Doanh nghiệp có vị trí đặc biệt quan trọng của nền kinh tế, là bộ phận chủ yếu tạo
ra tổng sản phẩm trong nước (GDP). Hoạt động của doanh nghiệp góp phần giải phóng và phát triển sức sản xuất, huy động và phát huy nội lực vào phát triển kinh tế xã hội, góp phần quyết định vào phục hồi và tăng trưởng kinh tế, tăng kim ngạch xuất khẩu, tăng
thu ngân sách và tham gia giải quyết có hiệu quả các vấn đề xã hội như: tạo việc làm, xoá đói, giảm nghèo. Trong quan hệ trao đổi thương mại quốc tế, doanh nghiệp chính là chủ thể đóng vai trò quan trọng áp dụng quy tắc xuất xứ hàng hóa trong áp dụng thuế quan ưu đãi. Khi xuất khẩu hàng hóa của doanh nghiệp sang thị trường nước ngoài, muốn
được hưởng thuế quan ưu đãi thì hàng hóa của doanh nghiệp phải đáp ứng được những quy định về xuất xứ hàng hóa theo hiệp định thương mại đã ký kết với quốc gia mình. Ở
chiều ngược lại, khi nhập khẩu hàng hóa vào trong nước muốn được hưởng thuế quan ưu đãi thì doanh nghiệp cũng phải tuân thủ đầy đủ các quy định về thủ tục nhập khẩu liên quan đến quy tắc xuất xứ hàng hóa. Do đó, nếu doanh nghiệp không thể đáp ứng được các quy định của quy tắc xuất xứ hàng hóa trong áp dụng thuế quan ưu đãi khi thực
hiện hoạt động kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu thì sẽ mất đi lợi thế cạnh tranh do không
được hưởng những ưu đãi mà quốc gia nhập khẩu hàng hóa dành cho. Từ đó ảnh hưởng đến khả năng xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa và phát triển của doanh nghiệp cũng như sự phát triển của một quốc gia trong quan hệ thương mại quốc tế. Như vậy, có thể khẳng
định rằng, nhân tố doanh nghiệp sẽ có ảnh hưởng quan trọng đến việc áp dụng quy tắc xuất xứ hàng hóa trong áp dụng thuế quan ưu đãi của một quốc gia. Nhân tố doanh nghiệp
được phản ánh trên các khía cạnh sau:
Thứ nhất là nguồn nhân lực trong các doanh nghiệp. Như đã phân tích ở trên, để
áp dụng được quy tắc xuất xứ hàng hóa thì bản thân các doanh nghiệp trước hết phải nắm bắt và am hiểu những nội dung, quy định có trong các quy tắc xuất xứ hàng hóa. Muốn vậy, các doanh nghiệp cần phải có sự chủ động, tích cực nắm bắt và áp dụng các
quy định về xuất xứ hàng hóa trong ưu đãi thuế quan vào trong hoạt động kinh doanh thông qua việc xây dựng được nguồn nhân lực có trình độ chuyên môn cao và am hiểu về xuất xứ hàng hóa. Nguồn nhân lực được coi là vấn đề vô cùng quan trọng đối với sự tồn tại và phát triển của doanh nghiệp và áp dụng quy tắc xuất xứ hàng hóa. Một nguồn nhân lực kém không đáp ứng được nhu cầu sẽ là nguyên nhân cơ bản dẫn đến sự thất bại
của doanh nghiệp. Với nguồn nhân lực đủ mạnh, các doanh nghiệp có thể nắm bắt được một cách tốt nhất những nội dung mới và phức tạp liên quan đến xuất xứ và các cam kết,
quy định phức tạp có liên quan áp dụng, tránh được những sai sót, mất nhiều thời gian và chi phí thực hiện những quy định của quy tắc xuất xứ.
Thứ hai là trình độ và năng lực sản xuất của doanh nghiệp. Đây được xem là
yếu
tố quan trọng để đáp ứng được các yêu cầu về các tiêu chí xuất xứ hàng hóa, các doanh nghiệp cần phải có trình độ và năng lực sản xuất đủ mạnh. Theo quy định của quy tắc xuất xứ hàng hóa, các hàng hóa muốn đáp ứng được các tiêu chí xuất xứ hàng hóa đòi hỏi phải trải qua những quá trình gia công, chế biến nhất định đạt được mức độ chuyển đổi dòng thuế hay hàm lượng giá trị nội địa hoặc công đoạn gia công, chế biến nào đó. Mà để đạt được điều này, các doanh nghiệp phải có quy trình, hệ thống quản trị sản xuất tuân thủ chặt chẽ các quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật để thực hiện đầy đủ các công đoạn gia công, chế biến cần thiết đối với các đầu vào nhập khẩu, có các biện pháp kiểm soát, phân bổ các nguồn nguyên liệu đầu vào, từ đó có thể đáp ứng được các tiêu chí xuất xứ hàng hóa. Thêm vào đó, năng lực sản xuất của một doanh nghiệp còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố như máy móc thiết bị, nguyên vật liệu đầu vào, trình độ người lao động, trình độ quản lý và đặc biệt là khả năng áp dụng những thành tựu khoa học công nghệ vào sản xuất. Tất cả các nhân tố này có sự tác động đến năng lực sản xuất của doanh nghiệp cao hay thấp, sản phẩm hàng hóa được sản xuất ra có thể đáp ứng được các tiêu chí về xuất xứ hàng hóa hay không. Từ đó, có thể được chứng nhận xuất xứ hàng hóa khi xuất khẩu và hưởng thuế quan ưu đãi tại nước nhập khẩu theo các quy định của quy tắc xuất xứ hàng hóa và hiệp định thương mại. Do vậy, bản thân các doanh nghiệp cần có những biện pháp cụ thể nhằm tác động đến các nhân tố này từ đó nâng cao khả năng áp dụng các quy định về xuất xứ hàng hóa trong ưu đãi thuế quan.
Bên cạnh đó, việc thực hiện quy tắc xuất xứ hàng hóa trong áp dụng thuế quan ưu
đãi còn chịu sự ảnh hưởng rất lớn bởi ý thức tuân thủ pháp luật của các doanh nghiệp. Với những lợi ích có thể đạt được nhờ được hưởng những ưu đãi về thuế quan có thể khiến các doanh nghiệp thực hiện các hành vi gian lận về xuất xứ hàng hóa gây phương hại đến lợi ích của quốc gia và nền kinh tế. Do đó, mức độ tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp của quốc gia càng cao thì việc thực thi pháp luật về xuất xứ hàng hóa càng đem lại tác động tích cực đối với quốc gia đó. Thêm vào đó, Hệ thống quản trị doanh nghiệp, hệ thống sổ sách, kế toán, tài chính và quy trình kiểm soát của doanh nghiệp trong sản xuất hàng hóa xuất khẩu cũng có tác động rất lớn đến việc thực thi các quy định về xuất xứ hàng hóa, nhất là các quy định tuân thủ về hồ sơ, chứng từ chứng minh nguồn gốc xuất xứ của các yếu tố cấu thành hàng hóa sản xuất của doanh nghiệp. Nếu các doanh nghiệp có sự chú trọng trong quản trị tốt các yếu tố trên thì sẽ thuận lợi và dễ dàng đáp ứng được những yêu cầu, đòi hỏi từ phía các cơ quan quản lý trong việc tuân thủ các quy
định về xuất xứ hàng hóa. Ngoài ra, quan hệ đối tác nhà nước và doanh nghiệp cũng có sự tác động lớn đến việc thực thi các quy tắc xuất xứ hàng hóa. Nếu các doanh nghiệp có sự chủ động hợp tác tích cực với cơ quan nhà nước có liên quan trong việc áp dụng quy tắc xuất xứ hàng hóa thì sẽ có thể tiếp cận một cách tốt nhất những thông tin về quy tắc xuất xứ, đồng thời cũng có được sự hỗ trợ từ các cơ quan này trong quá trình áp dụng
để đạt được lợi ích tốt nhất.