Thứ nhất: về quản lý huy động vốn
Tại các cấp Hội Nông dân trong tỉnh, Ban vận động Quỹ HTND chưa được kiện toàn, hiện nay gần như không có hoạt động nào. Mọi công việc vận động tăng trưởng quỹ do Ban điều hành Quỹ kiêm nhiệm, cán bộ Ban điều hành quỹ cũng đang hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Do vậy, chất lượng vận động Quỹ chưa cao.
Quỹ HTND tỉnh Bắc Giang cũng chưa có quy trình chung cho việc vận động tăng trưởng nguồn Quỹ HTND, do vậy, mỗi huyện, mỗi xã làm có một cách làm khác nhau, đôi khi gây hiểu lầm, thắc mắc trong cán bộ, hội viên. Việc quản lý vận động tăng nguồn của Quỹ HTND Bắc Giang mới chỉ tập trung vào nguồn đề xuất từ ngân sách, nguồn vận động cán bộ, hội viên nông dân mà chưa chú trọng tới vận các nguồn từ doanh nghiệp, tổ chức trong và ngoài nước, cá nhân... khác.
Thứ hai: về quản lý cho vay vốn
Trong quá trình xây dựng dự án, tại một số địa phương trên địa bàn tỉnh Bắc Giang, việc phối hợp cùng UBND huyện xác nhận danh sách hộ tham gia dự án còn chưa chặt chẽ, còn mang tính hình thức. Bởi vì, tính chất cho vay vốn Quỹ HTND là tín chấp, không có tài sản thế chấp, việc cho vay vốn dựa trên uy tín của Hội Nông dân cấp cơ sở và uy tín của người vay. Do vậy, việc UBND thực sự vào cuộc cùng Hội Nông dân xác nhận hộ đủ điều kiện tham gia dự án là việc rất thực tế và cần thiết.
Việc quản lý phối hợp với các ngành, cơ quan chức năng trong tập huấn, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, công nghệ cho nông dân tham gia dự án Quỹ chưa đạt hiệu quả như mong muốn.
Thứ ba: về quản lý thu hồi vốn quỹ
Việc theo dõi thu, nộp gốc và phí của Quỹ HTND các cấp tại nhiều địa phương còn chưa hệ thống, chưa khoa học.
Một số doanh nghiệp hoặc hợp tác xã cam kết tiêu thụ sản phẩm dự án, nhưng thực tế lại không làm như vậy. Vì thế, một số dự án Quỹ HTND không tìm được đầu ra ổn định cho sản phẩm sau khi đã hỗ trợ nông dân xây dựng vùng sản xuất tập trung lớn.
Thứ tư: về công tác kiểm tra, giám sát
Tổ chức kiểm tra, kiểm soát hoạt động Quỹ HTND còn làm qua loa, hình thức, do Ban điều hành, Ban Kiểm soát Quỹ hoạt động kiêm nhiệm, kế hoạch kiểm tra kiểm soát thường là lồng ghép cùng các đợt kiểm tra công tác hội, số lượng các cuộc kiểm tra chuyên đề riêng về Quỹ HTND còn ít.
Công tác khen thưởng, động viên các cá nhân, tập thể có thành tích trong công tác quản lý Quỹ HTND tỉnh Bắc Giang đôi khi chưa được quan tâm động viên kịp thời.
Thứ năm: về tổ chức quản lý
Cán bộ phụ trách nghiệp vụ Quỹ HTND đều là cán bộ kiêm nhiệm, chưa chủ động độc lập xây dựng kế hoạch công tác, Do vậy, một số hoạt động của Quỹ đôi khi hiệu quả còn chưa cao.
Quỹ HTND tỉnh Bắc Giang thực hiện hạch toán kế toán độc lập, song chưa xây dựng được phần mềm kế toán riêng cho Quỹ HTND, vì vậy chưa tối đa hoá được việc ứng dụng công nghệ vào công tác quản lý của Quỹ.