Quá trình phân phối thực phẩm là thời gian thuận lợi cho vi khuẩn xâm nhập vào thực phẩm. Hệ thống giết mổ, vận chuyển, phân phối hiện nay chủ yếu là thủ công nên khó kiểm soát được nguy cơ lây nhiễm vi sinh vật (Lã Văn Kính, 2007).
Theo Herry (1990), tỷ lệ ô nhiễm vi khuẩn Salmonella vào thực phẩm trong quá trình vận chuyển là 40%. Đặng Thị Hạnh và cs. (1998), cho biết sự chênh lệch về tổng số vi khuẩn hiếu khí ô nhiễm trong thịt lấy tại các chợ và thịt lấy ở các đầu mối giao thông là khá cao, bình quân khoảng 1,7 x 103 CFU/g. Như vậy trong khoảng thời gian đó thịt sẽ bị ô nhiễm vi sinh vật từ môi trường ở chợ vào, qua tiếp xúc với không khí, dụng cụ để pha lóc, bàn, khăn lau, người kinh doanh và khách hàng là điều khó tránh khỏi.
Cũng trong thời gian này thì sự lây nhiễm vi sinh vật do môi giới truyền lây cũng cần được chú ý. Đó là ruồi nhặng, côn trùng...trên cơ thể chúng có thể chứa rất nhiều vi sinh vật kể cả vi sinh vật gây bệnh và chúng đậu lên thịt và làm cho thịt nhiễm bẩn. Đặc biệt là những khu giết mổ, buôn bán thịt kém vệ sinh thì sự lây nhiễm này rất lớn. Quá trình lây nhiễm bắt đầu từ bề mặt thân thịt, vi sinh vật sẽ sinh trưởng và phát triển rồi lan dần vào bên trong làm hư hỏng thịt. Mức độ hư hỏng sâu vào trong còn phụ thuộc vào nhiệt độ, độ ẩm của môi trường không khí, của thịt, bản chất độc tính của vi sinh vật.
Ngoài các yếu tố trên thì Strees cũng đóng vai trò trong quá trình lây nhiễm vi khuẩn. Bởi vì những Strees này trước khi giết mổ làm cho sức đề kháng của con vật kém đi, các vi khuẩn có điều kiện xâm nhập vào theo đường tuần hoàn đến các tổ chức qua vận chuyển.