Hiện nay, nhà trường có 33 đơn vị trực thuộc. Trong đó, có 09 phòng chức năng gồm: Phòng Đào tạo, phòng Khoa học công nghệ, phòng Tổ chức cán bộ, phòng Thanh tra - Pháp chế, phòng Hành chính tổng hợp, phòng CTCT & HSSV, phòng Quản trị - Đời sống, phòng Hợp tác quốc tế, phòng Kế hoạch tài chính. Nhà trường có 12 Khoa chuyên môn gồm: Khoa Toán-Tin, Khoa Kỹ thuật công nghệ, Khoa Ngoại ngữ, Khoa Nông-Lâm-Ngư, Khoa Kinh tế & QTKD, khoa Giáo dục Tiểu học và Mầm non, khoa Nghệ thuật, khoa Tâm lý giáo dục, khoa Lý luận chính trị, Khoa Khoa học Tự nhiên, khoa Khoa học Xã hội và Nhân văn, khoa Thể dục thể thao; 09 Trung tâm của Nhà trường bao gồm: Trung tâm ĐBCL, Trung tâm Ngoại ngữ - Tin học, Trung tâm Thông tin - Tư liệu - Thư viện, Trung tâm Đào tạo theo Nhu cầu xã hội, Trung tâm GDQP và AN, Trung tâm Nghiên cứu Ứng dụng Khoa học và Chuyển giao công nghệ, Trung tâm Nghiên cứu giáo dục, văn hóa và nghệ thuật, Trung tâm Bồi dưỡng Nhà giáo và Cán bộ quản lý giáo dục, Trung tâm Phát triển Nhân lực quốc tế; 02 ban gồm Ban Quản lý dự án và Ban Quản lý KTX và 01 trạm Y tế (Đại học Hùng Vương, 2017).
Sơ đồ 3.1. Cơ cấu tổ chức của Trường Đại học Hùng Vương
Theo Đại học Hùng Vương (2017), trong Báo cáo tự đánh giá, trong giai đoạn 2012-2017, Trường ĐHHV xác định mục tiêu trong Quy hoạch Phát triển Nhà trường và mục tiêu phát triển đó được khẳng định một lần nữa trong Báo cáo chính trị trình Đại hội Đảng bộ Trường ĐHHV khóa XIX. Năm 2012, mục tiêu đặt ra là “phát triển quy mô đào tạo (hệ chính quy đại học và cao đẳng) đến 2020 khoảng 10-11 nghìn sinh viên” thì năm 2016, xác định quy mô đào tạo (hệ chính quy ĐH, SĐH, liên thông chính qui) đến năm 2020 là gần 6000 sinh viên. Về đội ngũ, năm 2012, mục tiêu cụ thể của Nhà trường xác định đến năm 2020 tổng số CB, GV là 926 người, trong đó, GV có trình độ tiến sỹ 25%, thạc sỹ 75%, đến năm 2016 Nhà trường xác định lại mục tiêu là năm 2020 “duy trì ổn định ở mức 383 cán bộ, viên chức” với “GV có trình độ tiến sỹ đạt trên 30%” và “100% GV đứng lớp đại học có trình độ từ thạc sỹ trở lên”.
Chức năng nhiệm vụ của một số đơn vị chủ yếu trong trường:
- Hội đồng trường: Định kỳ hàng năm hoặc đột xuất báo cáo, giải trình với cơ quan trực tiếp quản lý trường, cơ quan quản lý nhà nước về các điều kiện đảm bảo chất lượng, các kết quả hoạt động, việc thực hiện các cam kết và tài chính của trường; Kiến nghị cơ quan có thẩm quyền thông qua phương án bổ sung, miễn nhiệm hoặc thay thế các thành viên của hội đồng trường; Thông qua các quy định về: Số lượng, cơ cấu lao động, vị trí việc làm; việc tuyển dụng, quản lý, sử dụng, phát triển đội ngũ viên chức, nhân viên hợp đồng của nhà trường;
- Hiệu trưởng kiêm Bí thư Đảng ủy: Là người điều hành tổ chức, bộ máy của trường. Hiệu trưởng là người thay mặt cho trường quản lý tài sản công tại trường.
- Các đơn vị trực thuộc: Tùy theo chức năng, nhiệm vụ chuyên môn mà đơn vị trực thuộc đó sẽ có những quyền hạn, nhiệm vụ phù hợp được quy định trong Điều lệ của trường.