Bộ máy quản lý VĐT
PVEP không có chính sách nhân viên riêng cho từng loại hình dự án (điều hành, điều hành chung, tham gia góp vốn), hiện đang áp dụng chính sách nhân viên
chung của Tổng công ty, nên hạn chế sự khuyến khích đối với nhân sự tham gia dự án trực tiếp điều hành.
Mỗi dự án đều yêu cầu ít nhất 01 cán bộ chuyên trách từ các ban chức năng tham gia, và chịu trách nhiệm công việc của các cán bộ này là Trưởng/ Phó phòng và cấp tiếp theo là đại diện lãnh đạo ban. Như vậy, có thể thấy, cán bộ chuyên trách sẽ làm việc theo cơ cấu ma trận, dẫn đến hiện tượng song trùng lãnh đạo. Thứ hai, là Trưởng/ Phó phòng và đại diện lãnh đạo ban sẽ phải chịu trách nhiệm cho rất nhiều cán bộ chuyên trách tương ứng với các dự án khác nhau. Điều này có thể dẫn đến tình trạng quá tải hoặc xử lý công việc không hiệu quả.
Lập dự toán VĐT
Việc lập dự toán VĐT hàng năm được tiến hành theo quy trình một cách chi tiết và thận trọng cũng đồng thời tạo ra những bất cập như: tốn nhiều thời gian, đôi khi còn bị chậm ở khâu phêduyệt dự toán vốn đầu tư của cấp có thẩm quyền sẽ làm ảnh hưởng tới tiến độ triển khai các dự án dầu khí tại nước ngoài và cũng có thể gây ảnh hưởng trực tiếp tới số tiền mà các dự án nhận được do tỉ giá sẽ thay đổi theo thời gian. Bên cạnh đó, dự toán vốn bắt buộc phải căn cứ theo Chương trình công tác và ngân sách được phê duyệt của năm đó, điều này sẽ giới hạn mức vốn dự toán cho đầu tư so với thực tế mức vốn cần thiết để đầu tư.
Triển khai dự toán VĐT
Việc xin giấy phép chuyển tiền, trình duyệt giấy đề nghị chuyển vốn chờ tiếp nhận, nhận ý kiến phản hồi từ các ban chuyên môn của PVEP và được phê duyệt khá phức tạp và mất nhiều thời gian cho nhà điều hành. Đây được coi là bất cập lớn cho PVEP, đặc biệt không đáp ứng được tiến độ/yêu cầu triển khai của dự án dầu khí khiến PVEP phải đối mặt với nhiều rủi ro pháp lý tiềm ẩn, không đạt mức sản lượng khai thác như dự kiến. Công tác đối chiếu, rà soát yêu cầu gọi vốn từ nhà điều hành phải qua nhiều ban chuyên môn nên thường kéo dài, thậm chí nếu bị mắc ở một ban nào đó thì sẽ phải điều chỉnh hoặc tiến hành lại từ đầu. Một số dự án của PVEP phải chờ hiệu chỉnh sẽ ảnh hưởng rất lớn tới tiến độ triển khai các dự án đầu tư.
Quyết toán VĐT
Công tác báo cáo (Dự án<-> Tổng công ty và Dự án <-> Tập đoàn) còn có trùng lặp do một số quy định chưa đồng nhất giữa PSC, JOA và các quy định nội bộ. Khối lượng dự án nhiều trong tương quan đầu mối quản lý thu gọn đôi khi dẫn đến tình trạng quá tải công việc.
Hệ thống biểu mẫu và cấu trúc chỉ tiêu quản lý ngân sách/chi phí của các dự án hiện tại còn nhiều hạn chế như: không thống nhất về biểu mẫu, chỉ tiêu quản lý và mức độ chi tiết của các hạng mục giữa các dự án và nhóm dự án (thăm dò/phát triển/khai thác); không đồng nhất về cấu trúc các chỉ tiêu tại biểu mẫu Chương trình công tác và ngân sách được duyệt, gọi vốn và báo cáo chi phí; chưa thống nhất cách hiểu đối với hạng mục ngân sách chính.
Kiểm soát VĐT
Tấn suất yêu cầu chủ đầu tư báo cáo về tình hình sử dụng vốn để thực hiện dự án là hàng tháng, hàng quý và hàng năm. Đặc biệt, đối với các dự án trọng điểm (dự án phát triển, khai thác và/ hoặc có tổng mức đầu tư quy đổi trên 100 triệu đô la Mỹ), các báo cáo được thực hiện định kì 2 lần/ tháng. Người chịu trách nhiệm lập và gửi các báo cáo này là chủ đầu tư. Như vậy, có thể thấy, tần suất của các báo cáo khá liên tục trong khi chủ đầu tư một mặt cũng phải chịu trách nhiệm điều hành và quản lý dự án đang vận hành hoặc trong trường hợp chủ đầu tư muốn báo cáo sơ sài/ không đúng/ báo cáo hình thức để hoàn thành nhiệm vụ thì PVEP sẽ khó có được thông tin phản hồi chính xác về các dự án dầu khí đang diễn ra ở nước ngoài.