Đại hội Đảng cộng sản Việt Nam lần thứ VI đề ra đường lối đổi mới đất nước, chủ trương mở cửa, phát triển nền kinh tế nhiều thành phần theo cơ chế thị trường có sự quản lý của nhà nước theo định hướng XHCN.
Nhiệm vụ: Yêu cầu đối với Hải quan Việt Nam lúc này là thực hiện quản lý Nhà nước về Hải quan trước tình hình: Hoạt động giao lưu hợp tác với nước ngoài phát triển mạnh mẽ chưa từng thấy, kinh tế thị trường bộc lộ những khuyết tật, hạn chế, khối lượng hàng hoá XNK khá lớn tạo nguồn thu thuế XNK hàng năm chiếm tỷ lệ từ 20 - 25% GDP, tình trạng buôn lậu gia tăng, nhập lậu tài liệu phản động, ấn phẩm đồi trụy, chất nổ, ma tuý khá nhiều.
Hệ thống tổ chức gồm: Tổng cục Hải quan; Cục Hải quan liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và cấp tương đương, Hải quan Cửa khẩu, Đội kiểm soát Hải quan.
Cơ sở vật chất của Hải quan Việt Nam được nâng cấp một bước: đã trang bị máy soi nghiệp vụ, chó nghiệp vụ phát hiện ma tuý và tàu cao tốc chống buôn lậu trên biển.
Công tác đào tạo bồi dưỡng công chức được lưu ý hơn: Trường nghiệp vụ Hải quan thành lập năm 1986, Trường nghiệp vụ Hải quan 1 (Hà Nội) thành lập năm 1988; sau hợp nhất 2 trường thành Trường Cao đẳng Hải quan và năm 1996 Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định thành lập Trường Hải quan Việt Nam. Từ năm 1986 đến năm 1999 đã bồi dưỡng nghiệp vụ cho 4.626 cán bộ, gửi đào tạo đại học tại chức 1.750 cán bộ.
Hải quan Việt Nam đã tham gia và trở thành thành viên chính thức của Tổ chức Hải quan thế giới (W CO) từ ngày 01/7/1993 và từ đó đã mở rộng quan hệ với tổ chức Hải quan thế giới và Hải quan khối A SEA N.