Để lễ hội diễn ra đúng thời gian, thể hiện được sự tôn kính, trang nghiêm thì công tác chuẩn bị rất quan trọng. Trong quá trình điền dã và gặp gỡ trực tiếp bác Trương Đình Tưởng, người viết kịch bản lễ hội Trường Yên, nhất là đang vào dịp tỉnh Ninh Bình kỉ niệm 1050 năm nhà nước Đại Cồ Việt, chúng tôi thấy công tác chuẩn bị diễn ra khẩn trương, chu đáo và đặc biệt nhân dân ở đây tham gia rất nhiệt tình và có tinh thần trách nhiệm cao.
Xã Trường Yên là nơi diễn ra lễ hội nên được giao nhiệm vụ thực hiện nhiều nghi lễ quan trọng. Trong đó, xã phối hợp với các xã khác trong huyện tổ chức Lễ rước nước và điều hành tế lễ trong lễ hội. Phần lễ gồm: Lễ mở cửa đền, Lễ rước nước, Lễ mộc dục, Lễ tiến phẩm, Lễ rước kiệu, Tế cửu khúc, Tế lễ cổ truyền, Lễ tạ; riêng Lễ mở cửa đền do UBND huyện và xã thực hiện sáng ngày 8/3 âm lịch. Bên cạnh đó, xã được giao tổ chức thi chèo thuyền khéo ngày 10/3 âm lịch tại sông Sào Khê (khu vực Lễ hội Trường Yên) và thực hiện tuyến đường hoa từ Quán Mã Yên giáp Ninh Hòa đến bến đò gần khu vực rước nước.
Để các hoạt động tổ chức phục vụ lễ hội đảm bảo yêu cầu lễ hội đề ra, UBND xã đã thành lập Ban phục vụ lễ, phân công nhiệm vụ gắn trách nhiệm với từng người đảm bảo hiệu quả, chất lượng.
Đối với Mặt trận Tổ quốc xã chịu trách nhiệm về văn tế, nhạc lễ, đội tế. Đoàn thanh niên cử mười lăm người đội tốt đỏ cầm đao, trượng, bát cửu; cử tám thanh niên khênh kiệu bát cống lớn dùng để rước nước trong lễ rước nước. Hội nông dân được giao cầm hai đội rồng (22 người). Hội phụ nữ xã chủ trì và phối hợp chuẩn bị ba kiệu, hai lọng, một bình múc nước, cử hai thiếu nữ tuổi mười sáu đến mười tám phục vụ việc múc nước. Văn phòng ủy ban đảm nhiệm công tác hậu cần và chuẩn bị các mâm lễ theo yêu cầu.
Ngoài ra còn phối hợp với các cơ quan liên quan đảm bảo an ninh trật tự, an toàn giao thông… trên địa bàn những ngày diễn ra lễ hội.
Nghi lễ và trang phục phục vụ phần lễ được xã chỉ đạo các thôn, đội tế lễ thực hiện theo đúng kịch bản của lễ hội đã được UBND tỉnh phê duyệt. Công tác tuyên truyền trực quan và tuyên truyền trên đài truyền thanh ba cấp được quan tâm chỉ đạo. Tất cả được lên phương án, kịch bản rất chi tiết, cụ thể, đảm bảo cho lễ hội diễn ra trang trọng, ấn tượng, an toàn, mang đậm bản sắc văn hóa dân tộc, để lại ấn tượng tốt đẹp với du khách thập phương.