Bên cạnh những thuận lợi trên, cái khó khăn khi sử dụng dịch vụ này là khách hàng không có nhiều sự lựa chọn khi tham gia vào một gói dịch vụ, trong khi nhu cầu của mỗi doanh nghiệp là rất đa dạng, chẳng hạn như hạn chế trong việc chọn công ty dịch vụ vận tải, công ty Bảo hiểm, công ty cho thuê kho bãi…Đôi khi vấn đề này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong vấn đề giao nhận, thuê kho bãi.
Sản phẩm còn khá mới lạ và khá phức tạp về cách thức thực hiện, đòi hỏi doanh nghiệp phải cung cấp nhiều thông tin liên quan cần thiết gây khó khăn cho doanh nghiệp trong vấn đề bảo mật thông tin.
1.3.2.2.Đối với ngân hàng.
Dịch vụ XNKTG yêu cầu ngân hàng phải tham gia nhiều vào hoạt động của doanh nghiệp và nắm rõ thông tin của khách hàng qua từng giai đoạn, nếu doanh nghiệp cung cấp thông tin không đúng sự thật thì sẽ gây rủi ro cho ngân hàng trong việc triển khai gói dịch vụ mới này.
Dịch vụ XNKTG ra đời dựa trên tính tiện ích về phí và dịch vụ, nếu việc định phí không phù hợp có thể làm giảm giá trị của gói sản phẩm. Bên cạnh đó, do tính độc lập của dịch vụ XNKTG với các sản phẩm riêng lẻ, nếu ngân hàng không tạo được sự khác biệt, sản phẩm có thể làm e ngại cho doanh nghiệp trong việc tiếp cận gói dịch vụ này.
Đối với ngân hàng, để đảm bảo chất lượng dịch vụ thỏa mãn nhu cầu khách hàng đòi hỏi ngân hàng phải có đội ngũ nhân viên chuyên môn giỏi và phải có sự phối hợp chặt chẽ hoạt động của các phòng ban vì dịch vụ liên quan đến nhiều nghiệp vụ mà mỗi nghiệp vụ được phụ trách bởi mỗi phòng ban khác nhau. Để gói
dịch vụ được thực hiện hoàn hảo, nhân viên các phòng phải biết rõ dịch vụ này được thực hiện như thế nào, đến đâu để quá trình cung cấp dịch vụ cho khách hàng đạt được hiệu quả tốt nhất. Do vậy nếu sự phối hợp không đồng đều giữa nhân viên các phòng đồng thời trình độ nhân viên bất cập gây ảnh hưởng đến chất lượng mà gói dịch vụ cung cấp, gây mất lòng tin của khách hàng.
Nhận thấy, đa phần những doanh nghiệp lớn - hoạt động lâu năm trong lĩnh vực XNK, có nhiều kinh nghiệm và nhiều mối quan hệ với các đối tác liên quan – sẽ không cần đến gói dịch vụ này. Đây là một thiệt thòi cho ngân hàng vì những doanh nghiệp này góp phần không nhỏ cho lợi nhuận ngân hàng nếu họ sử dụng dịch vụ.