Hiệu quả sử dụng công chức xét đến cùng là phản ánh ở mức độ hoàn thành công việc của tổ chức. Để đánh giá đúng mức độ hoàn thành công việc của tổ chức phải căn cứ theo chức năng nhiêm vụ được giao, chẳng hạn đánh giá mức độ hoản thành công việc của các cơ quan chuyên môn thuộc UBND huyện phải căn cứ theo Nghị định số 37/2014/NĐ-CP quy định về tổ chức và hoạt động của các cơ quan chuyên môn thuộc UBND quận, huyên, thị xã,
Hiệu quả công việc của cơ quan HCNN được đo bằng mức độ hoàn thành công việc của công chức; sự đóng góp của mỗi công chức trong cơ quan HCNN tạo nên kết quả chung của cơ quan. Để mỗi công hoàn thành tốt công việc của mình đòi hỏi phải có nhiều sự tác động chặt chẽ trong các khâu sử dụng công chức. Nếu chỉ có một khâu không tốt, chẳng hạn như bố trí, phân công công tác cho một công chức nào đó không hợp lý, công chức đó sẻ không phát huy được năng lực, trình độ, sẻ không hoàn thành tốt nhiệm vụ, sẻ tác động làm ảnh hưởng đến một nhiệm vụ, thậm chí là một lĩnh vực công việc của tổ chức. Vì vậy, hiệu quả công tác của tổ chức là thước đo đành giá tổng thể hiệu quả sử dụng công chức của cơ quan. Đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ của tổ chức phải gắn với đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ của công chức theo từng nhóm công việc, từng lĩnh vực.
Đánh giá mức độ hài lòng của công chức phải xem xét ở tất cả các khâu trong sử dụng công chức. Đánh giá mức độ hài lòng trong việc sắp xếp bố trí, phân công công tác cho công chức trong tổ chức; mức độ hài lòng trong việc quan tâm đào tạo, bồi dưỡng, thực sự tạo điều kiện thuận lợi cho công chức có cơ hội được đào tạo, bồi dưỡng, nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ; hài lòng trong công tác điều động, bổ nhiệm, luân chuyển, trong thực hiện chính sách đãi ngộ, trong thi đuan, khen thưởng…
Mức độ hài lòng của công chức có mối quan hệ mật thiết với hiệu quả công tác của tổ chức. Khi công chức hài lòng đối với tổ chức họ sẻ làm việc tích cực bằng tình cảm, trách nhiệm, năng lực và kinh nghiệm của họ, khi họ được hài lòng thì sự gắn kết tình cảm cũng theo đó tăng lên, kinh nghiệm làm việc tích cực khiến gia tăng đáng kể mức độ gắn kết giữa cá nhân với tổ chức. Khi công chức được hài lòng về lợi ích sẻ tạo được sự gắn kết dài lâu với tổ chức, họ yên tâm công tác, cống hiến cho tổ chức, khắc phục được tư tưởng chân trong, chân ngoài. Khi công chức đã thực sự gắn kết vì trách nhiệm với
tổ chức thì họ thấy được mình phải có nghĩa vụ với ý thức tự giác đối với tổ chức; công chức đã ý thức tự giác được như vậy thì khẳng định hiệu lực, hiệu quả quản lý HCNN sẻ được nâng lên.