số lượng (mật độ cá thể nhiều) như họ Acanthaceae, Urticaceae, Melastomaceae, Rubiaceae, Poaceae... và một số họ Dương xỉ khác. Đáng chú ý có lồi Chàm ơ rơ (Strobilanthes penstemoides) là một trong các cây đi kèm, thấy nhiều trong những điểm có sâm mọc tự nhiên. Một số lồi dây leo trong họ Menispermaceae và Fabaceae cũng tham gia vào tổ thành sinh tầng này. Tầng cây bụi và cỏ quyết phong phú về thành phần lồi, trong đó có nhiều lồi làm thuốc. Ngoài ra do độ ẩm cao nên thực vật phụ sinh, địa y và nấm ở Ngọc Linh cũng rất phát triển.
Trên phía đỉnh cao có thể gặp một số lồi thuộc họ Đỗ quyên (Ericaceae).