Cũng nhƣ các hoạt động của các cơ quan nhà nƣớc, trong quá trình thực hiện các hoạt động của mình, Thanh tra xây dựng có mối quan hệ phối hợp với các cơ quan khác trong hệ thống các cơ quan quản lý nhà nƣớc.
Trƣớc hết, do trật tự xây dựng đô thị đƣợc thiết lập nên trên cơ sở của các quy hoạch đô thị đã đƣợc các cơ quan nhà nƣớc có thẩm quyền phê duyệt và các cấp chính quyền trong việc thực hiện quy hoạch nên Thanh tra xây dựng sẽ có mối quan hệ phối hợp với những cơ quan này. Đó là UBND các cấp và cơ quan chuyên môn về quy hoạch ở các cấp.
Mối quan hệ giữa Thanh tra xây dựng với UBND các cấp thể hiện ở việc giúp UBND thực hiện chức năng quản lý nhà nƣớc về xây dựng; sự phối hợp giữa hai loại cơ quan này thông qua các hoạt động nhƣ báo cáo tình hình, cung cấp thông tin, kiến nghị xử lý vi phạm, kiến nghị sửa đổi các quy định không phù hợp, bổ sung các quy định mới để điều chỉnh với những đối tƣợng hoặc vấn đề mới phát sinh,…Ngƣợc lại, Thanh tra xây dựng chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức và biên chế của UBND thành phố (đối với Thanh tra xây dựng cấp thành phố và phƣờng, xã).
Bên cạnh đó, do thực hiện các hoạt động thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý nhà nƣớc về hạ tầng kỹ thuật nên Thanh tra xây dựng sẽ có mối quan hệ với cơ quan quản lý về hạ tầng kỹ thuật đô thị, đó là cơ quan quản lý giao thông công chính ở đô thị. Đây là mối quan hệ phối hợp để giúp cho chính quyền đô thị thực hiện chức năng quản lý nhà nƣớc về hạ tầng kỹ thuật đô thị nhƣ quản lý hè, đƣờng đô thị, cấp nƣớc, thoát nƣớc, chiếu sáng, công viên, cây xanh, rác thải đô thị, nghĩa trang, bãi đỗ xe trong đô thị.
Mặt khác, Thanh tra xây dựng là hoạt động có liên quan đến phát hiện và xử lý vi phạm pháp luật về xây dựng, các hoạt động trong lĩnh vực xây
dựng nên Thanh tra xây dựng có sự phối hợp chặt chẽ với cơ quan công an trong công tác phòng ngừa, phát hiện, làm rõ và xử lý vi phạm pháp luật trong hoạt động xây dựng; kịp thời cung cấp cho nhau các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan sau khi ban hành và tình hình vi phạm hành chính hoặc tội phạm trong hoạt động xây dựng.
Trong phối hợp cụ thể, Thanh tra xây dựng và cơ quan công an có trách nhiệm phối hợp với nhau nhƣ sau:
-Cử ngƣời tham gia các đoàn thanh tra hoặc hỗ trợ công tác điều tra khi có yêu cầu của một bên.
-Cơ quan thanh tra có trách nhiệm chuyển hồ sơ vụ việc đến cơ quan điều tra có thẩm quyền kiến nghị khởi tố theo quy định của pháp luật khi có dấu hiệu tội phạm.
Để thiết lập trật tự kỷ cƣơng trong công tác quản lý nhà nƣớc về quy hoạch xây dựng đô thị còn cần phải có sự phối hợp tốt với các cơ quan chủ quản, các doanh nghiệp cung cấp các dịch vụ hạ tầng kỹ thuật trên địa bàn.