Cơ quan Tổng cục Hải quan ở Trung ương bao gồm: 06 Vụ, Văn phòng, Thanh tra, 05 Cục, 02 Ban, cụ thể:
- Vụ, Văn phòng, Thanh tra:Vụ Pháp chế; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Tài vụ - Quản trị; Văn phòng (có đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh); Thanh tra.
- Các Cục, gồm:Cục Giám sát quản lý về Hải quan; Cục Thuế xuất nhập khẩu; Cục Điều tra chống buôn lậu; Cục Kiểm tra sau thông quan; Cục Công nghệ thông tin và Thống kê Hải quan.
- 02 Ban bao gồm: Ban cải cách hiện đại hoá Hải quan; Ban quản lý rủi ro Hải quan.
Các Vụ, Cục, Văn phòng và Thanh tra, Ban là các tổ chức hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước.
Sơ đồ 3.1: Sơ đồ cơ cấu tổ chức cơ quan Tổng cục Hải quan
Nguồn: Tổng cục Hải quan (2016)
Như vậy cơ cấu tổ chức của TCHQ là cơ cấu theo mô trực tuyến chức năng.
Các Vụ, Cục và đơn vị trực thuộc Tổng cục Hải quan có chức năng và nhiệm vụ sau:
(1) Ban Cải cách, hiện đại hoá Hải quan
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan có nhiệm vụ giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan trong việc xây dựng chiến lược, kế hoạch dài hạn, trung hạn và hàng
Tổng cục trưởng
Phó Tổng cục
trưởng Phó Tổng cục trưởng Phó Tổng cục trưởng Phó Tổng cục trưởng
Cục Giám sát quản lý Vụ Tổ chức cán bộ Văn phòng Báo Hải quan Cục Thuế XNK Thanh tra Trung tâm phân tích phân loại hàng hóa XNK (3 miền) Viện nghiên cứu Hải quan Cục điều tra chống buôn lậu Vụ Hợp tác quốc tế Cục Kiểm tra sau thông quan Vụ Tài vụ - Quản trị Vụ Pháp chế Cục CNTT và thống kê Hải quan Trường Hải quan Việt Nam Ban quản lý rủi ro Ban cải cách hiện đại hóa
năm về cải cách và hiện đại hóa Hải quan; Điều phối việc triển khai chiến lược, chương trình, kế hoạch cải cách và hiện đại hóa Hải quan sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
(2) Ban Quản lý rủi ro Hải quan
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan có nhiệm vụ giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan trong việc xây dựng kế hoạch, cơ sở pháp lý, quy trình nghiệp vụ quản lý rủi ro.
(3) Cục Công nghệ thông tin và Thống kế
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan có chức năng tham mưu giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan nghiên cứu xây dựng và tổ chức triển khai ứng dụng Công nghệ thông tin, hiện đại hoá công tác quản lý Hải quan, công tác thống kê nhà nước về Hải quan theo quy định của pháp luật.
(4) Cục Điều tra chống buôn lậu
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lý, hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra các đơn vị trong ngành Hải quan và trực tiếp tổ chức thực hiện công tác thu thập, xử lý thông tin nghiệp vụ Hải quan; thực thi bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ, chống hàng giả trong lĩnh vực Hải quan; phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; phòng, chống ma túy theo quy định của pháp luật.
(5) Cục Giám sát quản lý về Hải quan
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn các đơn vị trong ngành Hải quan thực hiện thủ tục Hải quan, kiểm tra, giám sát Hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh; và trực tiếp chỉ đạo tổ chức thực hiện nghiệp vụ giám quản trong ngành Hải quan theo quy định của pháp luật.
(6) Cục Kiểm tra sau thông quan
Là đơn vị trực thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra các đơn vị
trong ngành Hải quan thực hiện công tác kiểm tra sau thông quan; trực tiếp thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định của pháp luật.
(7) Cục thuế xuất nhập khẩu
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan thực hiện quản lý nhà nước về thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; trực tiếp tổ chức thực hiện nghiệp vụ về thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật.
(8) Thanh tra Tổng cục Hải quan
Thực hiện chức năng thanh tra, thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý nhà nước của Tổng cục Hải quan theo quy định của pháp luật.
(9)- Văn Phòng
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan trong việc: Xây dựng quy chế làm việc của Tổng cục Hải quan, nội quy cơ quan, chương trình kế hoạch công tác và kế hoạch hoạt động hàng năm của Tổng cục Hải quan; chỉ đạo, kiểm tra việc thực hiện chương trình, kế hoạch công tác, quy chế làm việc, chế độ thông tin báo cáo, điều phối hoạt động giữa các đơn vị của Tổng cục Hải quan.
(10) Vụ Hợp tác Quốc tế
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quanvề công tác hợp tác quốc tế trong lĩnh vực Hải quan; Các điều ước quốc tế về Hải quan, các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn áp dụng các điều ước quốc tế về Hải quan; Phương án và lộ trình gia nhập hoặc ký kết các điều ước quốc tế có liên quan đến hoạt động Hải quan.
(11) Vụ Pháp chế
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lý về công tác pháp chế trong lĩnh vực Hải quan (chương trình xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật thuộc lĩnh vực Hải quan; thẩm định, rà soát các văn bản quy phạm pháp luật về Hải quan; Đánh giá thi hành và kiểm tra thực hiện văn bản); ý kiến về các văn bản quy phạm pháp luật, văn bản
hướng dẫn, văn bản xử lý nghiệp vụ và thẩm định pháp lý đối với các văn bản do các đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan xây dựng.
(12) Vụ Tài vụ Quản trị
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lý về tài chính, tài sản, đầu tư xây dựng cơ bản nội ngành; mua sắm tài sản, trang thiết bị kỹ thuật, vũ khí công cụ hỗ trợ, phương tiện làm việc và trang chế phục của Tổng cục Hải quan.
(13) Vụ Tổ chức cán bộ
Là đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lý về tổ chức cán bộ, bao gồm: xây dựng các văn bản quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc, trực thuộc Tổng cục Hải quan; Tiêu chuẩn chức danh chuyên môn nghiệp vụ các ngạch công chức ngành Hải quan; tiêu chuẩn các chức danh lãnh đạo thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Tài chính; biên chế, cơ cấu ngạch, tuyển dụng; Quy hoạch, bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, cách chức, điều động, luân chuyển, biệt phái, khen thưởng, kỷ luật và chính sách cán bộ của ngành Hải quan theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của Bộ Tài chính.
(14) Trường Hải quan Việt Nam
Trường Hải quan Việt Nam là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Hải quan, có nhiệm vụ giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan tổ chức thực hiện công tác đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn, nghiệp vụ cho cán bộ, công chức, viên chức của Tổng cục Hải quan; cung cấp các dịch vụ, tư vấn về đào tạo bồi dưỡng có liên quan đến lĩnh vực hải quan cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước. Trường Hải quan Việt Nam có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật.
(15) Viện nghiên cứu Hải quan
Viện Nghiên cứu Hải quan là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Hải quan, có nhiệm vụ tổ chức công tác nghiên cứu khoa học về hải quan, khoa học về xây dựng và phát triển lực lượng hải quan, nghiên cứu việc ứng dụng công nghệ
quản lý hải quan hiện đại; quản lý công tác nghiên cứu khoa học; tổ chức các hoạt động thông tin khoa học phục vụ công tác nghiên cứu và hoạt động nghiệp vụ hải quan thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục Hải quan. Viện Nghiên cứu Hải quan có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật.
(16) Trung tâm phân tích phân loại hàng hóa XNK
Trung tâm Phân tích, phân loại hàng hóa xuất nhập khẩu là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Hải quan, có nhiệm vụ giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan thực hiện công tác phân tích, phân loại hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu làm cơ sở cho việc xác định tên hàng, mã hàng trong kiểm tra hải quan, quản lý thu thuế xuất khẩu, nhập khẩu và thu khác theo quy định của pháp luật. Trung tâm Phân tích, phân loại hàng hóa xuất nhập khẩu có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật.